Находясь в обойме руководящей номенклатуры ЦК партии, Бакатин назначается министром внутренних дел СССР. Солидная и крутая карьера для строителя, но Горбачеву в этой правоохранительной системе нужен был свой человек, преданный ему политик из близкого партийного окружения, а не профессионал, борец с уголовной преступностью. Будучи министром, Бакатин отстаивал приоритет союзных республик в руководстве органами внутренних дел на своей территории. В этой связи передал многие союзные полномочия и значительные права местным органам МВД. Вследствие этого решения, например, азербайджанская милиция не выполнила задач во время армянских погромов, бездействовала. Министерство внутренних дел разваливалось по национальным (были факты и на Украине), идеологическим признакам, но Москва до поры до времени на это не реагировала. Целостность системы МВД разрушали Верховные советы союзных республик, реально препятствующие использованию личного состава МВД за пределами национальных республик.
Чебриков делился со мной тем, что Бакатин не прислушался к его советам при напутствии министром внутренних дел страны: не спешить делать выводы, не форсировать реорганизацию системы МВД; она огромная, громоздкая, необходимо время, чтобы ее поднять.
Я наблюдал скандальное выступление Бакатина на Съезде народных депутатов СССР. Страна смотрела по телевизору, словно шоу, как детально министр внутренних дел рассказывал народным депутатам детективную историю о покушении на Ельцина (на него якобы напали «и в завязанном мешке сбросили» с высоты более десяти метров с моста в Москву-реку). Слухи оказались не соответствующими действительности, не
заслуживали внимания депутатов и вынесения на обсуждение Съездом народных депутатов СССР. Горбачев не упустил возможности организовать политический шантаж в отношении своего врага Ельцина, представляя сплетни как событие первой величины. В ответ Ельцин сделал резкое заявление: министр Бакатин не имел ни профессионального, ни морального права, смешивая ложь с правдой, распространять слухи, порочащие в глазах общественности личное достоинство народного депутата СССР.
Предстоящему увольнению с поста министра внутренних дел, вспоминает Бакатин, предшествовало характерное для того времени политическое событие, отражающее начавшуюся борьбу консервативных и либеральных кругов в высших эшелонах советской власти. В конце 1990 года при обсуждении складывающейся в стране обстановки на одном из заседаний Политбюро ЦК КПСС выступили Крючков, Бакатин и генеральный прокурор СССР Сухарев. Отмечалась нарастающая в стране волна межнациональных конфликтов, забастовочного движения, политической митинговой демократии. На вопрос «что делать?» председатель КГБ СССР Крючков внес предложение ввести в стране президентское правление. «КГБ был не в состоянии что-либо предпринять», — отмечал министр внутренних дел Бакатин. Гласность и плюрализм сделали спецслужбы бессильными в борьбе с теми, кто выступал против КПСС и советской власти. Методы открытых репрессий уже не годились. Бакатин выступил категорически против применения в стране чрезвычайных мер. На него сразу же посыпались обвинения: переметнулся к демократам, деполитизирует милицию, потакает сепаратистам, демонтирует централизованную структуру МВД страны в угоду союзным республикам. Бакатин в ответ: «Мне страшно за партию с такими членами Политбюро». Коммунистическая партия взяла курс на демократизацию — это чья политика? Не Бакатин ли ее придумал?
Бакатин защищался, как умел. В 1990 году при обсуждении вопроса о разрешении демонстрации демократических сил в Москве на заседании Президентского совета возникла дискуссия. Лукьянов высказал общее мнение — демонстрации не запрещать. Горбачеву это не понравилось. Бакатин заявил, что мирные демонстрации запрещать не можем: нет юридического права. «Тут Крючков резко, что не вязалось с его мягким обликом, потребовал наконец показать силу». Бакатин согласился: «Вот и покажите. Кто хочет запрещать, пусть свой запрет сам и реализует. Милиция этим заниматься не будет». Генеральный прокурор СССР Сухарев придерживался подобной позиции, на Политбюро заявил, что всю ответственность за сложившееся общее безвластие в стране нельзя переносить только на правоохранительные органы. Оба, Бакатин и Сухарев, вскоре были освобождены от занимаемых постов, но внутренняя обстановка после их ухода лучше не стала.
24 декабря 1991 года Бакатин покинул председательский кабинет. «Мне не нравилось работать на Лубянке», — скажет он. Но черная миссия могильщика, порученная Горбачевым и демократическим окружением по разрушению мощной системы обеспечения безопасности страны, увязывается все же с его личностью — последнего председателя в истории КГБ СССР. Бакатин вручил мне ключи и цифровые коды от председательского сейфа. Каких-либо актов о передаче документов, в том числе секретных пакетов на особый военный период, которые традиционно хранились в сейфе первого лица, не составлялось.
Я хочу сказать отдельно о некоторых делах Бакатина, которые мало кому известны. В последние дни до ухода из органов он решил несколько важных вопросов. В частности, Бакатин договорился с Ельциным о выделении двухсот миллионов рублей для выплаты зарплаты сотрудникам Межреспубликанской службы СССР. Союзного правительства уже не существовало, финансирование МСБ полностью зависело от российского республиканского бюджета. Когда не стало Союза, МСБ оказалась ничейной, и невыплата зарплаты сотрудникам оборачивалась значительным оттоком кадров, буквально крахом для сотрудников в условиях развивающейся инфляции и дороговизны.
Исключительно острой стояла проблема политического и материального выживания сотрудников КГБ, работавших в республиках Прибалтики. После развала СССР пришедшие к власти националистические правительства ликвидировали органы госбезопасности, отказывали в трудоустройстве и выплате пенсий сотрудникам КГБ, организовывали гонения на ветеранов, бывших участников Великой Отечественной войны, борьбы с бандитским антисоветским подпольем («лесными братьями»). Особенно радикальной выглядела позиция литовских властей (6 сентября 1991 года независимость Литвы была признана Государственным советом СССР), где вводился прямой запрет принимать на работу сотрудников госбезопасности. КГБ Литовской ССР объявлялся «преступной организацией», кадровым советским сотрудникам запрещалось работать в течение десяти лет в госучреждениях, правоохранительных органах, банках, адвокатами и нотариусами. От них требовали зарегистрироваться в Департаменте госбезопасности Литвы (его возглавлял судимый за антисоветскую деятельность Гаяускас), раскрыть тайны по прежней работе, прежде всего о связях с бывшими агентами. По вопросам трудного материального положения литовских сотрудников в Москву чаще всего приезжал Багдонас, бывший начальник Каунасского горотдела КГБ. Я с ним был хорошо знаком, мы встречались, обсуждали возможные меры, как облегчить дальнейшую судьбу сотрудников в те тревожные дни. Была подготовлена специальная записка с предложением о выплате пенсий сотрудникам КГБ Литвы, Латвии и Эстонии из российского бюджета. Когда материалы были доложены Бакатину, он обратился по этому поводу непосредственно к Ельцину. С одобрения Президента России сотрудники КГБ Литовской, Латвийской и Эстонской ССР были взяты на постоянное пенсионное обеспечение. Мне представляется, что такое разрешение проблемы с пенсиями для сотрудников КГБ в республиках Прибалтики — благородный государственный поступок со стороны Ельцина и Бакатина в отношении патриотов, устанавливавших и защищавших власть трудового народа в Прибалтике.
