Во второй половине октября, учитывая приближение линии фронта к Москве, Государственный комитет обороны принял решение об эвакуации ряда правительственных учреждений, в том числе и Генерального штаба во главе с маршалом Шапошниковым. Сам Верховный главнокомандующий твердо отказался покинуть столицу. Обеспечивать его работу должна была лишь небольшая группа офицеров, которую возглавил А. М. Василевский. По сути, им приходилось действовать параллельно с Генеральным штабом. Нагрузка резко возросла, и Александр Михайлович даже не смог проводить Шапошникова, — дел было так много, что 16 октября, в день отъезда Генерального штаба, он был вызван в Ставку, где и проработал до глубокой ночи.
Положение осложнялось день ото дня, но при всей жесткости Верховного главнокомандующего никто не видел на его лице пессимизма, растерянности или неуверенности. Однажды ночью во время телефонного разговора он спросил Василевского, не мог бы тот написать представление на присвоение очередного воинского звания одному из генералов. Василевский, конечно, ответил согласием, спросил, о ком идет речь, смутился, услышав свое имя, и попросил освободить его от этой просьбы.
— Ну хорошо, занимайтесь своими делами, а уж в этом мы как-нибудь без вас обойдемся, — шутливо ответил Сталин.
Воинское звание «генерал-лейтенант» было присвоено на следующий день.
Правда, в столь хорошем настроении Верховный главнокомандующий бывал не всегда, и Александру Михайловичу приходилось выслушивать строгие упреки за то, что и он сам, и его сотрудники спят меньше 6 часов в сутки. Дело было не только в заботе о людях, но в интересах службы — голова у офицеров Генерального штаба всегда должна быть ясной. Сталин сам устанавливал график их отдыха и лично следил за его исполнением.
В конце ноября к Москве стали подходить стратегические резервы, и вскоре в ходе сражения наступил перелом. Советская армия перешла в решительное наступление, нанесла противнику мощные удары на севере, под Тихвином, на центральном направлении, под Москвой и на юге, под Ростовом, что не позволило фашистскому командованию осуществить маневр силами. В столицу возвращались правительственные учреждения, в том числе и Генеральный штаб во главе с маршалом Шапошниковым. К сожалению, именно в это время Борис Михайлович тяжело заболел, и обязанности начальника Генерального штаба были возложены на генерал-лейтенанта Василевского.
Рождение новых замыслов, планирование операций, анализ решений командующих фронтами, контроль действий войск, изучение и обобщение опыта сражений слились в один непрерывный процесс. Одновременно Генеральный штаб вел огромную работу по созданию стратегических резервов, внедрению в практику боевых действий передового опыта, оснащению войск новыми видами оружия и боевой техники. Создавались танковые корпуса и даже армии — первые из них появились уже в мае 1942 года.
Зимнее наступление советской армии заглохло месяцем раньше: враг все еще обладал превосходством в численности личного состава, количестве и качестве вооружения, а главное, в уровне тактического и оперативного мастерства. Стратегическая пауза не могла быть долгой. Стороны готовились к новой кампании, от победы в которой, что хорошо понимали в Генеральном штабе, зависит дальнейшее поведение Турции и Японии, а также дальнейший ход, а может быть, и исход всей войны в целом.
Верховный главнокомандующий был сторонником активной обороны, которую он понимал как ряд частных операций с относительно неглубокими целями. Шапошников считал, что намерения противника не являются окончательно ясными, а потому предлагал совершенствовать оборону, отложив операции до лета. Жуков в основном разделял его позицию, но решающим было мнение Сталина...
Принятый план содержал внутреннее противоречие, ибо отражал стремление и наступать, и обороняться одновременно. Кроме того, возможный характер действий противника был оценен неверно, и поэтому на западное направление выделили гораздо больше сил, чем на юго-западное. Тут сказались и влияние опыта предыдущей кампании, и результаты дезинформационной операции «Кремль», проведенной фашистским командованием.
Тревожные результаты ждать себя не заставили: 8 мая гитлеровские войска перешли в наступление на Керченском полуострове и в течение нескольких дней нанесли поражение Крымскому фронту, изменив обстановку на юге. Маршал Шапошников заволновался: не есть ли это лампочка индикатора, указывающая, какое стратегическое направление станет в ближайшие месяцы главным?
Вместе с Василевским он поспешил к Верховному главнокомандующему, чтобы убедить его воздержаться от наступательных действий на южном крыле советско- германского фронта.
Рекомендации Генерального штаба были учтены лишь частично: задачи наступления, предстоящего на юго-западном направлении, ограничились освобождением Харькова.
Действия советских войск под командованием маршала Тимошенко начались 12 мая и вначале развивались успешно.
— Вот видите, — упрекал генштабистов Верховный, — а по вашему настоянию чуть было не отменили такую удачную операцию!
Но уже к 19 мая фланговые контрудары гитлеровских дивизий под командованием генералов фон Паулюса и фон Клейста сделали положение критическим. За реку Оскол удалось отвести лишь часть советских войск; характер потерь был таков, что выгодное соотношение сил, как и стратегическая инициатива, здесь надолго оказалось на стороне противника.
Очередная неудача последовала на севере, где в окружении погибала 2-я ударная армия, чей командующий, генерал Власов, как позже выяснилось, встал на путь предательства. Вывести из окружения удалось только часть личного состава без тяжелой техники и вооружения.
Тем не менее 6 апреля 1942 года А. М. Василевскому было присвоено воинское звание «генерал-полковник», а 26 июня последовало его утверждение в должности начальника Генерального штаба: здоровье маршала Б. М. Шапошникова ухудшалось. Верховный главнокомандующий этим дал понять, что высоко ценит и уважает его мнение, а споры... что ж, в них рождается истина.
Прошло всего лишь два дня, и грозные события вновь потрясли советско-германский фронт. Группа армий «Юг» перешла в решительное наступление, чтобы достичь Волги и Кавказа, овладеть нефтью Каспия, отсечь военные поставки для Советского Союза через Иран и создать предпосылки для последующего успешного завершения войны.
Положение стремительно обострялось, и Александр Михайлович проводил гораздо больше времени в войсках, помогая командованию Брянского и Юго-Западного фронтов, нежели в стенах здания Генерального штаба. С июля внимание его было приковано к Сталинграду, и 23 августа, в день массированного воздушного наступления противника на город, он был там, под вражескими бомбами.