Тухачевского возвращали на Восточный фронт, где вновь сложилась критическая обстановка. 18 ноября 1918 года правительство Директории, обосновавшееся в Омске, было свергнуто отрядами офицеров и казаков, приведшими к власти бывшего командующего Черноморским флотом адмирала А. В. Колчака. Адмирал провозгласил себя «Верховным правителем России» и фактически установил в Сибири и на Урале военную диктатуру. Колчаку удалось на какое-то время объединить разрозненные войска нескольких областных правительств на Востоке России, сформировать более или менее боеспособную армию, снабженную всем необходимым Англией и Францией из оставшихся после Первой мировой войны запасов. Ее адмирал бросил в наступление на советский Восточный фронт, рассчитывая выйти к Волге, а потом предпринять решающий поход на Москву. 4 марта Сибирская армия под командованием чешского генерала Р. Гайды, решившего попытать счастья в союзе с русским белым движением, перешла в наступление к реке Каме, отбросив части 2-й и 3-й армий красных. А 6 марта в атаку пошла Западная армия генерала М. В. Ханжина, опрокинувшая вдвое уступавшую ей по численности 5-ю советскую армию. Белые заняли Уфу, Бугульму, Бугуруслан, Белебей… До Волги им оставалось от 80 до 100 километров. 5-я армия была разбита и откатывалась без серьезного сопротивления, на 20–25 километров в сутки. Центр Восточного фронта был прорван. Советскому командованию требовалось срочно усилить 5-ю армию, чтобы добиться перелома. Сюда направлялись дивизии как из соседних армий, так и с других фронтов, а также новые формирования из внутренних губерний. 5-я армия должна была превратиться в самую сильную на Восточном фронте. Во главе ее в начале апреля и был поставлен Тухачевский.
Командующий Восточным фронтом С. С. Каменев разработал план контрудара во фланг армии Ханжина войсками Южной группы М. В. Фрунзе, состоявшей из трех армий: 1-й, 4-й и Туркестанской. Еще одна армия, 5-я, до 11 мая находилась во временном подчинении Фрунзе. Тогда и завязалось личное знакомство Тухачевского с этим военачальником, быстро переросшее в дружбу.
28 апреля Южная группа начала контрнаступление во фланг и тыл Западной армии. 5-я армия атаковала противника фронтально в общем направлении на Бугуруслан и Бугульму. В ходе последующего наступления потерпел поражение левофланговый 6-й Уральский корпус белых, и Ханжин вынужден был приостановить стремительный марш к Волге. Отразив контрудар противника, введшего в дело только что сформированный и плохо обученный Волжский корпус Каппеля, 27-я стрелковая дивизия 5-й армии 13 мая заняла Бугульму. Войска Ханжина, хотя и избежали окружения, но понесли тяжелые потери и утратили боевой дух. Однако колчаковский наштаверх Д. А. Лебедев и командующий Сибирской армией не осознали всей серьезности положения. Сибирцы продолжали ставшее уже бессмысленным наступление на Вятку, в тщетной надежде, что красные перебросят против войск Гайды часть сил, громивших Западную армию.
Тем временем в командовании советского Восточного фронта произошли перемены. Вместо С. С. Каменева 5 мая был назначен бывший генерал А. А. Самойло, ранее возглавлявший 6-ю Отдельную армию на архангельском направлении. Это назначение стало следствием начавшегося противостояния Троцкого с членом Реввоенсовета Восточного фронта С. И. Гусевым, поддерживавшим Каменева. Этот конфликт обострился со второй половины мая, когда выявился разгром Западной армии белых. Каменев и Гусев настаивали на продолжении генерального наступления с целью добить Колчака, не давая ему передышки — иначе за зиму колчаковцы оправятся и к весне 1920 года опять будут представлять собой грозного противника. Но главком Вацетис и Троцкий считали, что основные силы надо перебросить на юг против действовавшего всё более успешно Деникина, а на востоке ограничиться активной обороной на рубеже реки Белой после предполагавшегося взятия Уфы. Эти споры, происходившие не только в рамках военного ведомства, но и в ЦК партии, окончились только в июле, когда Каменев занял место Вацетиса, ненадолго арестованного по обвинению в «бонапартистских наклонностях».
Троцкий впоследствии признал правоту своих оппонентов: «Я считал уже тогда Южный фронт неизмеримо более серьезным и опасным, чем Восточный. Это подтвердилось впоследствии полностью. Но в оценке армии Колчака правота оказалась на стороне командования Восточного фронта… Центральный Комитет вынес решение против главного командования и тем самым против меня, так как я поддерживал Вацетиса, исходя из того, что в этом стратегическом уравнении есть несколько неизвестных, но что солидной величиной в него входит необходимость поддержать еще слишком свежий авторитет главнокомандующего. Решение Центрального Комитета оказалось правильным. Восточный фронт выделил некоторые силы для юга и в то же время победоносно продвигался в глубь Сибири по пятам Колчака».
Во время короткого командования Самойло Восточным фронтом произошли первые драматические события этого противостояния, в котором командарму-5 пришлось сыграть немаловажную роль. В 1935 году в статье в «Красной Звезде» Тухачевский так изложил ход событий: «Начавшись 25 апреля (войска Тухачевского атаковали белых на три дня раньше главных сил Южной группы, чтобы привлечь к себе резервы Западной армии и облегчить ее фланговый обход. — Б. С.), наступление Южной группы развивалось очень успешно. Правый фланг 5-й армии к 1 мая вышел в район станции Заглядино… В это время Троцкий нашел нужным вмешаться в дела Восточного фронта. Командвост тов. С. С. Каменев был освобожден от должности, и на его место был назначен тов. А. А. Самойло. Это обстоятельство совершенно испортило блестящее начало нашего контрнаступления и позволило белым упорядочить их отступление. 5-я армия была изъята из подчинения тов. Фрунзе и перешла в непосредственное подчинение тов. Самойло. 11 мая тов. Самойло нацеливает 5-ю армию на север, к устью реки Вятка, 14 мая сворачивает ее на Белебей, 17 мая опять направляет ее на север, а 19 мая на северо-восток. Вместо преследования — топтание на месте.
Начались протесты против такого командования. 21 мая командарм-5 направил командвосту телеграмму, в которой говорилось: „Начиная с 10 сего мая, вероятно, ввиду многих неизвестных мне обстоятельств вами были отданы пять задач для 5-й армии, каждый раз отменяющие одна другую… Эти отмены приказов совершенно измотали дивизии, и части совершенно перепутались, связь нарушилась и проч.“. В заключение командарм просил командвоста соблюдать статью 19 Полевого устава, издания 1918 года, в которой говорится, что прежде чем отдать приказ, надо подумать.
