Начались протесты против такого командования. 21 мая командарм-5 направил командвосту телеграмму, в которой говорилось: „Начиная с 10 сего мая, вероятно, ввиду многих неизвестных мне обстоятельств вами были отданы пять задач для 5-й армии, каждый раз отменяющие одна другую… Эти отмены приказов совершенно измотали дивизии, и части совершенно перепутались, связь нарушилась и проч.“. В заключение командарм просил командвоста соблюдать статью 19 Полевого устава, издания 1918 года, в которой говорится, что прежде чем отдать приказ, надо подумать.
Большие неприятности перенес и тов. Фрунзе, которому тов. Самойло неожиданно 18 мая запретил преследовать белых. Тов. Фрунзе дал решительный отпор, и тов. Самойло отменил свой приказ, разрешив занять Уфу. Тов. Фрунзе успешно провел операцию по занятию города Уфы».
Самому Самойло посчастливилось пережить Тухачевского более чем на четверть века. И ситуация мая 1919 года виделась ему несколько иначе, чем командарму-5. В мемуарах, вышедших в 1958 году, уже после реабилитации Тухачевского, Александр Александрович признался, что был совсем не рад новому назначению, считая нелепым в момент напряженных боев с неясным исходом на Восточном фронте заменять командвоста человеком, не знакомым ни с войсками, ни с условиями театра. Вначале он отказался от назначения, узнав от своего боевого товарища П. П. Лебедева, тоже бывшего генерала, а тогда — начальника штаба Восточного фронта, что Реввоенсовет фронта грозит отказаться от своих постов в случае смещения Каменева. Однако Самойло получил категорическое предписание вступить в командование и вынужден был подчиниться. Вот как он изложил историю с чехардой приказов 5-й армии Тухачевского: «Работа моя на новом фронте, как я и опасался, сложилась в условиях, тяжелее которых трудно себе представить. Реввоенсовет возглавлял фактически Гусев — старый большевик, хорошо осведомленный в военном деле. Два других члена Реввоенсовета фронта были лишь исполнителями указаний Гусева. Каменев, как сам он потом сказал мне в Москве, правда, в шутливом тоне, таил неприязнь ко мне с той давней поры, когда в Киеве я отказался взять его, Каменева, моим помощником в штаб Киевского военного округа.
После моего приезда в Симбирск он не только оставался там, но продолжал жить на одной квартире с Гусевым и пытался через него влиять на все проводимые мной решения. Неоднократно бывало, что Гусев, соглашаясь со мной по какому-либо вопросу утром, во вторую половину дня, вернувшись с обеда и переговорив, очевидно, с Каменевым, отказывался от своего прежнего мнения. А эти колебания вызывали, разумеется, необходимость и с моей стороны в изменении, а иногда даже в перемене решений. Все мои распоряжения дискредитировались.
Положение усложнилось резким конфликтом между мной и командующим 5-й армией Тухачевским из-за неправильных его донесений о действиях своих дивизий. Сторону его принял и Гусев. На мое обжалование главкому я получил разрешение отстранить командарма-5 от командования армией. Однако осуществить это разрешение я, конечно, не счел возможным по условиям оперативной обстановки, в силу тех же соображений, по которым я сам отказывался от назначения на Восточный фронт.
Наши общие разногласия дошли до Ленина и заставили центр пересмотреть все положение. В результате Каменев был восстановлен в должности командующего фронтом, а я возвращен на свою должность командарма 6-й отдельной армии…»
Каменев вновь вступил в командование Восточным фронтом 29 мая 1918 года. И в тот же день в Реввоенсовет фронта поступила грозная ленинская телеграмма: «Если мы до зимы не завоюем Урала, то я считаю гибель революции неизбежной. Напрягите все силы». Вождь, как нередко с ним случалось, преувеличивал опасность гибели революции. Но завоевание Урала действительно в значительной мере укрепило положение большевиков. В их руки, в частности, попали запасы вооружения и снаряжения, заказы на производство которых были размещены еще администрацией Колчака. Из-за быстрого отступления и жульничества спекулянтов-подрядчиков белые так и не успели их получить.
Тухачевский, естественно, в своей статье ни о каком фактическом двоевластии на фронте в короткий период командования Самойло предпочел не упоминать. А его конфликт с командующим фронтов был использован Гусевым для возвращения Каменева. Самойло свидетельствовал: «Позднее от Лебедева я узнал, что в качестве одного из аргументов против меня Гусев представил мою характеристику (за несколько дней совместной службы!) как ставленника Троцкого (очевидно, придавая слову „ставленник“ какое-то особое значение) и как лица, неспособного к командованию фронтом, внесшего в дело путаницу вследствие неоднократных перемен в своих решениях… Эта характеристика была продиктована не стремлением к объективной оценке моих действий, а являлась попыткой свалить вину с больной головы на здоровую».
В 1919-м конфликт с Тухачевским порядком попортил кровь Самойло. Зато, вполне возможно, именно эта стычка спасла Александра Александровича от репрессий в 30-е годы. Когда Тухачевский, уже будучи первым заместителем наркома обороны, опубликовал цитированную выше статью с обвинениями против Самойло, прямой намек на то, что командующий Восточным фронтом был креатурой Троцкого, мог означать гражданское, а часто — и физическое уничтожение человека. Самойло это понимал и направил Тухачевскому частное письмо с просьбой указать, как себя вести: «…подать ли в отставку или выступить в печати с объяснениями». Через начальника штаба Московского военного округа бывшего генерала, в ту пору — скромного военного руководителя в Московском гидрометеорологическом институте, успокоили — надо «смотреть на данный вопрос лишь как на эпизод истории, поэтому объяснения в печати не нужны, и продолжать служить, как служил до сих пор».
То ли Тухачевский действительно не желал зла Самойло, а стремился лишь утвердить собственную правоту в споре шестнадцатилетней давности. То ли Сталин и нарком обороны Ворошилов тогда, в 1935-м, участь Тухачевского уже предрешили и не собирались обращать внимание на исходящий от него литературный донос, написанный, как всегда, хорошим стилем. Правда, данная Тухачевским нелестная характеристика Самойло перекочевала потом в предисловие к сборнику речей и статей Фрунзе, изданному в 1936 году, а в 1940 году, уже, наверное, по недосмотру цензора, была повторена в одной из посвященных Фрунзе брошюр. Сам же Самойло в тот год, после падения Тухачевского, неожиданно пережил последний всплеск военной карьеры. Ему присвоили звание генерал-лейтенанта авиации и назначили в Главное управление ВВС заместителем начальника оперативного отдела. Возможно, Сталин вспомнил о престарелом генерале (Александру Александровичу было уже за семьдесят) как о противнике расстрелянного маршала и по какому-то капризу решил его возвысить. Благо, после чистки 37-го и последующих годов вакантных должностей высшего комсостава было предостаточно. Воистину не знаешь, где найдешь, а где потеряешь.