В 1942 году Параджанов заканчивает среднюю школу и получает на руки аттестат, в котором значились следующие отметки: алгебра — посредственно, геометрия — посредственно, тригонометрия — посредственно, естествознание — отлично, история — хорошо, география — посредственно, физика — посредственно, химия — хорошо, рисование — отлично. Казалось бы, с таким аттестатом впору идти куда угодно, но не ц технический вуз. Параджанов поступает иначе — становится студентом Тбилисского института инженеров железнодорожного транспорта. Однако пройдет всего лишь год, и Параджанов поймет, что поступил опрометчиво — любовь к искусству возьмет свое. Он бросает железнодорожный институт и поступает сразу в два творческих вуза: на вокальный факультет Тбилисской консерватории и в хореографическое училище при Оперном театре. В 1945 году он переводится в Московскую консерваторию в класс профессора Нины Дорлиак. Параллельно с учебой в консерватории Параджанов в 1946 году сдает вступительные экзамены на режиссерский факультет ВГИКЯ (сначала учится в мастерской Игоря Савченко, а после его смерти у Александра Довженко). Это был талантливый курс, на котором учились многие в будущем известные режиссеры советского кино: А. Алов, В. Наумов, Ю. Озеров, М. Хуциев, Ф. Миронер, Г. Габай, Н. Фигуровский, Л. Файзиев, Г. МеликАваков. Ученики этого курса принимали активное участие в съемках фильмов своего учителя И. Савченко — «Третий удар» (1948) и «Тарас Шевченко» (1951). Последний фильм поело кончины режиссера пришлось «доводить» его ученикам.
Вспоминает В. Шалуновский: «Когда во ВГИКе близилось время показа курсовых работ, когда готовились дипломные работы, студента Сергея Параджанова чуть ли не одновременно можно было увидеть сразу в нескольких местах. За день он ухитрялся побывать в Пушкинском, Историческом музеях, в библиотеке, на выставке, в антикварном магазине, на нескольких частных квартирах. Он уточнял, какой должна быть прическа у героини, какой перстень и на каком пальце она его носит, каков цвет и фасон платья. В одном доме он выпрашивал на пару дней кусок парчи, из другого, оставив в залог собственную кепку, приносил статуэтку…»
Параджанов закончил ВГИК в 1951 году. Его дипломной работой была короткометражная лента «Андриеш» (так звали пастушка из молдавской сказки). Спустя четыре года Параджанов вместе с режиссером Яковом Базеляном снимает на киностудии имени А. П. Довженко полнометражный вариант того же сюжета с тем же названием.
Обращение Параджанова к теме молдавского фольклора было не случайным, это перекликалось с его личной судьбой. Дело в том, что во время учебы во ВГИКе Сергей влюбился в Нигяр, девушку-татарку, которая была родом из Молдавии. Их знакомство произошло случайно. Зайдя в ЦУМ, Сергей в парфюмерном отделе вдруг увидел девушку, которая произвела на него сильное впечатление. Чуть ли не в тот же день Сергей пригласил ее на свидание. Их роман длился несколько месяцев и закончился браком. Однако их счастье длилось недолго. Нигяр происходила из патриархальной семьи, в которой царили весьма суровые нравы. Когда в Москву приехали братья девушки и узнали, что она без ведома родственников вышла замуж, они потребовали у Параджанова крупный выкуп. У студента Параджанова таких денег не было, но он пообещал достать их, надеясь на помощь отца. В тот же день Иосифу Параджанову в Тбилиси полетело письмо, в котором сын буквально умолял дать ему требуемую сумму, обещая со временем обязательно ее вернуть. Но Иосиф был слишком обижен на сына за то, что тот изменил семейной традиции, не пошел по его профессиональным стопам, и в просьбе отказал. Финал згой истории был трагичен: родственники потребовали от девушки, чтобы она бросила нищего мужа и вернулась с ними на родину. Но та отказалась. И тогда родственники поступили с ней согласно своим патриархальным нравам — сбросили ее под электричку.
Обращение Параджанова к молдавской теме было данью памяти любимой девушке, которую Параджанов не забыл до конца своих дней. Хотя внешне его личная жизнь после этой трагедии складывалась вполне благополучно. В середине 50-х, будучи в Киеве, он женился на украинке, два года прожившей в Канаде, — Светлане Щербатюк. Элегантная, красивая, она вполне могла быть фотомоделью. У них родился сын, которого назвали Суреном. Белокурый, как и его мать, мальчик внешне мало что взял от своего отца, который его обожал. Но жить в семье с Параджановым было сложно. Он был человеком непредсказуемым, странным, и многие его причуды воспринимались людьми как безумие. Соседи Параджанова по Тбилиси, когда он чудил, обычно говорили: «Сумасшедший на свободе». Свою жену Параджанов заставлял принимать участие в его мистификациях и причудах. Он настаивал, чтобы она чистила яблоки каким-то необыкновенным образом, ставила чашку на стол не так, а эдак, котлеты укладывала на блюдо особенным образом. Как напишет позднее К. Калантар: «Параджанов выдумывал и придумывал в жизни так же, как рисовал, как создавал коллажи или куклы, как писал сценарии и ставил фильм. Его творческая жизнь не знала пауз, она была столь интенсивна, что фантазия его продолжала «выдавать продукцию» и в перерывах между занятиями профессиональным искусством, когда он просто общался с людьми. Кто-то знал Параджановачеловека, кто-то Параджанова-художника, а был один Параджанов — творец вымышленного прекрасного мира».
Судя по всему, Светлана Щербатюк так и не сумела приспособиться к причудам своего мужа и в 1961 году, взяв с собой сына, покинула его дом. Но Параджанов навсегда сохранил в своем сердце любовь к этой женщине. Рассказывают, что когда он впервые увидел в Киеве известную актрису Вию Артмане, то грохнулся перед ней на колени, произнося восторженные слова восхищения. Внешне Артмане была очень похожа на его бывшую жену Светлану Щербатюк. И эта женщина оставила след в творчестве Параджанова: она снималась в автобиографической ленте «Исповедь» в образе молодой супруги, а один из эпизодов сценария был посвящен ее золотому локону.
Вспоминает Сурен Параджанов: «Отец прожил с мамой недолго. Конфликтовал с тестем-коммунистом, да и мама была недовольна его образом жизни. Постоянные гости, застолья и изнурительная работа. Беспокойный человек. По 30–40 человек ежедневно в доме принимать, кому это понравится? А он без этого не мог.
Когда отец с матерью разошлись, потом они все равно подчерживали дружеские отношения. Он ею гордился. Мама преподавала в университете русский язык как иностранный. Милая, порядочная женщина, она любила его и до сих пор не может забыть. Говорит, что отец был уникальным человеком. Хотя часто знакомил меня с очередной «будущей мачехой», но бабником не был. А мать всегда ревновал…»