В тюрьме Яков Анисимович тяжело заболел. В августе 1922 года его помещают в тюремную больницу. В это время его жена делала все возможное для освобождения мужа. Ее письма с требованием освободить мужа составляют большую часть следственного дела. К октябрю 1922 года она добилась разрешения освободить мужа под подписку о невыезде. Когда она пришла его забрать домой, то он был в таком состоянии, что не узнавал ее и всю дорогу до дома он останавливался и плакал. Через две недели после освобождения Якова Анисимовича из-под ареста у его жены Наталии Васильевны родился сын Алексей, крестным отцом которого стал Святейший патриарх Тихон.
В октябре этого же года вынесли заключение по его делу, в котором говорилось, что: «Никаких конкретных данных, уличающих его в предъявленном обвинении, в деле не имеется, а также принимая во внимание его болезненное состояние, требующего усиленного продолжительного лечения и постоянной опеки со стороны родных, освободить его из-под стражи под подписку о невыезде, дело следствием продолжить, приобщив к общему делу Тихона».
В мае 1922 года Патриарх Тихон (в миру Василий Иванович Беллавин) был перевезен в Донской монастырь и заключен под домашний арест. Его заточили в небольшой келье под монастырскими вратами, где раньше проживали архиереи, находившиеся на покое. В ней он пребывал в полной изоляции от внешнего мира. Только один раз в сутки, в 12 часов, заключенному патриарху позволяли выйти на балкон. Каждый раз при этом он видел вдали группы людей, склонявших головы при его появлении. Он издали благословлял их.
Государственный прокурор Крыленко заявил: «Разные Беллавины, представители эксплуататорского класса, 300 лет давили народ. Теперь они в наших руках, и мы не пощадим их».
Когда Святейшего арестовали и поместили в тюрьму, то именно семья Полозовых обратилась в Красный крест с просьбой разрешить передавать передачи патриарху Тихону в тюрьму. Сразу же после освобождения патриарха именно Яков Анисимович встретил его и продолжал служить ему до своей смерти.
9 декабря 1924 года в дверь покоев патриарха Тихона постучали. Открывать пошел его келейник Яков Полозов. В прихожую ворвались двое «неизвестных», но Полозов преградил им дорогу. Несколькими выстрелами в упор они убили Якова Анисимовича. Убийцы сорвали с вешалки шубу, с целью инсценировать ограбление, а потом выскочили из покоев на улицу и скрылись. Когда патриарх услышал выстрелы, то он спустился и увидел, что Яков Анисимович убит. «Вернитесь! Вернитесь! Вы человека убили!» – закричал им вслед патриарх.
На место злодейского убийства приехали сотрудники милиции и чекисты, во главе с функционером ГПУ Тучковым, который цинично заявил, что убийцы были якобы «белогвардейцами». Дело об убийстве велось крайне небрежно. Даже время смерти Якова Полозова в документах указано разное. Причем следователей почему-то больше всего интересовала пропажа шубы патриарха, чем убийство человека, которое через месяц было закрыто.
Существует две версии этого убийства.
Первая – покушение на жизнь патриарха Тихона, но по ошибке убили его верного келейника Якова Полозова.
Вторая – покушение именно на Якова Анисимовича. Это убийство было организовано бандитствующими безбожниками из ГПУ, с целью устрашения патриарха Тихона и устранения верного ему человека. На место убитого Якова Полозова чекисты планировали внедрить и поставить своего агента, чтобы через него контролировать и оказывать давление на Патриарха Тихона.
Функционер ГПУ Тучков запретил хоронить Якова Полозова в Донском монастыре и предложил Ваганьковское кладбище. «Он будет лежать здесь», – кратко ответил патриарх Тихон, когда узнал об этом.
Больших трудов стоило патриарху Тихону добиться от властей согласия на захоронение тела Якова Полозова на территории Донского монастыря, но сделали так, как хотел Святейший.
Погребение келейника Якова Полозова состоялось 12 декабря 1924 года на территории нового кладбища Донского монастыря, примыкающей к южной монастырской стене. Отпевал убиенного патриарх Тихон с сонмом духовенства, при небывалом стечении верующих.
Когда после похорон патриарх Тихон посетил могилу Якова Полозова на Донском кладбище, в него дважды стреляли, но промахнулись.
Все пережитое подорвало здоровье патриарха. Он попал в больницу на Остоженке. Но и там ГПУ продолжало преследовать его. В марте 1925 года был подписан ордер на его арест, но арест не состоялся. 7 апреля 1925 года Святитель Тихон скончался. По официальной версии, смерть наступила якобы «от сердечной недостаточности». Но существует и другая версия – об отравлении Святейшего Тихона агентами ГПУ. За несколько часов до смерти патриарх Тихон произнес: «Теперь я усну… крепко и надолго. Ночь будет длинная, темная-темная».
Патриарха Тихона захоронили 12 апреля 1925 года (в Вербное воскресенье) на монастырской территории с внутренней стороны южной стены Малого Донского собора во имя Донской иконы Божией Матери. Собрались сотни тысяч верующих. В отпевании Святейшего Тихона участвовали 56 архиереев и до 500 священников, пели хоры Чеснокова и Астафьева. С этого момента на его могилу началось паломничество как к месту захоронения мученика. По одной из версий, чтобы прекратить это массовое паломничество, безбожные власти приказали тайно перенести тело Святейшего Тихона из Донского монастыря на Введенское (немецкое) кладбище.
Вскоре после кончины патриарха Тихона новое монастырское кладбище (на котором захоронили тело его келейника) было ликвидировано. Поэтому в 1926 году по желанию Наталии Васильевны – вдовы убитого – тело Якова Полозова перезахоронили на территории Донского монастыря у южной стены Малого Собора Донской иконы Божией Матери (с внешней стороны храма).
Место упокоения Якова Полозова – верного келейника патриарха Тихона – фактически стало первым захоронением жертв массового террора на территории Донского монастыря. Через десять лет – близ монастырских стен – чекистами был тайно захоронен прах десятков тысяч жертв сталинских репрессий. В 1930-е годы с подвалов Лубянки, Лефортовской и Сухановской тюрем, а также из других мест сюда грузовиками свозили трупы казненных или замученных.
После их сожжения в Донском крематории пепел с остатками костей сразу же зарывался в безымянные рвы и могилы. Именно в те годы крест над захоронением Якова Полозова уничтожается. Его могила сравнивается с землей.
После 1945 года Малый собор Донского монастыря вновь был открыт для богослужений. По одной из многочисленных версий, в конце 1940-х годов (в связи с посещением Москвы иностранной церковной делегацией) мощи патриарха Тихона были возвращены в Малый собор, с целью доказать, что в СССР якобы нет гонений на православие. Тогда же была восстановлена могила его келейника Якова Полозова, над захоронением которого был водружен небольшой крест. Поэтому верующие, приходящие к месту упокоения Святейшего патриарха Тихона, обычно заходили и к захоронению Якова Полозова, находящемуся у южной стены Малого Донского собора.
