Военные успехи Ёритомо успешно подкреплял административной деятельностью. На захваченных землях он создавал специальные самурайские ведомства, которые подчинялись лично ему, назначал военных и гражданских губернаторов. Вскоре он возложил проведение боевых операций на своих вассалов и родственников, в первую очередь — Минамото Ёсицунэ, а сам занялся обустройством новых территорий, перешедших под его полный контроль. Императорский двор, видя явные успехи мятежников, принял единственно приемлемое решение: признал войска Минамото правительственными, а Тайра — мятежными. Теперь клан Минамото действовал на законных основаниях…
До тех пор, пока члены многочисленного семейства Минамото находились в опале, они были единодушны в своей ненависти к соперникам. Но как только им стала сопутствовать удача, старые распри и соперничество усилились. Каждая из ветвей великой семьи стала претендовать на лидерство. Занявший Киото Ёсинака объявил себя военным лидером — сэий тайсёгуном, но Ёритомо направил в столицу армию во главе с братьями Ёсицунэ и Нориёри. Войска Ёсинака были разгромлены, а сам он убит. Затем настала очередь других Минамото, осмелившихся оспаривать статус предводителя. Ёритомо не желал видеть рядом с собой сильных соперников и использовал любую возможность, чтобы их уничтожить. Через полгода после смерти Ёсинака погиб глава ветви Кай Итидзё Тадаёри (он был обвинен в подготовке мятежа), затем пришла очередь лидера Минамото из Синано Иноуэ Мицумори. Был убит сын Ёсинака, женатый на дочери Ёритомо… Список жертв Ёритомо все увеличивался. Даже окончательная победа над Тайра (1185) не смягчила его сердца. Ёритомо объявил своим врагом Ёсицунэ — одного из своих самых преданных союзников — и конфисковал его владения.
О Ёсицунэ следует упомянуть особо. Хотя он и не стал сёгуном, но был одним из самых выдающихся представителей этой семьи, великим самураем, который прославился беспримерной храбростью и блестящим талантом полководца. Минамото-но Ёсицунэ (1159–1189) родился за год до того, как был убит его отец Минамото-но Ёсимото, знаменитый полководец и глава клана. Как и многие дети опальных аристократов, он был сослан в монастырь. По преданию, он провел там всю свою юность, изучая сутры и постигая воинское искусство, причем его учителями были мифические существа — тэнгу. Тем не менее монахом он так и не стал. Как только Ёритомо поднял восстание против Тайра, он сбежал из монастыря и примкнул к войскам. Благодаря своим исключительным способностям и решительности он неоднократно выигрывал сражения, даже в тех случаях, когда враг превосходил его численно во много раз. В немилость к Ёритомо он попал из-за навета своего подчиненного, Кадзихары Кагэтоки, который сумел убедить сёгуна в том, что Ёсицунэ собирается претендовать на его место. Несколько лет Ёсицунэ удавалось скрываться. Он пытался найти пристанище в разных городах, но в конце концов нашелся предатель, который указал преследователям дом беглеца. Когда дом был окружен подосланными Ёритомо самураями, Ёсицунэ покончил с собой. Вместе с ним покончила с собой и его жена, а их верный слуга Канэфуса, обливаясь слезами, убил детей Ёсицунэ, десятидневную девочку и пятилетнего мальчика. О Ёсицунэ впоследствии было написано и сыграно множество пьес для японского театра.
Ёритомо, избавившись от возможных соперников, приступил к созданию собственного правительства, независимого от органов власти императора. В 1192 году он создал правительство самураев, состоящее из самураев и правящее ради самураев. Разумеется, во главе этого правительства встал он сам. В том же году император даровал ему высший военный титул — сэий тайсёгун («великий воевода — каратель варваров»). В древней Японии так называлась одна из временных военных должностей главнокомандующего (тайсёгуна) армией государства. Сэйи тайсёгуном назначались некоторые полководцы, направленные императором для сражения с «варварами» (эмиси) — племенами айнов, в те времена заселявших северо-восток страны. Первым, кто получил это звание, был Отомо Отомаро, которому император Камму приказал идти в поход на эмиси в 794 году. После прихода к власти Минамото Япония почти на 700 лет получила новую форму государственности — сёгунат.
Основатель династии Минамото умер в 1199 году, не оставив после себя достойных преемников. Да и могло ли быть иначе — ведь лучшие из лучших представителей клана Минамото уничтожались по его приказу! Поэтому новым сёгуном стал его старший сын Ёрииэ (1182–1204), не обладавший ни талантами, ни волей отца. Гораздо более сильные противники быстро втянули его в безнадежную политическую борьбу. К тому же в 1203 году его постигла тяжелая болезнь, которая резко уменьшила его шансы на победу. А в 1105 году, в результате заговора своей матери — Ходзё Масако — Ёрииэ был убит.
Третьим сёгуном из династии Минамото стал Минамото-но Санэтомо (1192–1219). Он был человеком совершено другого склада, чем его предшественники. Минамото-но Санэтомо увлекался поэзией, писал стихи в классическом стиле вака, собирался в путешествие в Китай на парусном корабле и напоминал скорее придворного прежних времен, чем самурая. Невозможно без волнения читать написанные им строки:
Этот мир земной —
Отражённое в зеркале
Марево теней.
Есть, но не скажешь, что есть.
Нет, но не скажешь, что нет.
Это пятистишие Санэтомо посвятил срединному пути. Для него философия буддизма была намного важнее философии управления, и созерцание он предпочитал действиям по укреплению власти. Неудивительно, что подобный взгляд на обязанности правителя не нашел поддержки у самураев, так как шел вразрез с требованиями эпохи. Постепенно Санэтомо отошел от власти, передав фактические бразды правления регентам Ходзё. Но даже отказ от правления не спас нового сёгуна от расправы. В 1219 году Санэтомо был зарублен в храме Цуругаока Хатимангу сыном Минамото Ёрииэ — Ёсимура. Согласно другой версии, Санэтомо отправился на поклонение в обитель Хатимана и, поднимаясь по ступеням, был убит своим племянником, Куге, надеявшимся самому стать сегуном. На всякий случай был убит и сын Ёрииэ — Дзангё. Род Минамото Ёритомо прервался…
После гибели Санэтомо Япония осталась без сёгуна на целых семь лет. В 1226 году этот титул перешел к восьмилетнему Кудзё Ёримунэ из рода Фудзивара. Этот клан находился у власти до 1333 года. Тем не менее, благодаря родственным связям с другими кланами и сохранившимся связям, клан Минамото и в дальнейшем сохранял свое влияние на императорский двор вплоть до революции Мэйдзи (1868).
В роду Минамото было немало ярких личностей. Но именно это и стало причиной падения прославленной династии. Ведь ни один из братьев не желал уступить другому пальму первенства, и ни один из родственников не желал поступиться собственными интересами для блага семьи. Они были рождены для того, чтобы побеждать — и побеждали, любой ценой, не считаясь ни с родственными связями, ни с узами дружбы…