Указ патриарха от 5 мая 1922 года впоследствии послужил для Евлогия обоснованием его притязаний на особые полномочия в церковной эмиграции и позднейших его пререканий с Архиерейским синодом РПЦЗ во главе с Антонием Храповицким; его собственная интерпретация последствий указа: «Патриарх Тихон <…> решительно осудил политические притязания Карловацкого Собора, угрожал церковным судом его деятелям, а полноту церковной власти за рубежом вручил мне, назначив меня временно Управляющим православными приходами в Западной Европе, с предписанием немедленно распустить Высшее Церковное управление в Карловцах и выработать новый проект управления церквами».
Тем не менее, митрополит Евлогий фактически уклонился от восприятия порученной ему патриархом власти; вместо того, предложил «просить Вселенского Патриарха о созыве Собора с участием представителей от других Автокефальных Церквей». Остался в составе Заграничного Архиерейского синода, учрежденного в начале сентября 1922 года вместо упраздненного ВЦУЗ, хотя и на правах некоторой автономии – митрополичьего округа.
В конце 1922 года перевел свое управление в Париж, налаживал церковную жизнь в существовавших в Европе православных приходах, открывал новые, в том числе Сергиевское подворье в Париже, а также множество храмов в различных странах. Получил поддержку либеральной и умеренно-консервативной части русской эмиграции, тогда как правые эмигрантские круги сохранили ориентацию на митрополита Антония. Прилагал усилия к созданию в эмиграции сестричеств и организации монашеской жизни, причем поддерживал принцип «монашества в миру» (сторонницей которого была, в частности, мать Мария).
В эмиграции придерживался весьма либеральных взглядов. Так, первым среди русских православных архиереев разрешил трансляцию по радио церковных служб, говоря: «Когда-то и против электричества боролись. А на самом деле всякая сила, человеку полезная и человека улучшающая, – от Бога». Активно участвовал в экуменической деятельности. Еще в январе 1912 стал первым председателем «Общества сближения Англиканской Церкви с Православной».
В эмиграции стал председателем Содружества святого Албания и преподобного Сергия, деятельность которого была направлена на поддержание православно-англиканского диалога.
В начале 1920-х годов стал инициатором создания Свято-Сергиевского православного богословского института в Париже, в 1925–1946 годах – ректор института. Привлек к преподаванию в нем известных ученых, таких как А.В. Карташев, С.Н. Булгаков, В.В. Зеньковский, Г.В. Флоровский, Г.П. Федотов, Б.П. Вышеславцев, В.Н. Ильин и др. Институт быстро стал интеллектуальным центром русской церковной эмиграции и, в то же время, подвергался критике со стороны консервативно настроенных церковных деятелей, обвинявших преподавателей этого учебного заведения в либерализме и экуменизме.
Поддерживал Русское студенческое христианское движение (РСХД); писал: «Для молодежи, если она от Церкви отстает далеко, сразу войти в нее трудно, надо сначала дать ей постоять на дворе, как некогда стояли оглашенные, и потом уже постепенно и осторожно вводить ее в религиозную стихию Церкви, иначе можно молодые души спугнуть, и они разлетятся в разные стороны: втеософию, антропософию и другие лжеучения».
Отношения с Архиерейским синодом (карловчанами) под председательством митрополита Антония из-за притязаний Евлогия на полноту власти в Западной Европе неуклонно обострялись. В частности, поводом для эскалации конфликта стал статус германского викариатства его епархии (возглавлялось епископом Тихоном (Лященко)). Из-за спора вокруг германского викариатства (решением Архиерейского Собора оно было выделено в отдельную епархию), окончательно порвал с Архиерейским синодом 16/29 июня 1926 года, покинув заседание Архиерейского собора. После 7-месячной полемики между Евлогием и Синодом РПЦЗ, последний 13/26 января 1927 года постановил предать митрополита Евлогия суду Священного Собора, отстранить его от управления епархией, назначить другого епископа и запретить в священнослужении. Состоявшийся летом 1927 года епархиальный съезд выразил поддержку Евлогию; последовал окончательный раскол русской православной эмиграции в Европе на «евлогиан» и «карловчан» (во главе группы приходов в Париже, решивших остаться в ведении Зарубежного синода, стал архиепископ Серафим (Лукьянов)).
Евлогий, оставшись в юрисдикции Заместителя Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), согласился (наряду с епископом Вениамином (Федченковым)) на требование дать подписку о «лояльности» по отношению к советскому правительству (Указ № 93 от 1 (14) июля 1927 года Заместителя местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Сергия), оговорив, что понимает под этим аполитичность эмигрантской церкви, а не подчинение советской власти. Тем не менее, позиция митрополита Евлогия вызвала негативную реакцию со стороны многих эмигрантов; ряд его приходов перешла к карловчанам: протоиерей Сергей Орлов (Женева), диакон Борис Молчанов (Медон), протоиерей Василий Тимофеев (Лондон), протоиерей Григорий Остроумов (Канны). Его положение стало еще более шатким после публикации в советской прессе двух интервью митрополита Сергия (Страгородского) 15 и 18 февраля 1930 года для печати, подписанных прочими членами его Синода, в которых утверждалось, что в СССР нет гонений на Церковь и верующих: «В эмиграции поднялось сильнейшее возмущение столь явной неправдой». О крайне негативных в отношении Патриархии настроениях среди эмигрантов в Париже в первые месяцы 1930 года в связи с интервью Сергия, а также совпавшей по времени волной возмущения после похищения генерала Александра Кутепова в конце января того же года, писал даже бескомпромиссный сторонник Патриархии Литовский митрополит Елевферий (Богоявленский). Примечательно, что советская печать упоминала имя Евлогия в контексте «крестового похода» против СССР; так, в конце февраля 1930 года корреспондент «Известий» в Лондоне писал: «Основной чертой кампании было полное отсутствие конкретных фактов. <…> Сам Евлогий, припертый, был вынужден опровергнуть достоверность „списка большевистских жестокостей"».
Профессор Иван Алексинский в официальном органе Архиерейского синода (в Сремских Карловцах) в начале 1930 года писал о роли Евлогия: «Восхваляя деятельность митр. Сергия, дошедшего в угодничестве перед советской властью до воздаяния ей благодарности за внимание к нуждам Церкви, т. е. за осквернение русских святынь, разрушение храмов, истребление и истязания священнослужителей, митрополит Евлогий становится его соучастником в гонениях на достойнейших иерархов и священников в России, не принявших к исполнению кощунственного распоряжения митрополита Сергия о возношении молитв за врагов Бога. Митрополит Евлогий, хорошо зная, что Архиерейский Собор, твердо хранящий верность канонам и заветам русской Православной Церкви, всегда оставался в духовном единении с Матерью Церковью, дерзает предлагать русским иерархам изменить их пастырскому долгу и примкнуть вместе с ним к советской церкви, возглавляемой церковным Г. П. У».
