Отец – псаломщик Иван Иванович Сегенюк. Мать – Феликса Венедиктовна, урожденная Боярская, из польских православных дворян. В 1916 году священник Александр Сегенюк официально принял фамилию матери. Брат – Иван Иванович Сегенюк, участник Первой мировой войны, затем служил в Красной армии, в 1921 году был командиром 8-й батареи воздушной бригады.
Жена – Екатерина Николаевна, урожденная Бояновская, дочь директора Государственного банка Николая Игнатьевича Бояновского. В 1946–1956 годы преподавала английский и французский языки в Ленинградской духовной академии.
Сыновья: Алексей Александрович Боярский – артист; Павел Александрович Боярский – инженер, участник Великой Отечественной войны; Сергей Александрович Боярский – артист театра и кино; Николай Александрович Боярский – артист театра и кино, народный артист РСФСР, участник Великой Отечественной войны.
Внук Михаил Сергеевич Боярский – артист театра и кино.
В 1901 году исключен из семинарии за «толстовство» и «вольнодумство», затем ему разрешили завершить образование. Окончил Волынскую духовную семинарию (1906 г.), Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1911 г.).
Еще в студенческие годы проявил интерес к рабочему вопросу, проводил на постоянной основе беседы среди рабочих Спасо-Петровской мануфактуры. По словам А.Э. Краснова-Левитина, народник, человек практической сметки, хорошо знающий жизнь, умевший и любивший просто и понятно говорить о самых сложных вещах, Боярский пользовался огромным уважением в рабочей среде.
В 1912 году рукоположен в сан иерея, служил на приходе на пограничной станции Вержболово. Когда началась Первая мировая война, стал полковым священником, в 1915 году недолго занимал пост смотрителя Виленского духовного училища.
С 1915 году служил в Петрограде: вначале в храме св. Марии Магдалины при Училище лекарских помощниц и фельдшериц, затем – в Троицком храме в Колпине, в рабочем пригороде Петрограда. Уже вскоре в приходе были созданы бесплатная столовая, приходской кооператив, огород и пасека, велась благотворительная деятельность, проводились лекции на церковно-общественные темы. В «Истории фабрик и заводов», изданной в СССР в 1930-е годы, отмечалось влияние молодого священника на рабочих Обуховского завода. По словам А.Э. Краснова-Левитина, он замечал каждую мелочь, видел людей насквозь, знал, как и кому помочь. К нему шли все бедняки, пропойцы, люмпены. Поговорит, поругает, а потом придумает практический выход, устроит и поможет. Удивительная черта была в Боярском: естественно и просто говорить обо всем.
В 1917 году избран гласным Колпинской городской думы, выступал с демократических позиций, был сторонником «христианского социализма». Стал одним из организаторов Всероссийского союза демократического православного духовенства и мирян. Был сторонником церковных реформ, создал при храме молодежный «кружок церковных реформаторов». Дружил с протоиереем Александром Введенским, будущим обновленческим митрополитом.
С 1918 года – настоятель Троицкого храма в Колпине.
Вместе с Введенским и рядом других сторонников церковных реформ входил в состав редакционного комитета журнала «Соборный разум», редактировал его общественный отдел. Выступал за «социально ориентированную церковь», которая бы выступала на стороне трудового народа, так как «на его стороне правда».
В 1921 году возведен в сан протоиерея. Преподавал в Петроградском богословском институте.
В 1921 году арестован по обвинению в контрреволюционной агитации. Прошение о его освобождении подписали 1400 рабочих, однако священник все равно был приговорен к году принудительных работ с высылкой за пределы Петроградской губернии. Находясь в заключении, Боярский обратился к уполномоченному губернской ЧК с просьбой не смешивать его с «контрреволюционными попами» и разрешить участвовать в помощи голодающим. Заявил, что принимал очень многое из программы коммунистов, кроме разрешения религиозного вопроса. Вскоре был освобожден по болезни (туберкулез легких) и вернулся к исполнению обязанностей настоятеля храма.
В 1922 году стал одним из лидеров инспирированного властями обновленческого раскола. Обвинил «реакционное духовенство» в равнодушии к судьбе голодающих Поволжья (в духе официальной советской пропаганды того времени). Стал настоятелем Успенского храма, членом Петроградского епархиального управления. На судебном процессе над митрополитом Вениамином (Казанским) (1922 г.) выступал в качестве свидетеля защиты.
Первоначально примкнул к наиболее радикальной обновленческой группировке «Живая церковь». Однако уже осенью того же года ушел из нее вместе с Введенским – они стали лидерами вновь созданной более умеренной организации – Союза общин древнеапостольской церкви. В 1923 году вошел в состав обновленческого «Высшего церковного управления», в августе того же года переименованного в Священный синод.
В 1924–1930 годы настоятель ленинградского храма Спаса-на-Сенной, одновременно оставался и настоятелем Троицкого храма в Колпине.
В апреле-мае 1925 года находился под арестом, но был вскоре освобожден. В том же году возведен обновленцами в сан протопресвитера.
В январе-августе 1926 года также служил настоятелем Исаакиевского собора.
Преподавал практическое богословие в Ленинградском богословском институте. Устраивал в своем храме «детские всенощные», которые совершались по особому, весьма сокращенному чину. Во время этих всенощных дети пели, читали, прислуживали и звонили – взрослым разрешалось только стоять у стен по периметру храма.
Священник Сергий Желудков вспоминал со слов своего знакомого об одном из эпизодов жизни Боярского. Когда отец Александр, уже будучи обновленцем, говорил проповедь вдруг его прервали из народа возгласом: «Знаем мы вас! Все вы на Гороховую бегаете!»… На Гороховой улице было здание ВЧК-ОГПУ Реакция священника была мгновенна. Он прервал проповедь и ответил с горячей убежденностью: «Александр Невский тоже в Орду ездил. Надо было ему – и ездил. И мы: надо нам – вот мы и бегаем!».
По семейным воспоминаниям, Боярский был по духу и по складу ума философ, и при этом в жизни, в быту отличался поразительной непосредственностью и даже наивностью. Он, к примеру, вечно приводил с улиц и вокзалов каких-то «сирых и убогих», будучи не в состоянии пройти мимо человеческого горя. Частенько эти «сирые» исчезали из дома, прихватив серебряные ложки. Но это не делало Александра Ивановича менее хлебосольным.
В 1930 (или 1931) году он был откомандирован (по сути, выслан) из Ленинграда в Кинешму. Существует версия, что его активная деятельность не нравилась атеистическим властям, которые в условиях ликвидации НЭПа перестали делать серьезную ставку на обновленческое движение.
