Прежде всего, надо бороться с невежеством! Ибарро решает строить школу. Но отцам Дамасо и Сальви он давно уже враждебен своим заступничеством за народ. У Сальви, кроме того, личная причина ненависти к Ибарро: его безумная и безнадежная любовь к Марии Кларе.
Первая попытка монаха избавиться от счастливого соперника — как бы случайно опустить на него тяжелую плиту при закладке школы — не удается благодаря бдительности Элиаса. Тогда монахи решают спровоцировать «восстание» и затем возложить всю ответственность на Ибарро.
Подкупленные падре Сальви провокаторы осторожно разжигают в народе недовольство, подстрекают к нападению на казарму и дом священника и обещают за это щедрое вознаграждение — якобы от Ибарро. Занятый Марией Кларой, научными работами и размышлениями о способах улучшить положение народа, Ибарро ничего не подозревает. Он узнает о заговоре лишь благодаря тому же Элиасу. Элиас убеждает Ибарро сжечь все могущие компрометировать его документы (при желании материал для обличения можно найти в каждом письме) и, помогая ему в разборе бумаг, делает страшное открытие: человек, по ложному обвинению которого пострадал его дед, был прадед Кристозомо Ибарро дон Педро Эибаррамендио…
После подавления нелепого, организованного провокаторами «восстания» альферес (начальник гражданской гвардии) начинает чинить суд и расправу над арестованными «бунтовщиками». Его злая, развратная жена сама придумывает пытки для несчастных. Стон стоит над городком. Горе и ужас царят и в доме капитана Тьяго: жених его дочери — мятежник, «филибустер»; он отлучен от церкви за кощунственное нападение на преподобного отца Дамасо, он посажен в тюрьму! Тьяго искренно любит Ибарро, но — своя рубашка ближе к телу, да и Мадонна со святыми покровителями не допустит брака его единственной дочери с опасным мятежником. От несчастий, постигших ее жениха, Мария Клара тяжело заболевает и много дней находится между жизнью и смертью. Всех поражает при этом неподдельное горе ее «крестного» отца Дамасо. Постепенно девушка поправляется, но встает с постели совсем другим человеком: жизнерадостность и веселость покинули ее навсегда.
Исповедуя ее во время болезни, падре Дамасо открыл ей тайну: Тьяго вовсе не отец ей — она дочь самого Дамасо. Как отец, он не потерпит, чтобы она вышла замуж за «презренного индио». Для нее готов другой жених, недавно приехавший на Филиппины молодой испанец Ликарес. Если же Мария Клара будет упорствовать, Дамасо разоблачит позорящую имя матери тайну ее происхождения. Желая сохранить честь покойной матери и из благодарности к воспитавшему ее названному отцу, Кларита соглашается на брак с испанцем, но сердце ее разбито. Между тем «дело» о восстании и его вдохновителе Ибарро передано уже в Мадрид. Государственная машина заработала. Чиновники и попы потирают руки в чаянии будущих наград, которые посыпятся на них за подавление опасного мятежа. «Главу восстания» — Ибарро — жандармы успели арестовать в его доме в тот момент, когда он собирался бежать. Отечество спасено.
Открыв случайно, кто был виновником гибели его семьи, Элиас бежал, полный желания мести. Но Ибарро спас ему жизнь, и долг обязывает его отплатить тем же. Кроме того, он видит в Ибарро единственного человека, который может повести филиппинский народ на борьбу с ненавистными испанцами. Элиас возвращается к дому Ибарро как раз вовремя: уже слышны на улице шаги местного городничего, «гобернадорсильо», в сопровождении стражников спешащего произвести обыск в опустошенном доме. Но Элиас успевает поджечь разбросанные по полу документы и убегает, захватив сумку с драгоценностями и портрет Марии Клары.
На утро арестованных отправляют в Манилу. Жены и матери провожают их с плачем и рыданиями, осыпая проклятиями и градом камней Ибарро, которого считают виновником своего несчастья. Его не вышел проводить никто из друзей. Ибарро видит дымящиеся развалины отцовского дома и не в силах сдержать слезы. Народ, которому он всей душой стремился помочь, проклинает его, никто его не жалеет. Нет у него ни родины, ни дома, ни друзей, ни будущего!
В доме капитана Тьяго, между тем, готовятся к свадьбе. Сам капитан счастлив и доволен. Его не посадили в тюрьму, даже не заподозрили в сочувствии «революции», ему не пришлось отведать ни одиночного заключения, ни допросов с пристрастием, ни продолжительных «ножных ванн» в подземных карцерах. Он поспешил отречься от всех, кто мог быть хоть на секунду заподозрен в «мятежных» замыслах. Постепенно все арестованные «бунтовщики» возвратились в родной Сан-Диего, просидев по нескольку дней в тюрьме. Сам генерал-губернатор повелел выпроводить их немедленно из Манилы. Его милость не распространилась только на Ибарро: темные силы сумели отстоять свою жертву.
И снова появляется благородный страдалец Элиас. С его помощью Ибарро удается бежать из тюрьмы. Переживания последних дней не прошли для него даром. У него открылись глаза на истинное положение вещей, все иллюзии рассеялись. Не постройкой школ и больниц, не благотворительностью надо спасать народ; нечего надеяться и на благодетельные реформы свыше. Нет, только огнем и мечом можно завоевать народное освобождение! Но повести народ к свободе надо сильной рукой, ловко и осторожно, момент для открытого восстания еще не наступил. Временно он должен покинуть Филиппины.
Но нельзя уехать, не простившись с Марией Кларой. И он плывет с Элиасом на лодке к загородному дому Тьяго. Там, на веранде, в серебряном свете луны, Ибарро узнает грустную повесть Марии Клары: она не изменила ему, только честь матери заставляет ее отдать свою руку нелюбимому испанцу Линаресу. В подтверждение своих слов девушка показывает письмо ее матери к Дамасо. Она вынуждена пожертвовать собою, но никогда не будет принадлежать нелюбимому человеку. Горячим прощальным поцелуем она скрепляет их любовь.
Беглецы плывут дальше по реке Пасигу, обсуждая все ту же тему: в чем же спасение Филиппин. Они уже достигли озера, спасение близко, но их настигает лодка карабинеров. Чтобы отвлечь внимание преследователей, Элиас бросается в воду, где его и настигает пуля. Он умирает для спасения будущего вождя народа, не дождавшись зари свободы. Солдаты уверены, что ими убит Ибарро, и делают соответствующее донесение начальству.
Ибарро спасен, он достигает берега и укрывается в лесу. Здесь он находит несчастную помешанную Сису, встретившую, наконец, своего старшего, оставшегося в живых сына Базилио. Сиса умирает. Ибарро помогает мальчику похоронить ее и покидает Филиппины, где ему пришлось перенести столько горя, увидеть столько народных несчастий.
