27 марта 1927 года свт. Сергий снова вступил в управление Патриаршей церковью на правах Заместителя Патриаршего местоблюстителя. Результатом ареста и дальнейшего давления на него и на Патриаршую церковь, которая в то время с точки зрения «советского права» находилась «на нелегальном положении», было издание документа, известного как Декларация митрополита Сергия, опубликованная 16/29 июля 1927 года, в которой отмечался факт ожесточенной вредительской и диверсионной деятельности «наших зарубежных врагов», в связи с чем особо важно «теперь показать, что мы, церковные деятели, не с врагами нашего Советского государства и не с безумными орудиями их интриг, а с нашим народом и Правительством».
Послание оказалось ценой, которую заплатил митрополит Сергий за официальную регистрацию его в качестве заместителя Патриаршего местоблюстителя и Временного при нем Патриашего Священного синода, полученную двумя месяцами ранее: «:.. в мае текущего года, по моему приглашению и с разрешения власти, организовался временный при заместителе патриарший Священный синод в составе нижеподписавшихся (отсутствуют преосвященный Новгородский Митрополит Арсений, еще не прибывший, и Костромской архиепископ Севастиан, по болезни). Ходатайство наше о разрешении Синоду начать деятельность по управлению Православной Всероссийской Церковью увенчалось успехом. <…> Выразим всенародно нашу благодарность к Советскому правительству за такое внимание к духовным нуждам православного населения, а вместе с тем заверим Правительство, что мы не употребим во зло оказанного нам доверия».
Первоначальная реакция на Послание в среде Церкви (в СССР) не была резко критической: так, авторы Послания Соловецких епископов от 14 (27) сентября 1927 года, не находя возможность «принять и одобрить послания в его целом», по существу, выдвигают те же принципы взаимоотношения Церкви с государством.
Профессор Иван Андреевский (Андреев) (РПЦЗ) о первых одиннадцати месяцах (до его ареста в ноябре 1926 г.) управления митрополита Сергия Патриаршей Церковью писал, что строй церковного управления по своему существу продолжал быть вполне каноническим, ибо преемство власти делалось законным по согласию всех епископов и законность действий первого из них зиждилась на том, что он «ничего не творил без разсуждения всех» и говорил о том контрасте, которым явился modus operandi митрополита Сергия по выходе из заключения, который Андреев однозначно, вслед за протоиереем Михаилом Польским, квалифицировал как «диктатуру первого епископа».
Протест духовенства становится более резким в конце 1927 года, после того как Временный Патриарший синод под давлением власти начал увольнять на покой сосланных архиереев, и начались перестановки на кафедрах. Это вызвало резкое недовольство у части духовенства. Именно эти действия подтолкнули некоторых представителей епископата и клира разорвать общение с митрополитом Сергием, сохраняя поминовение митрополита Петра. Так перевод митрополитом Сергием, по требованию властей, митрополита Ленинградского Иосифа (Петровых) в Одессу был истолкован как его позволение властям вмешиваться в кадровую политику, что вызвало резкое неприятие. В конце осени 1927 года центром сопротивления курсу митрополита Сергия стал Ленинград во главе с митрополитом Иосифом, находившимся тогда в Ростове. Последний писал митрополиту Сергию: «Я считаю Вас узурпатором церковной власти, дерзновенно утверждающим себя Первым Епископом страны; может быть, и по искреннему заблуждению и во всяком случае с молчаливого попустительства части собратий епископов, повинных теперь вместе с Вами в разрушении канонического благополучия Православной Русской Церкви»… Отделились также временный управляющий Воронежской епархией епископ Козловский Алексий (Буй) и управляющий Воткинской епархией епископ Глазовский Виктор (Островидов) и др.
2 февраля 1930 года Папа Пий XI обратился с призывом молиться за «гонимую Русскую Церковь»; в Великобритании архиепископ Кентерберийский Космо Ланг организовал международное и межконфессиональное (с участием русских эмигрантских клириков, в частности митрополита Евлогия (Геогиевского)) «моление о страждущей Русской Церкви», прошедшее 16 марта 1930 года. Ввиду того, что подобные акции на Западе наносили удар по престижу руководства СССР, власти организовали контрмероприятия. В частности постановлением Политбюро ЦК ВКП(б) от 14 февраля 1930 года было определено: «Поручить тт. Ярославскому, Сталину и Молотову решить вопрос об интервью», а 16 февраля 1930 года в газетах «Правда» и «Известия» опубликовали интервью митрополита Сергия (Старогородского) и членов Синода. Текстологический анализ документов из Архива президента РФ показал, что интервью являлось полной фальсификацией, совершенной уполномоченными к этому постановлением Политбюро Сталиным, Ярославским и Молотовым. Никто из иерархов Церкви, включая митрополита Сергия, не участвовал ни в его написании, ни в редактировании. Не существовало и «представителей советской печати», которые якобы брали это «интервью». Основной вариант был написан Емельяном Ярославским. Он был тщательно отредактирован и дописан Сталиным. Молотов оставил менее значительную правку. 16 февраля 1930 года, через три дня последовало аналогичное интервью уже только Сергия зарубежным корреспондента.
К концу 1930 года насчитывалось до 37 архиереев Патриаршей Церкви, отказавшихся от административного подчинения митрополиту Сергию. Особое недовольство среди духовенства и мирян вызывалось запретом поминовения на богослужении (ектениях и иных публичных молитвах) ссыльных архиереев и требованием поминовения властей.
19 февраля 1930 года Заместитель Местоблюстителя обратился к Советскому правительству с посланием, в котором ходатайствовал о возобновлении церковно-издательской деятельности и о восстановлении духовных школ. Патриархия получила разрешение на издание официального органа – Журнала Московской патриархии; в 1931–1935 годы выпущено 24 номера. Помимо официальных документов в нем помещались богословские статьи, в основном самого митрополита Сергия, который был главным редактором издания.
12 апреля 1932 года постановлением Синода за № 60/б л. Сергий награжден предношением креста при богослужении.
27 апреля 1934 года Патриарший синод, при участии прочих архиереев (всего 21 человек) усвоил ему титул «Блаженнейший митрополит Московский и Коломенский» с правом ношения двух панагий, т. е. с разрешения властей возвел его с титулом митрополита на патриаршую (Московскую) кафедру.
18 мая 1935 года состоялось последнее заседание Временного Патриаршего Священного синода, на котором он под давлением властей был упразднен. Управление делами Синода реорганизовано в Управление делами Московской патриархии.
