«Чичагов нашел в Синоде бумагу, о которой митрополит и все забыли (скандал!), в которой Синод просит тебя разрешить его прославление (год или больше тому назад) и на заголовке которой ты написал "согласен", — значит, они во всем виноваты», — писала Императрица мужу.
А теперь новый обер-прокурор Самарин не дал канонизации ходу лишь на том основании, что к этому делу оказались причастны Распутин с Варнавой, и, так, церковная жизнь в который раз переплеталась с политикой, что одинаково дурно сказывалось и на той, и на другой.
«При Самарине развернулось дело епископа Варнавы о прославлении мощей святителя Иоанна Тобольского, — вспоминал Спиридович. — Уже более года тому назад Синод постановил канонизировать Св. Иоанна, но дело почему-то затянулось. <…>
Не получая никаких указаний из Синода о прославлении Св. Иоанна, епископ Варнава, летом 1915 года, обратился непосредственно к Государю Императору и получил разрешение Его Величества. В июне епископ Варнава прославил Святителя, а публика приняла это за канонизацию. Дело дошло до Синода и, когда Обер-Прокурором был назначен Самарин, епископа Варнаву привлекли к ответу за неправильные действия. Обе стороны проявили большую страстность. Обер-Прокурор настаивал на том, что епископ не имел права действовать без ведома Синода, епископ же ссылался на Высочайшее разрешение.
Самарин осложнил дело, придав ему значение распутинского влияния на Церковь. Вызвав епископа Варнаву в Петербург, Самарин не ограничился делом прославления, а начал выговаривать епископу за его дружбу со старцем, упрекать его за поддержку Распутина и доказывать необходимость того, дабы епископ Варнава доложил Его Величеству о непотребной жизни Распутина.
Варнава, оставшийся и под епископским одеянием все тем же мужичком "себе на уме", покорно выслушивал Обер-Прокурора, но, уйдя из Синода, рассказал своим друзьям все, чему учил его Самарин. Рассказал и А. А. Вырубовой, рассказал и Андроникову. Передал Варнава и то, как непочтительно отзывался о Государыне и Самарин, и Тобольский Губернатор. Рассказывал, что Губернатор называл Царицу "сумасшедшей", а Вырубову так ругал, что и передать нельзя. О том же, что говорили и Самарин, и Тобольский Губернатор про Распутина, и говорить не приходится. Все эта дословно передал епископ Варнава и все эти сведения были переданы во дворец».
Вопрос о том, насколько Варнава преследовал при этом свои личные цели и насколько участвовал в его действиях Распутин, можно считать открытым, да и не слишком существенным. Смиттен в своих материалах приводит текст телеграммы, которую послал Распутин Государю: «Вставку государю инператору владыко просит Ивану Максимовичу пропеть величанье своеручно благим намереньям руководит Бог Григорий Новый».
Другую телеграмму, посланную несколько дней спустя, цитирует в своей богатой документами книге «Последний царский святой» СВ. Фомин:
«Величание пропето. Народ ликовал, плакал. Владыко Синод известил. Его требуют немедленно туда с делом. Вы скажите мной поведено. Теперь идем молиться Покрову, с нами Бог, Покров над всей православной армией. Рука твоя служит благодатью.
Епископ Варнава, Григорий Новый».
Иоанн Тобольский ни за действия двух товарищей, ни за орфографические ошибки господина Нового не отвечал. А Варнава, формально нарушая волю Синода, пытался самочинно, но из лучших побуждений исправить его же промедление, тем более что в 1915 году исполнилось 200 лет со дня преставления митрополита Иоанна и прославить его в этот год представлялось совершенно логичным. Именно так впоследствии рассуждал и сам Государь, когда в ответ на доклад членов Синода о неправомерных действиях Варнавы высказался в том смысле, что «действия епископа Варнавы, имея значение местного прославления, примеры коего дает русская церковная история, не нарушают предначертанного Синодом порядка всероссийского церковного прославления приснопамятного святителя Иоанна Максимовича. Твердо верю, что Синод в горячей ревности еп. Варнавы о скорейшем прославлении чтимого его паствою святителя почерпнет оправдание его действиям в настоящей страдной для Родины године и ради мира церковного покроет их прощением и любовью». Мотив, в каком-то смысле повторяющий разрешение конфликта между Синодом и Илиодором или Синодом и имяславцами, и в этом повторе в который раз звучало роковое взаимное недопонимание Церкви и Царя.
«Пора наконец сказать Синоду перед Царем державное слово. Наше молчание справедливо считают трусостью. Пора возвысить голос правды, — и поверьте тогда нас станут уважать, с нами будут считаться», — писал в дневнике архиепископ Арсений (Стадницкий).
Синод, таким образом, стремился к реваншу, и русских архиереев трудно не понять — слишком много унижений приходилось им претерпевать и малейший намек на Распутина действовал на них чрезвычайно болезненно. Но в истории с канонизацией Иоанна Тобольского существенно и то, что еще до епископа Варнавы за нее высказывались многие из тех клириков, кто преследовал Распутина как хлыста. Так, в 1900 году один из самых главных впоследствии распутинских недругов Тобольский епископ Антоний (Каржавин) повелел вместо мраморного надгробия соорудить над гробом святителя серебряную раку с позолоченной сенью.
«Как было бы радостно, если бы мы, почитатели Святителя Иоанна, в предстоящий торжественный день смогли бы воспеть Святителю не "вечную память", а "величаем тя, Святителю отче Иоанне…"» — говорил в 1912 году протоиерей Тобольского кафедрального собора Дмитрий Смирнов — тот самый священник, который принимал участие в расследовании Тобольской консистории в 1907 году и готовил рапорт о принадлежности Распутина к хлыстам, а в 1913 году был назначен по предложению епископа Тобольского и Сибирского Алексия (Молчанова) председателем Комиссии по подготовке празднеств в связи с 200-летней годовщиной блаженной кончины Иоанна (Максимовича).
Среди наиболее деятельных членов этой комиссии был протоиерей Александр Иванович Юрьевский, главный архивариус Архивной комиссии при Тобольском братстве святого Дмитрия Солунского, известный своим крайне отрицательным отношением к Распутину. Упоминание о нем можно найти в книге О. А. Платонова:
«В 1912 году против Распутина пытаются сфабриковать еще одно дело о хлыстовстве. Содержание этого дела передают воспоминания семинариста, учившегося в Тобольской семинарии в 1907—1913 годах, некоего М.В.Андреева. В 1913 году он был семинаристом выпускного курса, на котором вел занятия некто священник Юрьевский. И вот однажды этот Юрьевский пришел к семинаристам очень расстроенный и начал жаловаться, что Владыко Алексий бросил в горящую печь его трехмесячный труд о Распутине, выполненный им по заказу епископа Евсевия.