22 июня в первые часы начала войны приказал через ГМШ всем флотам: «Немедленно начать постановку минных заграждений по плану прикрытия». Первоначально намечалось ставить мины у германских военно-морских баз: Мемеля, Гдыни, Данцига. По распоряжению наркома план был изменен. Минные постановки авиация производила у финских баз и портов и на коммуникациях в шхерном районе. В течение июня — июля авиация КБФ поставила несколько заграждений из 105 неконтактных мин на фарватерах в районе Аландских шхер и на подходах к Турку. Сторожевые корабли, тральщики и торпедные катера выставили еще 128 контактных мин на выходах из шхер у о-ов Утэ и Эре. В середине сентября в этом районе подорвался и затонул финский броненосец береговой обороны «Ильмарине». Всего на центральной минно-артиллерийской позиции было поставлено 3059 контактных мин образца 1908 г. и 1926 г. и 498 минных заграждений. На Ирбенской позиции и в Рижском заливе было поставлено 1178 контактных мин и 40 мощных заграждений.
Состоялся разговор с флотами и управлениями Наркомата. «Больше оперативности, следить за каждым шагом противника, действовать решительно, не дожидаясь указаний сверху», — потребовал нарком.
Приказал ГМШ не терять управления флотами, контролировать положение на них, быть в курсе всех распоряжений наркомата обороны.
Приказал заместителю начальника ГМШ В.А. Алафузову чаще информировать Генеральный Штаб о событиях на флотах.
22 июня — издал:
директиву о минных постановках, б/н;
директиву о развертывании подводных лодок № НШ/121;
директиву о развертывании подводных лодок № НШ/122;
директиву о развертывании подводных лодок № НШ/123;
директиву о проведении мобилизационных мероприятий № 242/ш;
директиву о нанесении ударов авиацией по Норвегии № НШ/138;
директиву о нанесении воздушного удара по портам Румынии № НШ/140;
директиву о ведении боевых действий в операционной зоне флота № 7/27.
с 23 июня по 10 июля — входит в Ставку Главного Командования.
23 июня — вызван к И.В. Сталину, в присутствии членов Политбюро и наркома обороны доложил о положении на флотах.
23 июня — издал:
директиву об активизации боевых действий с использованием минного оружия № НШ/150;
директиву об отмобилизации Каспийской военной флотилии № 252/Ш.
24 июня — издал:
директиву об обороне Рижского залива № 253/111; приказ о введении серии «Воздух» и простой условной таблицы для донесений о воздушном противнике № 337;
приказ о новых формированиях по усилению ПВО КБФ № 00143;
приказ о новых формированиях по усилению ПВО ЧФ № 00144.
24 июня — обсудил с начальником ГМШ И.С. Исаковым развитие событий на флотах с анализом положения.
По приказу № 1371 наркома ВМФ начальник ГМШ адмирал И.С. Исаков направлен в Ленинград в состав Командования Северо-Западного направления в качестве представителя главкома ВМФ по морской части. В годы войны нарком направлял на флоты начальника Главного политуправления ВМФ И.В. Рогова, адмиралов Л.М. Галлера, Г.И. Левченко, В.А. Алафузова и др.
25 июня — приказал военному совету Северного флота начать военные действия против Финляндии. Директива № 261/Ш.
Приказал сформировать военные трибуналы на водном транспорте. Приказ № 0536/0173.
26 июня — поставил задачу Черноморскому флоту обеспечить морские перевозки, и в первую очередь — топлива.
27 июня — принял решение о создании трех позиций обороны в восточной части Финского залива на линии о. Гогланд — губа Кунда для прикрытия Ленинграда, связанных единством замысла и являвшихся серьезным препятствием для противника в попытках прорваться в восточную часть залива к Ленинграду.
Издал директиву об обороне Рижского залива № 266. Издал директиву о недостатках использования морской авиации № 298/МА.
28 июня — издал директиву об обеспечении своих коммуникаций № 9/49.
Издал директиву об усилении ПВО военно-морских баз № 276/Ш.
29 июня — приказал о-ова Сааремаа и Хийумаа оборонять при любых условиях обстановки на сухопутном фронте, держаться за каждую пядь земли даже в условиях возможного окружения.
Издал директиву об обороне о-ов Эзель и Даго № 31-1/120.
30 июня — приказал Черноморскому флоту уничтожить объекты нефтепромышленности в Плоешти. Директива №ЗН/126.
Издал директиву об отводе боевых кораблей на восток № 8/124.
Издал директиву об усилении Чудской флотилии № ЗН/125.
Издал приказ о формировании частей ВВС ВМФ № 00161.
Июнь — сформирована Ладожская военная флотилия.
Июнь — начало июля — приказал (по запросу Генштаба) выделить орудия калибра от 100 до 152 мм и отправить их под Вязьму.
1июля — издал директиву о развертывании маневренной базы в Лужской губе № ЗН/131.
Издал приказ о подготовке летного и технического состава ВВС ВМФ в военное время № 0578.
2 июля — издал директиву о борьбе с магнитными минами противника № 286/Ш.
3 июля — приказал в связи с нарушением связи между флотом и фронтом выставить на основных дорогах заслон морской пехоты, активно использовать авиацию для разведки, не ослабевая содействия войскам 8-й армии.
Оборонять до конца Ханко, Эзель, Даго, район Таллина, отвести на. восток и эвакуировать корабли и имущество, нужное для обороны.
4 июля издал:
директиву об обороне Ханко, о-ов Эзель и Даго № 292/Ш;
директиву о предупреждении потерь авиации № 293/Ш;
директиву о возможных постановках минных заграждений в наших терводах № 295/Ш;
приказ о введении всеобщей обязательной подготовки к ПВО и ПВХО вольнонаемного состава управлений и отделов НКВМФ № 349.
5 июля — приказал в целях успешного использования сил и средств Балтийского флота для защиты Ленинграда создать командование морской обороной Ленинграда и Озерного района (МОЛ) — приказ № 00170. Тяжелая сложилась бы в те дни обстановка в тылу Ленинграда с востока, в районе Невской Дубровки, если бы здесь не была вовремя создана флотом мощная Невская артиллерийская позиция Северного берега, не было бы кораблей, поддержавших нашу героическую пехоту. Невская группа армейских войск начала создаваться лишь в сентябре. Создание Невского укрепленного района из сил армии и флота сыграло колоссальную роль в обороне города.
Издал:
5 июля — приказ о ремонте боевых кораблей и вспомогательных судов КБФ, ЧФ и СФ № 0579/171;
