Профессор Иван Алексинский в официальном органе Архиерейского синода (в Сремских Карловцах) в начале 1930 года писал о роли Евлогия: «Восхваляя деятельность митр. Сергия, дошедшего в угодничестве перед советской властью до воздаяния ей благодарности за внимание к нуждам Церкви, т. е. за осквернение русских святынь, разрушение храмов, истребление и истязания священнослужителей, митрополит Евлогий становится его соучастником в гонениях на достойнейших иерархов и священников в России, не принявших к исполнению кощунственного распоряжения митрополита Сергия о возношении молитв за врагов Бога. Митрополит Евлогий, хорошо зная, что Архиерейский Собор, твердо хранящий верность канонам и заветам русской Православной Церкви, всегда оставался в духовном единении с Матерью Церковью, дерзает предлагать русским иерархам изменить их пастырскому долгу и примкнуть вместе с ним к советской церкви, возглавляемой церковным Г. П. У».
16 марта 1930 года принял участие в молениях о «страждущей Русской Церкви», проведенных по инициативе архиепископа Кентерберийского Космо Ланга в Лондоне; моления освещались прессой в СССР как эскалация пропагандистской войны против советского режима. В ответ, 10 июня 1930 года (указ также ставил в вину Евлогию ряд прежних «политических» демонстраций, в частности панихиды в 10-летнюю годовщину октябрьского переворота и по Николае фон Мекке, расстрелянном в рамках дела «контрреволюционной вредительской организации НКПС и на железных дорогах СССР»), митрополит Евлогий был уволен митрополитом Сергием от управления русскими церквами в Западной Европе; временное управление русскими церквами Московского патриархата в Западной Европе было поручено архиепископу Владимиру (Тихоницкому); но основная масса приходов осталась верна ему, а епископ Владимир отказался принять назначение. Указом от 24 декабря 1930 года митрополит Сергий подтверждал решение своего Синода от 10 июня об увольнении Евлогия и распорядился упразднить Епархиальный Совет в Париже; управление Западноевропейской епархией он поручал митрополиту Литовскому Елевферию (Богоявленскому).
Не признав решений Московской патриархии, пользуясь поддержкой епархии, 17 февраля 1931 года в резиденции Константинопольского патриарха в Фанаре был принят в юрисдикцию Константинопольского патриархата. Сам так оценивал значение такого шага: «Так благополучно разрешился сложный вопрос о каноническом неопределенном моем положении, создавшемся после разрыва с Москвой: вместо зыбкости канонического положения – каноническая устойчивость; вместо увольнения – я назначен Экзархом Вселенского Патриарха; я и моя паства не оторвались от Вселенской Церкви, сохранили с ней каноническую связь при соблюдении внутренней русской автономии». 30 апреля 1931 года последовало запрещение Евлогия и его сторонников (клириков) в священнослужении от митрополита Сергия.
В 1934 году примирился с митрополитом Антонием в частном порядке, после чего, в том же году, без просьб со стороны Евлогия, последовало снятие прещений со стороны Архиерейского синода. В октябре 1935 года, вместе с митрополитом Северо-Американским Феофилом (Пашковским) и другими, принял участие в совещании под председательством Сербского патриарха Варнавы, имевшем цель примирения разных ветвей зарубежного русского православия; достигнутое там соглашение (Временное положение о Русской Православной Церкви Заграницей), однако не привело к объединению «карловчан» и «евлогиан».
Стремление его в конце войны вернуться в юрисдикцию Московского патриархата не разделялось большинством верующих экзархата. Его старший иподиакон, историк Петр Ковалевский, в своем дневнике недоумевал по поводу речи митрополита на собрании духовенства Парижа и окрестностей 5/18 ноября 1944 года: «<…> в словах Митрополита явно проскальзывало желание вернуться не только в подчинение Москве, но и вернуться духовенством и всей паствой в Россию <…> Кто сейчас влияет на Митрополита – неизвестно». В то время значительное влияние на него оказывала ухаживающая за ним А.Е. Паршева, которая впоследствии, в июле 1951 года, была выдворена из Франции как советский агент. В конце ноября 1944 года митрополит, вместе с секретарем епархиального управления архимандритом Саввой (Шимкевичем), посетил советское посольство в Париже, где был принят послом Богомоловым, по поводу чего Петр Ковалевский записал: «Сам факт поездки Митрополита на Grenelle чрезвычайно важен. Глава православной зарубежной Церкви вместо того, чтобы послать письмо, о передаче которого уже было сговорено, <…> поехал сам первый к представителю тех, которые 20 лет гнали Церковь и еще сейчас держат в ссылке и тюрьмах цвет русского духовенства и церковных мирян. С Константинополем Митрополит не снесся, что должен был сделать до всякого шага к Москве. Это – нарушение канонических отношений и может иметь пагубные последствия».
Письмом от 21 ноября 1944 года Местоблюстителю Московского Патриаршего престола митрополиту Алексию (Симанскому) изъявил желание возвратиться в юрисдикцию Московской патриархии.
Письмом митрополита Алексия от 20 декабря 1944 года был приглашен на Поместный Собор в Москве; но приглашением воспользоваться не смог ввиду его запоздалого получения и своей болезни: «с кануна праздника Богоявления Господня, прикован к одру тяжелой болезнью». В 1945 году обратился к своей пастве с призывом вернуться в лоно Русской церкви.
29 августа 1945 года митрополитом Николаем (Ярушевичем), специально для сего прибывшим в Париж, был совершен акт воссоединения с Московским патриархатом митрополита Евлогия и его викариев Владимира (Тихоницкого) и Иоанна (Леончукова), текст которого гласил, что «на сие имеется словесное согласие Его Святейшества патриарха Вселенского Вениамина». 2 сентября в церкви на Рю Дарю все иерархи совершили совместно литургию, которая оказалась последней для митрополита Евлогия.
7 сентября 1945 года состоялось решение Священного синода РПЦ о воссоединении митрополита Евлогия с Московским Патриархатом в должности экзарха Западно-Европейских православных церквей; но отпускная грамота от Константинопольского патриарха получена не была, паства же экзархата в большинстве не сочувствовала такому шагу.
После издания в СССР 14 июня 1946 года законов о особом порядке «восстановления в советском гражданстве» бывших подданных Российской империи, распорядился служить благодарственные молебны в храмах епархии, что было воспринято основной частью прихожан и клира резко отрицательно, и такие молебны в большинстве приходов не служились.
Скончался ранним утром 8 августа 1946 в доме на Рю Дарю при кафедральной Александро-Невской церкви в Париже. Отпет 12 августа в соборе митрополитами Ленинградским Григорием (Чуковым) (экстренно прибыл из Москвы во главе делегации Московского патриархата) и Серафимом (Лукьяновым) в сослужении сонма духовенства; гроб с его телом с 10 августа был «наглухо закрыт».
