25 июня 1996 года Ельцин подписал указ № 985 о выводе войск из Чечни. Там должны были остаться только 205-я мотострелковая бригада и 101-я бригада внутренних войск.
27 мая исполнявший обязанности президента Чечни поэт и выпускник литературного института Зелимхан Абдулмуслимович Яндарбиев прибыл в Москву и подписал с Ельциным договоренность «О прекращении огня, боевых действий и мерах по урегулированию вооруженного конфликта на территории Чеченской Республики». С Дудаевым Борис Николаевич не хотел разговаривать, а в результате сел за стол переговоров с куда более непримиримо настроенным человеком. Яндарбиев был главным идеологом отделения от России и войны с Россией.
На следующий день, пока чеченская делегация оставалась в Москве (гостей отвезли в одну из подмосковных резиденций) фактически в качестве заложников, Ельцин вылетел на Северный Кавказ. Поездка готовилась заранее. За несколько недель туда выехала передовая группа Службы безопасности президента под руководством вице-адмирала Геннадия Ивановича Захарова, который на флоте командовал подводниками-диверсантами. Самолет сел в Моздоке, оттуда на пятнадцати вертолетах отправились в Ханкалу — и никто не знал, в какой машине президент.
Ельцин побывал в Грозном. Поздравил военнослужащих 205-й мотострелковой бригады с победой в чеченской войне, подписал указ о досрочном увольнении в запас всех раненных в боях, а также тех, кто участвовал в боевых действиях не менее полугода, и тут же вылетел в Москву. Ельцин твердо сказал, что война закончена и каждый выстрел со стороны федеральных сил станет предметом расследования.
На следующий день делегация Яндарбиева вернулась в Чечню. Аслан Масхадов отдал распоряжение воздержаться от боевых действий. Предполагалось, что боевики сдадут оружие к 7 августа, федеральные войска уйдут к 30 августа. Но после победы Ельцина на президентских выборах боевые действия возобновились. Командование федеральных войск заявило, что крупных очагов сопротивления больше нет и неприступные базы в западной Чечне ликвидированы. Военные обещали до конца года, если им не помешают политики, завершить все спецоперации и добить боевиков. И вдруг все планы федеральных командиров рухнули.
6 августа 1996 года, на рассвете, в Грозный, не встретив сопротивления, вошли отряды боевиков общей численностью около трех тысяч человек. Военные знали о возможности штурма, но не приняли предупреждение всерьез. Накануне из города — для проведения боевой операции — была выведена часть сил. Федеральные войска понесли большие потери, были раздроблены и блокированы в разных частях города. Только на шестой день боев федеральные войска прорвались к осажденным. Новый министр обороны Игорь Николаевич Родионов действовал крайне неуверенно.
Это был последний удар по репутации армии и спецслужб. Страна требовала прекратить войну. 10 августа Ельцин, вновь избранный президентом, объявил траур в связи с потерями в Чечне и назначил секретаря Совета безопасности Александра Ивановича Лебедя своим представителем в Чечне. Лебедь предложил Ельцину прекратить боевые действия и вывести федеральные войска из Чечни. Как выразился Александр Иванович, нам «некем, нечем и незачем воевать». Ельцин согласился с планом Лебедя.
Лебедь прилетел в Дагестан, оттуда добрался до Чечни. Это была опасная поездка, но мужества и храбрости Александру Ивановичу не занимать. В ночь с 11 на 12 августа в районе селения Старые Атаги Лебедь вел переговоры с начальником штаба чеченских войск Асланом Масхадовым. Они договорились о прекращении боевых действий.
14 августа Ельцин принял Лебедя и одобрил его мирный план. На следующий день Лебедь встретился с Масхадовым и Яндарбиевым в районе села Старые Атаги.
17 августа командующий федеральными силами генерал Константин Пуликовский подписал приказ о прекращении боевых действий на территории Чечни. Но военные и министр внутренних дел Анатолий Куликов считали, что боевиков нужно добить.
20 августа Пуликовский неожиданно для Лебедя заявил, что дает всем жителям Грозного сорок восемь часов, чтобы покинуть город, потому что в четверг, 22 августа, начнется операция по очистке города. Генерал предупредил, что пустит в ход бомбардировочную и штурмовую авиацию, реактивные системы залпового огня и артиллерию.
Но Ельцин дал указание Лебедю немедленно закончить боевые действия. 21 августа Александр Иванович прилетел в Чечню.
Сам Пуликовский рассказывал потом журналистам:
— Мы готовили в Грозном «котел». И тут появился Лебедь. С полномочиями от имени президента «решать все вопросы по урегулированию положения дел в Чечне». Считаю, что единственная моя ошибка была в том, что я его принял. Загнал бы на взлетную полосу танк, и самолет ушел бы на другой аэродром. Пока бы Лебедь сюда добирался, мы бы запланированную операцию провели. Лебедь сказал, что вот-вот «взорвется» вся страна, что Ельцину предстоит очень серьезная операция, а после операции минимум восемь месяцев он будет недееспособным. И что в октябре 1996 года планируются досрочные выборы президента. Он был уверен, что президентом выберут его. Ему нужен был ореол миротворца, и он отменил операцию.
В ночь на 22 августа Лебедь подписал вместе с Масхадовым соглашение об отводе войск и прекращении боевых действий. Александр Иванович сказал, что усталые, равнодушные солдаты не могут и не хотят продолжать войну:
— Война будет прекращена, а те, кто будет мешать этому, будут отстранены.
30 августа в Хасавюрте Лебедь и Масхадов подписали совместный документ «Принципы определения основ взаимоотношений между Российской Федерацией и Чеченской Республикой». В этом документе был заложен принцип «отложенного статуса» Чечни, смысл которого — отсрочить решение этого болезненного вопроса, исходя из того, что в будущем найдется устраивающая всех формула, а пока попытаться наладить какое-то сотрудничество. Договорились, что политическое соглашение о Чечне будет подписано до 31 декабря 2001 года.
Глава правительства Черномырдин одобрил действия Лебедя. Военные считали его действия предательством. В аппарате правительства и президентской администрации говорили, что Лебедь вышел за рамки своих полномочий и подписал то, что не имел права подписывать.
В конце 1996 года закончился вывод федеральных войск из республики.
Ельцин сказал, что Чечне не будет предоставлена независимость. Новый министр иностранных дел Евгений Максимович Примаков предупредил иностранных послов, что признание независимости Чечни повлечет за собой разрыв дипломатических отношений. Но фактически российское руководство не собиралось предъявлять права на Чечню и вмешиваться в ее дела. Чеченцы сами не смогли использовать этот шанс самостоятельно организовать свою жизнь.