Перед Бакатиным были поставлены сложные задачи реформирования органов госбезопасности. Выбор возможных вариантов для этого был широк: от полной ликвидации КГБ, увольнения всех кадров, как это было сделано в некоторых европейских странах, где прошла процедура люстрации, до коренного дробления системы. Бакатин пошел по пути, как он признавался, «варианта реформ, а не разрушения». Он хотел сделать так, «чтобы КГБ не представлял угрозы для общества, не допуская при этом развала системы государственной безопасности».
На базе Комитета, который, по выражению Бакатина, по сравнению с МВД выглядел «карликом», создавались несколько разрозненных, слабо координируемых, часто конкурирующих между собой самостоятельных служб: Межреспубликанская служба безопасности (В. Бакатин), Центральная служба разведки (Е. Примаков), Комитет правительственной связи (А. Старовойтов), Комитет по охране государственной границы (Я. Калиниченко). Финансирование этих ведомств осуществлялось за счет союзного бюджета. Реформаторы мотивировали необходимость подобных преобразований интересами недопущения такого положения, при котором органы госбезопасности могли бы становиться в будущем инструментом антиконституционных действий или организатором государственных заговоров.
Руководители создаваемых структур в ведомственных спорах делили интеллектуальный и оперативно-технический потенциал прежнего КГБ СССР, здания и кабинеты, вспомогательные службы научного, материально-технического, медицинского обеспечения. Каждый из них стремился шумно тянуть одеяло на себя. Между прочим, тогда мало кого волновали разбитые судьбы или перспективы дальнейшей службы оперативных сотрудников, которые были втянуты в жестокий круговорот в связи с действиями ГКЧП, последовавшими проверками новыми демократическими властителями их политической (вернее личной) благонадежности по отношению к новым властям.
Все перестроечные, реформистские идеи крутились в Москве, возможности Бакатина как руководителя КГБ СССР в рамках еще живого Союза оказывать хотя бы какое-нибудь позитивное влияние на создавшуюся обстановку и положение вокруг сотрудников органов госбезопасности в союзных республиках были ограниченными или вообще отсутствовали. «Неужели кто-то мог надеяться, что Кравчук потерпит у себя в Киеве подчиненный центру КГБ Украины?» — рассуждал Бакатин.
Образование новых разрозненных спецслужб происходило в обстановке утраты нашей страной статуса великой державы, усиливающегося экономического паралича и криминализации общества, увеличения межнациональных столкновений на территории союзных республик. Слабые спецслужбы грозили обернуться катастрофой для демократической России: назревала необходимость существенного усиления борьбы с нарастающим внутренним и международным терроризмом, местническим сепаратизмом, попытками раздробления страны на удельные автономные владения.
Окунувшись с первых же дней в проекты разрабатываемых правовых документов, в знакомую работу по регуляции потоков политической и оперативной информации, я с некоторым опасением наблюдал за происходящим в стенах КГБ и за его пределами. Все больше убеждался в правильности принятых решений при образовании СНБУ, когда формирование украинской спецслужбы проходило, хотя и нелегко, но без междоусобных ведомственных споров и катаклизмов.
В последовавшем после ГКЧП развале КГБ в адрес Бакатина было брошено достаточно серьезных обвинений. Некоторые из них заслуженные, но в те времена не все было так однозначно. Редкие сотрудники спецслужб представляли себе, а тем более владели подлинной картиной того, как в действительности развивались взаимоотношения КГБ СССР с реформируемыми в самостоятельные подразделения АФБ, ФАПСИ, Пограничными войсками. Многим руководителям отпочковавшихся структур согревало душу стремление к самостоятельности, повышению статуса в государственной иерархии своего ведомства, пусть и кустарного.
Три технических управления КГБ СССР: правительственная связь, службы шифрования и радиоэлектронной разведки — образовали Комитет правительственной связи (позднее ФАПСИ). Его шеф А. Старовойтов быстро приспособил создаваемое ведомство и своих приближенных к рыночным условиям, создавал коммерческие структуры, сдавал в аренду банкирам и другим богачам каналы засекреченной правительственной связи. Дошло до такого состояния, что он присвоил звание полковника известному авантюристу, скандальному адвокату Д. Якубовскому. Неспроста в этой системе вскоре последовали аресты ряда ответственных сотрудников за финансовые злоупотребления. Бакатин отмечал, что ему «не очень понравилось» стремление руководства ФАПСИ раздуть структуру и выбить побольше генеральских должностей. Там, где в КГБ было три управления, стало шестнадцать, а количество генералов «неимоверно возросло».
Бакатину приходилось нелегко, он волновался, его настроение часто менялось, он переходил от одного психологического состояния к другому, был излишне категоричен и скоропалителен в принимаемых решениях и собственных суждениях.
От разваливающихся, реформируемых и перестраивающихся структур разведки и контрразведки он требовал высокой профессиональной отдачи. Сам же справедливо подчеркивал, что создать новую спецслужбу «одним приказом наивно и невозможно», ссылаясь на собственный опыт образования МВД России, когда для этого ему в свое время понадобился почти год. Особое недовольство Бакатин высказывал деятельностью разведывательных служб, делал публичные заявления о том, что из Первого главного управления продолжает поступать «информационный мусор, который зачастую имел не большую ценность, чем вырезки из газет». По его непререкаемым оценкам, разведке «не хватало четкого выбора политических приоритетов, нравственных ориентиров, понимания того, для кого и во имя чего она работает». Он считал, что «для спасения разведки» ее надлежит выделить из состава ведущих подразделений КГБ и преобразовать в независимую спецслужбу. Руководство разведки во главе с Л. Шебаршиным вторило этому, придерживалось подобных позиций и в ответ имело смелость заявлять, что самостоятельность разведывательной службы позволит избавиться «от неприятного кагэбэшного хвоста» и поможет в дальнейшем «спасти саму разведку от некомпетентных, залихватских и недоброжелательных действий Бакатина».
С мая 1991 года самостоятельный российский КГБ, несмотря на усилия его председателя В. Иваненко, оставался практически не сформированным и не укомплектованным личным составом. Теперь он начал преобразовываться в Агентство федеральной безопасности (АФБ) России. Как и в период Крючкова, это снова повлекло множество разногласий с центральным аппаратом КГБ СССР в распределении решаемых оперативных задач, полномочий в руководстве территориальными органами, требованиях передачи в ведение республиканской спецслужбы всех московских контрразведывательных подразделений и, наконец, в столкновении личных взглядов и амбиций руководящего состава обоих ведомств. Бакатин и Иваненко были вынуждены выступить с совместным заявлением и заверить общественное мнение в том, что между образуемыми структурами госбезопасности «нет неурядиц и непримиримых противоречий». «Конечно, формирование АФБ и реформирование МСБ — процесс сложный, не исключающий возможности возникновения известных разногласий по частным вопросам… Полагаем, что информация о соперничестве МСБ и АФБ России имеет целью посеять семена раздора между этими двумя организациями и наносит вред общему делу обеспечения безопасности России и других суверенных государств», — успокаивали общество Бакатин и Иваненко.
