В части подготовки молодой смены харбинскому духовенству на заседаниях архиереев неоднократно ставился вопрос о необходимости открытия в Харбине духовной семинарии. Окончательным импульсом к ее основанию послужила подготовка в 1937 году правительством Маньчжоу-го реформы русских школ. Согласно новым правилам, реальное училище при церкви в честь святителя Алексия, митрополита Московского в Модягоу было поставлено перед необходимостью закрытия. С целью предотвратить развал педагогического коллектива Алексеевского реального училища было решено преобразовать училище в народную и повышенную школу при церкви. После того как японские власти отклонили ходатайство, собрание администрации училища, правления и представителей духовенства во главе с владыкой Мелетием приняло решение обратиться от имени правящего архиерея Харбинской епархии к министру народного благополучия в столицу Маньчжоу-го Синьцзян (ныне Чанчунь) о преобразовании училища в семинарию. В 1938 году, в день памяти небесного покровителя Китая, святителя Иннокентия Иркутского, архиепископ Мелетий получил разрешение на открытие частной Харбинской духовной семинарии на следующих условиях. Срок обучения должен был составлять 4 года, а в число учащихся могли принимать лишь лица, окончившие народную повышенную школу. Общее количество учащихся не должно было превышать 60 человек, а учебным помещением должно служить церковно-общественное здание. С этого момента 1-й класс духовной семинарии существовал при Свято-Алексеевском реальном училище. В первый подготовительный класс семинарии принимались православные мальчики в возрасте от 11 до 13 лет. Семинария разместилась в старой деревянной церкви прихода, прихожане которого к тому времени отстроили новый каменный храм. К концу 1938 года японские оккупационные власти стали настоятельно требовать закрыть Свято-Алексеевское реальное училище. Для того чтобы сделать возможным самостоятельное существование духовной семинарии, указом архиепископа Мелетия 23 декабря 1938 года ректором Свято-Алексеевской семинарии был назначен протоиерей Аристарх Пономарев, которому было поручено заняться устроением семинарии. Вскоре от властей было получено официальное разрешение открыть еще два подготовительных класса и увеличить число учащихся. Первоначально семинария, не имея достаточных материальных средств, вынуждена была опираться на силы временных преподавателей, однако в скором времени, благодаря поддержке настоятелей харбинских приходов и общественных деятелей, появилась возможность формирования постоянного преподавательского состава. Средства семинарии помимо пожертвований составлялись из платы за обучение, ежегодных отчислений епархиальных собраний, из доходов печатных изданий, проведения лекций и концертов и церковных кружечных сборов. Так как семинария была создана на основе реального училища, в ее учебной программе, наряду с богословскими дисциплинами, оставалось много предметов общеобразовательного профиля. Из богословских предметов преподавались догматическое, нравственное, пастырское богословие, катехизис, история христианской Церкви, Священное Писание Ветхого и Нового Заветов, гомилетика, церковный устав, греческий, латинский и церковно-славянский языки. Свято-Алексеевская духовная семинария предоставляла возможность выпускникам поступать как во все высшие светские, так и духовные учебные заведения, и без сдачи вступительных экзаменов поступать на богословский факультет Института Святого Владимира.
После поражения Японии во Второй мировой войне в 1945 году и крушения марионеточного государства Маньчжоу-Го Маньчжурия была занята советскими войсками, а Православная церковь региона перешла в подчинение Московского патриархата. Был создан Восточноазиатский экзархат Русской православной церкви, во главе которого стал митрополит Нестор (Анисимов). Владыка Нестор намеревался реорганизовать Харбинскую семинарию, для того чтобы придать ей более четкий духовный характер и уменьшить долю светских предметов. Осуществлять реорганизацию семинарии экзарх поручил новому ректору, сменившему о. Аристарха — энергичному священнику, выпускнику и преподавателю харбинского богословского факультета Института Св. Владимира о. Симеону Новосильцеву. Впрочем, реформе семинарии не суждено было осуществиться — вскоре под давлением китайских властей она была закрыта. Правда, в короткий период, с 1946 по 1951 год в Харбине существовал Лицей Св. Александра Невского, стремившийся восполнить вакуум, образовавшийся после закрытия семинарии. В этот лицей перешли многие из бывших учеников семинарии, сочетавшие это с пастырской работой. Если говорить о повседневностях этой работы, стоит упоминания деятельность клириков, проявленная в заботах о страждущих. На земельном участке Спасо-Преображенской церкви Корпусного городка в Харбине протоиерей о. М. Филологов лично участвовал в создании «Дома-убежища митрополита Мефодия», предназначенного для вдов, сирот и престарелых лиц духовного звания. Средства на постройку дома собирались им за счет организации благотворительных концертов, лотерей и сбора пожертвований, поступавших от имущих харбинцев. Отчасти хлопоты по сбору дополнительных к тому средств ложились на представительниц дамского Комитета при приюте.
1920-е годы прошлого века стали для городской жизни Харбина временем новых испытаний, притока новых беженцев и дальнейшего возрастания трудностей, связанных с размещением и заботой о вновь прибывших беженцах. В 1929 году два советских отряда на Дальнем Востоке вторглись в пределы Китая в Трехречье, напав на русских беженцев из Сибири из числа так называемых «белогвардейцев» — вооруженных казаков, отстаивающих свою собственность и честь, как и подобало казачеству во все времена, с оружием в руках. Относительно зверств большевиков в Трехречье извещенный об этом от харбинских архиереев митрополит Антоний отозвался обращением ко всем народам мира: «Душу раздирающие сведения идут с Дальнего Востока. Красные отряды вторглись в пределы Китая и со всей своей жестокостью обрушились на русских беженцев — выходцев из России, нашедших в гостеприимной китайской стране прибежище от красного зверя. Уничтожаются целые поселки русских, истребляется все мужское население, насилуются и убиваются дети, женщины. Нет пощады ни возрасту, ни полу, ни слабым, ни больным. Все русское население, безоружное, на китайской территории Трехречья умерщвляется, расстреливается с ужасающей жестокостью и с безумными пытками». Напомним читателю, что в послании преосвященного речь шла о населении 800 русских земледельческих хозяйств, рассредоточенных по речным долинам Барги, численность которых к 1929 году составляла 5000 человек, и более двадцати русских селений с 375 хозяйствами, сосредоточенных в районе Трехречья. Проживая рядом с русским Забайкальем, практически в равных географо-климатических условиях, но под разными политическими режимами, казаки-трехреченцы находились в многократно более выгодном положении. Пока население казачьих станиц в Забайкалье, как и по всей России, страдало от изымания продовольствия уполномоченными советскими представителями и постоянно находилось под угрозой большевистского террора за отказ отдать последнее «продовольственным отрядам», их соседи-казаки, проживающие в Северо-Восточном Китае, упорным трудом смогли наладить свой быт. Обосновавшись, они обеспечили себе достаточное количество продовольствия и даже существенно улучшили собственное материальное положение за счет продажи излишков сельскохозяйственной продукции маньчжурским потребителям. Этот пример успешного хозяйствования по другую сторону границы не давал покоя идеологам коммунистического устройства жизни, обеспокоенных постоянной утечкой отдельных казачьих семей через границу за лучшей долей. Таким образом, поступления в коммунистическую казну понемногу снижались, а требуемые от губернских советских властей показатели отъема сельскохозяйственных продуктов не снижались, а продолжали неуклонно расти. Забайкальские советские деятели были озадачены. На многочасовых совещаниях партийного и хозяйственного актива звучали самые фантастические предложения, как обеспечить прежний уровень сборов, но в конце концов их участники сошлись на мысли уничтожить заграничные поселения забайкальских казаков. Безосновательное нападение на мирных граждан, да еще с нарушением территориальной целостности соседнего государства, представлялось большевикам сомнительным предприятием. И тогда во весь голос заговорила советская пресса, усилиями пропагандистов начавшая создавать зловещий образ «белобандитов», обитающих по другую сторону границы, готовящих нападение на мирных советских подданных и свержение их самого гуманного на планете строя. В действительности обитатели Трехречья и не мечтали о большем, чем как, укрепившись на собственных земельных наделах, продолжать заниматься традиционными для казаков видами хозяйствования, продажей урожая, закупкой сельскохозяйственного оборудования и материалов для строительства многолетней мирной жизни. Практически никто из взрослого населения Трехречья не состоял в связях с повстанческими группами, руководимыми или формируемыми в Харбине сторонниками непрекращающейся вооруженной борьбы с большевиками. Условия жизни и повседневный нелегкий труд не оставляли ни малейшего времени для политиканства, и тем более многонедельных отлучек для партизанских рейдов в глубь советской территории. Нельзя сказать, чтобы трехреченские казаки испытывали большое уважение к согнавшей их с мест власти комиссаров, однако, огульно записывая всех трехреченцев в «бандиты», советская власть, как водится, изрядно кривила душой.
