Франц Фердинанд не поддавался таким порокам, хотя по молодости также порой вел разгульную жизнь. Он танцевал, пил и охотился со своим братом и товарищами-офицерами. Наряду с публичными выходками были и приключения более интимного характера. Франц Фердинанд однажды выразил довольно сомнительное восхищение физическими прелестями актрисы Мицци Каспар, женщины, которая разделяла постель с его кузеном Рудольфом, а некоторые певицы и танцовщицы скорее всего познакомили его с тайнами секса.
2 июля 1885 г. женщина по имени Мэри Жонке (Mary Jonke) родила мальчика, которого назвали Генрихом. Она утверждала, что Франц Фердинанд был его отцом, и в апреле следующего года пыталась подать в местный районный суд на эрцгерцога. После некоторых переговоров Франц Фердинанд согласился выплатить ей около 15 000 гульденов (около $150 000 в пересчете на 2014 г.), чтобы прекратить все дальнейшие претензии. 29 августа 1889 г. двадцатиоднолетняя Мэри Хэн (Marie Hahn), служащая из пражского магазина одежды, родила сына, которого она назвала Курт. Как и Жонке, она также настаивала на том, что Франц Фердинанд был его отцом. Придворный выслушал ее претензии и дал совет Хэн, что если она подаст дело в суд, то только потеряет; деньги Габсбургов купили ее молчание.
Появление внебрачных детей у Габсбургов едва ли можно было назвать скандальной новостью: они были даже у императора Франца Иосифа. В случае с Францем Фердинандом ни одно из таких утверждений не было когда-либо доказано. Возможно, эти женщины действительно имели отношения с Францем Фердинандом. Но независимо от того, были ли эти обвинения правдой или нет, Франц Фердинанд не мог рисковать и доводить дело до подачи иска на отцовство в суд. Но эти слухи, ходившие по Вене, только усилили негативные стереотипы о нем. Несколько неожиданным стало то, что кузен Франца Фердинанда Рудольф, несмотря на собственную репутацию в этом вопросе, неожиданно пришел ему на помощь. Наследный принц знал слишком хорошо, как быстро распространяются слухи среди императорского двора и как они формируют людское мнение. Франц Иосиф, будучи сам уже не при дворе, тем не менее, казалось, был в курсе всех самых последних семейных скандалов и на собственном опыте знал, как быстро пузыри сплетен раздуваются в обвинения. В надежде спасти своего кузена от подобной судьбы Рудольф предостерег Франца Фердинанда от того, чтобы проводить слишком много времени вне своего полка и чрезмерно предаваться удовольствиям. Он сказал, что «нужно наслаждаться своим здоровьем в полном объеме, но всегда в меру и с умом». Эрцгерцогу не следует «отправляться на конную прогулку или на охоту слишком рано», так как это может повернуть расположение императора против него. Временами Франц Фердинанд даже начинал протестовать. «Вы должны признать, что с Отто и со мной обходятся несправедливо, — пожаловался он Рудольфу в 1888 г. — Как только видят, что мы отправляемся на охоту или какие-нибудь никчемные танцы, так сразу крик негодования поднимается на всю Вену, на весь Двор, а в армейском кругу нам ставят в вину уклонение от нашего долга».
Еще больше предупреждений приходило от эрцгерцога Альбрехта, пожилого педанта императорской армии. Альбрехт искренне любил Рудольфа и был убежден, что общение с Францем Фердинандом не принесет тому ничего хорошего. Рудольф постоянно сетовал на «беды и несчастья, через которые я должен пройти вместе с ним», и если Франц Фердинанд не будет осторожен, он столкнется с таким же увещеванием. Нельзя сказать, чтобы Франц Фердинанд что-то предпринимал, получив очередное оскорбительное письмо Альбрехта. Альбрехт жаловался на то, что Франц Фердинанд был слишком отстранен с некоторыми пожилыми джентльменами и слишком приветлив с молодыми женщинами. Не имело значения, что делал эрцгерцог: все его действия представлялись неправильными. Франц Фердинанд старался не обращать на все это внимания, продолжать свое приятное времяпровождение, лишенное пока рутины и обязательств, ожидавших его в обозримом будущем.
Но будущее резко изменилось утром 30 января 1889 г. Попытки достучаться в запертую дверь спальни охотничьего домика Рудольфа в Майерлинге не принесли успеха. Никому не хотелось устраивать сцен: Рудольф должен был быть там со своей последней любовницей, молодой и глупой баронессой Марией Вечера (Mary Vetsera). После нескольких часов продолжающегося молчания взволнованные слуги сломали дверь. Вечера лежала на матраце, одинокая красная роза была зажата в ее холодных руках, в ее голове зияла рана; с другой стороны кровати на запятнанных кровью простынях лежало тело Рудольфа, из его рта сочилась кровь, а верхнюю часть головы словно бы срезало. В совместном акте самоубийства он убил ее первой, просидел с ее телом несколько часов и наконец всадил пулю в свой собственный мозг.
В Майерлинге разыгралась ужасная мелодрама, сцена реальной жизни словно бы из плохого романа, абсолютно недопустимая и возможная скорее для буржуа. Самоубийство кронпринца, католика и Габсбурга, повергло императорский двор в панику. Слухи, ложь и самые невероятные истории распространялись в тщетном усилии скрыть нелицеприятную правду, которую Вене в итоге все же пришлось признать. Смерть Рудольфа была последним пунктом в плане его мести: это был не просто акт отчаяния и депрессии, но и выражение его несбывшихся мечтаний, и ответ на холодное отношение непреклонного отца, который не видел для него никакой роли и не давал ни малейшего намека надеяться на другое. Перед самым самоубийством Рудольф написал письма матери, жене и сестре, в которых объяснял свой поступок. Но ни одной строчки не было отправлено его отдалившемуся отцу.
Все люди были в шоке, но, пожалуй, никто больше, чем Франц Фердинанд. Получив во второй половине дня срочную телеграмму с трагическим известием, он разорвал ее в клочья. Он уехал в Вену и прошел холодными, горестными улицами за траурным кортежем, с каждым шагом все больше осознавая, что его жизнь изменилась навсегда. Как-то раз, несколько лет назад, Рудольф, указывая на подходящего Франца Фердинанда, пошутил: «Человек, идущий к нам, станет императором Австрии». Тогда это казалось абсурдным, но теперь Рудольф был мертв; дочь покойного кронпринца Елизавета могла претендовать на престол только в том случае, если не было больше никаких Габсбургов мужского пола. Теперь между Францом Фердинандом и троном стоял только его отец, Карл Людвиг.
При всех своих пороках благодаря своему легкому характеру и либеральным взглядам Рудольф был популярной фигурой. Люди мало знали Франца Фердинанда. В популярности он проигрывал не только Рудольфу, но и своему беспутному брату Отто. Вплоть до самой Вены Франц Фердинанд представлялся «серьезным, строгим, почти мрачным». Сплетни рисовали его недалеким, консервативным и религиозным фанатиком, а его возможное восшествие на престол расценивалось как зловещий сигнал для всей Австро-Венгрии.