С мая 1991 года самостоятельный российский КГБ, несмотря на усилия его председателя В. Иваненко, оставался практически не сформированным и не укомплектованным личным составом. Теперь он начал преобразовываться в Агентство федеральной безопасности (АФБ) России. Как и в период Крючкова, это снова повлекло множество разногласий с центральным аппаратом КГБ СССР в распределении решаемых оперативных задач, полномочий в руководстве территориальными органами, требованиях передачи в ведение республиканской спецслужбы всех московских контрразведывательных подразделений и, наконец, в столкновении личных взглядов и амбиций руководящего состава обоих ведомств. Бакатин и Иваненко были вынуждены выступить с совместным заявлением и заверить общественное мнение в том, что между образуемыми структурами госбезопасности «нет неурядиц и непримиримых противоречий». «Конечно, формирование АФБ и реформирование МСБ — процесс сложный, не исключающий возможности возникновения известных разногласий по частным вопросам… Полагаем, что информация о соперничестве МСБ и АФБ России имеет целью посеять семена раздора между этими двумя организациями и наносит вред общему делу обеспечения безопасности России и других суверенных государств», — успокаивали общество Бакатин и Иваненко.
Под руководством Бакатина велась интенсивная работа по формированию Межреспубликанской службы безопасности СССР, которая в организационном и координирующем плане должна была заменить союзный КГБ СССР. Предпринималась последняя попытка на развалинах державы сохранить централизованную систему государственной безопасности. Разрабатывались единые подходы к организации работы органов безопасности, в том числе союзных республик, как тогда провозглашалось, с целью «наиболее эффективного использования создаваемой службы в интересах СССР и всех суверенных республик».
МСБ — детище творчества Бакатина, в которое он вложил имевшийся опыт прежних преобразований в системе МВД.
Межреспубликанская служба безопасности планировала взять на себя осуществление главных задач: контрразведывательной работы по предотвращению и пресечению деятельности спецслужб иностранных государств и зарубежных организаций, наносящих ущерб безопасности Союза и республик, контрразведки в вооруженных силах страны, борьбы с международной организованной преступностью, терроризмом, контрабандой, наркобизнесом. МСБ намечала сохранить за собой научно-исследовательские институты и производственные мощности по разработке, изготовлению специальных технических средств, а также учебные заведения для подготовки молодых сотрудников и повышения квалификации кадров спецслужб всех суверенных республик.
МСБ становилась подчиненной непосредственно Президенту СССР, а контроль за ее деятельностью возлагался на Государственный совет СССР. Штатный состав сотрудников предполагался в количестве около 45 000 человек.
Главное в компетенции МСБ — это выработка общих принципов деятельности органов безопасности республик и координация их действий в целях наиболее эффективного использования имеющихся оперативных возможностей в интересах безопасности Союза и союзных республик. Бакатин стоял на точке зрения необходимости объединения усилий всех союзных республик в борьбе со спецслужбами иностранных государств и подчеркивал, что в новых реальностях «ослабления активности спецслужб других государств на территории Советского Союза не было замечено. Более того, она даже возросла и все чаще проявлялась в деликатных предложениях нашим соотечественникам об оказании им помощи при каких-либо финансовых затруднениях». Выражаясь проще, речь шла о покупке нужных спецслужбам бывших советских граждан, корыстных мотивах их сотрудничества с западными разведорганами. Уже тогда у некоторых министров и чиновников появились валютные счета в зарубежных банках, а их жены и родственники устраивались на работу в иностранных фирмах.
Вместе с тем в комментариях Бакатина при обосновании создания МСБ содержалось много наносного и дилетантского, примерно такого, как упоминалось о его личной низкой оценке деятельности советской разведки. О контрразведке страны он также позволял себе делать заключение, что эта работа «ранее заключалась чуть ли не в поголовном контроле за всеми иностранцами и знакомыми с ними советскими гражданами». Конечно, это полный абсурд, что может подтвердить рядовой оперативный работник-контрразведчик. Бакатин считал необходимым направить оперативные возможности и профессионализм сотрудников контрразведки на борьбу с организованной преступностью, в том числе международного характера: контрабанда, валютные операции, терроризм, наркотики. Этими направлениями советские спецслужбы занимались, образно говоря, сто лет; контрразведка КГБ никогда не проходила мимо разоблачения международной преступности, но одновременно не утрачивала своей основной задачи по пресечению разведывательно-подрывной, шпионской деятельности против СССР иностранных разведок и иных враждебных центров противника.
В новом органе МСБ Бакатин хотел реализовать свое видение: «…от идеологии вседозволенности и тайного насилия прийти к осознанию необходимости строгого соблюдения законности и прав человека… Видеть смысл деятельности спецслужб не в поисках внутренних и внешних врагов, а в стабилизации общественных отношений». На заседании Государственного совета СССР при представлении МСБ Бакатин пошел дальше, называя в числе задач помощь становлению рыночных отношений, борьбу с искусственным монополизмом. «Без этого идея «свободных» цен погибнет в зародыше, и свободу будет диктовать рыночная перекупочная мафия. Мы не должны быть в стороне и от борьбы с инфляцией, имея в виду, что успех здесь определяется, прежде всего, политической поддержкой, согласием общества, а уж потом профессионализмом экономистов…»
Если судить по выступлениям Бакатина, в которых он говорит о задачах, то получается не спецслужба, а облако в штанах. Когда направления деятельности спецслужбы определяются вплоть до борьбы с инфляцией, то становится понятным, почему руководители союзных республик на Государственном совете ответили, что обойдутся без МСБ. Но бюрократическая машина продолжала работать. 28 ноября 1991 года Президент СССР Горбачев утвердил Временное положение о Межреспубликанской службе безопасности СССР во главе с Бакатиным, который оправдывался, что «не пытался разрушить КГБ, как мне приписывают, а лишь хотел изменить главное монопольное направление его деятельности — найти врага и уничтожить». Он хотел, чтобы это был «государственный орган, который служил бы людям, защищал, а не карал их».
