Многие биографы склонны считать, что это понижение в должности спасло Королеву жизнь: после ареста Тухачевского, который был инициатором создания РНИИ, вся верхушка института была арестована. Был расстрелян директор института Иван Клейменов, его заместитель (сменивший на этом посту Королева) Георгий Лангемак, арестованы многие другие. Самому Королеву поначалу отказали в продлении допуска к секретным работам – это был плохой знак. А в мае 1938 года на испытаниях первого советского ракетоплана РП-218-1 произошла авария, и Королев с травмой головы попал в больницу. Едва он выписался, пришли и за ним…
Его арестовали 27 июня 1938 года. Еще днем у подъезда дежурили подозрительные «люди в штатском», и Королев знал, что это пришли за ним. Наталья Сергеевна Королева рассказывала в одном из интервью: «Остаток того вечера мои родители просидели рядом. Не зажигая свет, слушали патефон – только что купленную пластинку русских народных песен. В полдвенадцатого ночи в двери громко постучали: «Открывайте! НКВД». Вошли те двое и управдом в качестве понятого. Предъявили ордер, вверх дном перевернули всю квартиру, опечатали одну из двух комнат и под утро ушли, забрав документы, чертежи, деньги, письма, фотографии. И увели отца. «Ты же знаешь, что я не виноват», – вот и все, что он сказал своей жене».
Как оказалось, сломавшийся под пытками Лангемак признался, что в РНИИ существовала троцкистская организация, членами которой были, кроме него, Клейменов, Королев, Валентин Глушко и другие. Все они шли под суд «по первой категории» – что означало, что в качестве меры наказания им рекомендуется расстрел. Однако каким-то чудом ни Королева, ни Глушко – видного инженера, ранее работавшего в Газодинамической лаборатории, – не расстреляли, но пытками и угрозами вынудили подписать признательные показания. По печально знаменитой 58-й статье (контрреволюционная деятельность) Сергея Королева приговорили к десяти годам исправительно-трудовых лагерей, пяти годам поражения в правах и конфискации имущества.
Еще до суда на допросах ему сломали челюсть, позже к перелому добавилось и сотрясение мозга. Летом 1939 года Королев – отныне «заключенный № 1442» прибыл во Владивосток, откуда на пароходе был отправлен в бухту Нагаева и оттуда – на золотой прииск Мальдяк, в семистах километрах от Магадана. На этом прииске – от тяжелой работы, невыносимых погодных условий, ужасной кормежки и притеснений охранников – ежемесячно умирали две-три сотни человек, мало кто выживал больше года… Всего за несколько месяцев Королев превратился в лагерного доходягу: из-за опухших ног он не мог ходить, сломанная челюсть мешала есть, от цинги вываливались зубы… Спасло его чудо.
Как пишет в своей книге Наталья Королева, в то время на прииск попал Михаил Усачев – бывший директор Московского авиазавода, арестованный после того, как на самолете, выпущенном его заводом, разбился Валерий Чкалов. Бывший тренер по боксу, Усачев быстро приструнил распоясавшихся уголовников, а потом кто-то показал ему Королева, который был уже на грани смерти. По настоянию Усачева его перевели в санчасть, где местные врачи – лишенные даже права лечить – отпаивали зэков соком из картошки, которую тайком приносили из дома.
Много лет спустя Королев, который никогда ничего не забывал, разыскал Усачева и взял его на работу.
Тот за много лет унижений опустился, стал выпивать, но Королев заявил заместителю: «Что бы ни делал этот человек, ты его не тронь».
Пока Королев добирался до Магадана, оставшиеся в Москве родные как могли хлопотали за арестованного. На семейном совете было решено, что, поскольку жена с малолетней дочерью были следующими кандидатами на арест, по инстанциям будет ходить мать Королева, Мария Николаевна Баланина. Она обивала все возможные пороги, и даже обратилась к знаменитым летчикам Михаилу Громову и Валентине Гризодубовой – те, не побоявшись разделить участь Королева, написали на имя Лаврентия Берии запрос о судьбе авиаконструктора. Наконец его вызвали для пересмотра дела в Москву.
Обратную дорогу Королев едва смог преодолеть. По дороге до Магадана он едва не умер от голода – спасла оставленная кем-то на дороге буханка хлеба. В Магадане Королев должен был сесть на пароход «Индигирка», однако к его великому огорчению, на борт его не пустили: мест на корабле уже не было. Как оказалось, к счастью – через несколько дней пароход во время шторма потерпел крушение в проливе Лаперуза. Подошедшие на помощь японские суда смогли спасти лишь команду и пассажиров с палубы, а более семисот заключенных навсегда остались в трюмах… В Хабаровске начальник пересыльной тюрьмы в нарушение всех инструкций отправил обессиленного заключенного без конвоя к местному врачу – если бы не все эти поистине счастливые случайности, Сергей Королев так никогда бы не вернулся в Москву.
Повторное следствие шло несколько месяцев. Накануне судебного заседания Королев написал письмо Сталину – но не для того, чтобы просить об освобождении, а чтобы рассказать о необходимости реактивного самолетостроения, за которым, по мнению авиаконструктора, было будущее. «Я могу доказать свою невиновность и хочу продолжать работу над ракетными самолетами для обороны СССР». Однако желанного оправдания не последовало: суд лишь сократил срок с десяти лет лагерей до восьми, вернул осужденному политические права и присудил денежную компенсацию за часть конфискованного имущества. Однако вместо указанного в новом приговоре Севжелдорлага Королева отправили – по запросу Туполева – в спецтюрьму НКВД ЦКБ-24, в так называемую «шарашку»: полноценное авиаконструкторское бюро, все работники которого были заключенными. Это изобретение сталинской эпохи было одновременно и спасительным (условия жизни здесь были не в пример лучше лагерных), и губительным для творческих людей: о каком полете мысли можно говорить, если люди фактически находились на положении рабов, а все изобретения делались строго по спущенному сверху плану, в тюремных условиях и под охраной?
В «туполевской шарашке» Королев работал над самолетами-бомбардировщиками Ту-2 и Пе-2, проектами управляемой радиоторпеды и ракетным перехватчиком. Леонид Кербер в своих воспоминаниях «Туполевская шарага» описывал Королева: «Небольшого роста, грузный, с косо посаженной головой, умными карими глазами, скептик, циник и пессимист, абсолютно мрачно смотревший на будущее. «Хлопнут без некролога», – была любимая его фраза».
Андрей Николаевич Туполев – учитель и друг Королева, 1944 г.
Но даже в тюрьме Королев продолжал мечтать о ракетах – и когда узнал, что в Казани, в другой «шарашке» его бывший коллега Валентин Глушко разрабатывает ракетные двигатели, попросил перевода туда. По словам дочери Королева Натальи Сергеевны, этим он продлил себе срок заключения – туполевцев за создание Ту-2 освободили почти на год раньше – но любимое дело Королеву было дороже даже свободы…