В статье "Некоторые соображения о биологических основах палеозоологии" (1961) Ефремов снова возвращается к биологической направленности палеонтологии. Биологический анализ образа жизни животных и реконструкции обстановок не могут быть выяснены в деталях вследствие неполноты скелетных остатков. В первую очередь это относится к остаткам беспозвоночных, обладающих меньшей биологической информацией. Возникли новые косвенные методы исследования, такие, как палеоэкология, с помощью которой исследователи пытались получить биологическую характеристику вымерших животных через анализ пород, вмещающих остатки организмов. Породы рассматривались как индикатор условий обитания организмов и, следовательно, критерий адаптации. Ефремов подчеркивал, что палеоэкология в применении к палеозоологии беспозвоночных стала все более уклоняться в сторону вспомогательных методов исследования как показателей геологических процессов образования палеонтологических документов. Центр тяжести исследований сместился с морфологического изучения на расшифровку процессов распределения в породах органических остатков и характеристику самих осадков. Вмещающие породы, по мысли Ефремова, не могут служить показателем условий обитания особенно для неподвижных донных форм. В целом же закономерность захоронения наземных животных в континентальных отложениях, по его мнению, относится также и к морским отложениям с остатками морских животных. Поэтому Ефремов считал ограниченными возможности палеоэкологического метода в раскрытии биологической адаптации животных по условиям их жизни. Детализация биологических исследований на современных организмах полнее раскрывает сложность приспособительных устройств, посредством которых осуществляется адаптация к определенным условиям существования. В этой связи прежние представления, намечавшие лишь прямую связь организма с внешней средой, представляются весьма примитивными.
Изучение всей сложности современных организмов расширяет возможности выявления сходных адаптаций у вымерших форм, весьма различных по происхождению и ступени развития. Использование биологических данных в палеозоологии, как подчеркнул И. А. Ефремов, особенно плодотворно при диалектическом методе. Сущность подобного анализа биологических, палеонтологических или других явлений составляет прежде всего вскрытие двойственной противоречивости всякого явления и всякого развития. И. А. Ефремов приводит примеры подобной двойственности, связанные в общем виде с повышением индивидуальной энергетики организма от низших форм к высшим в процессе эволюции. Чем выше организация животного, тем менее оно зависимо от внешней среды и тем более чувствительно к резким изменениям условий. Суть двустороннего анализа биологических приспособлений заключается в первую очередь в раскрытии «оборотной», негативной стороны каждой адаптации — ее невыгодности в определенных условиях жизни.
К этой тематике под разными углами зрения И. А. Ефремов многократно возвращался в своем творчестве, специфику которого трудно охватить в кратком обзоре. О широком круге его научных интересов свидетельствует и библиография его трудов ученого.
Заметная роль в книгах, газетных и журнальных статьях И. А. Ефремова отведена научной популяризации. В работах этого направления особое место занимает его небольшая книга "Тайны прошлого в глубинах времен". Научно-популярная по характеру и содержанию, она во многом служит мостом между творчеством Ефремова-ученого и Ефремова, писателя-фантаста.
Первые разделы книги расшифровывают геологическую летопись с документами прошлой жизни в пластах каменной книги — показывают развитие представлений об изменении лика Земли, раскрываются механизм геологических процессов на земной поверхности, причины неполноты этой летописи и методы ее изучения.
История природы в представлениях И. А. Ефремова приобретает особое значение на пороге космической эры. От изучения земной поверхности исследователи переходит к выяснению происхождения, эволюции и дальнейшей судьбы планеты как носительницы жизни — планеты, на которой материя достигла наивысшей формы своего существования. С первого взгляда трудно уловить связь между дисциплиной, изучающей отпечатки прошлой жизни, и науками о небе. Однако едва лишь перед человеком встали вопросы о жизни на других планетах, о братьях по разуму, как стало очевидным, что ключ к решению проблемы могут дать исторические науки о Земле и Жизни.
И. А. Ефремов задается вопросом: не будет ли жизнь на других мирах непохожей па наши земные формы, смогут ли братья по разуму, если таковые окажутся, понять землян? В подобных взглядах Ефремов видит влияние тысячелетий антропоцентризма, который мешал человечеству осознать беспредельность пространства и времени, допустить существование иных центров жизни. Новейшие открытия точных наук, как считает И. А. Ефремов, и их применение в биологии подводят человека к представлению о жизни как неизбежной стадии развития материи везде, где для этого существуют подходящие условия. Великое множество планет во Вселенной подразумевает возможность обилия населенных миров, а появление разумных существ есть также неизбежное следствие длительного развития материи. Именно поэтому достижения точных наук и перспективы освоения космоса позволили Ефремову утверждать: "Я жду подтверждения самой важной для меня, как палеонтолога, гипотезы о единстве органических форм жизни во Вселенной, которую я всегда защищал, защищаю и буду защищать" [83, с.6].
Что же говорят палеонтология и историческая геология о пути развития земной жизни? Несмотря на отсутствие сведений о первых этапах жизни и, несмотря на неполноту геологической летописи, палеонтология дает общую картину постепенного усложнения животного мира в геологическом времени. И. А. Ефремов, оценивая характер этой палеонтологической документации, считал, что представления о скачкообразности развития жизни, о периодах расцвета, катастрофах и массовых вымираниях животных сложились как результат непонимания особенностей эволюционного процесса. Неполнота палеонтологического материала сделает частые {вероятно подразумевалось «частные» — прим. распознавателя} случаи общими, распространенными по всей планете.
Очень существенным фактором, наблюдаемым по всей истории жизни, была, по мнению И. А. Ефремова, направленность ее развития. Эволюция идет не в случайном направлении. Всякое усовершенствование организмов вызывает новую «вспышку» образования видов, когда прежние экологические ниши, или совокупность внешних условий обитания, заселяются новыми видами, более приспособленными к новым условиям. Количество экологических ниш на земной поверхности всегда было ограниченно, что породило конвергенцию, т. е. приобретение разными организмами похожей формы, образа жизни, поведения. Как видим, эволюция ставит перед организмом одни и те же задачи и, следовательно, имеет направленность.