Отечественная война 1812 года прервала мирное течение университетской жизни. Московский пожар не пощадил «старого» здания университета. Все, что не удалось эвакуировать, сгорело дотла; особенно сильно пострадала библиотека и ряд ценных коллекций, накопленных к тому времени.
Когда в 1813 году обсуждался вопрос о возвращении университета в Москву, то было неясно, где же проводить занятия. Потом заключили договор о найме зданий, принадлежавших купцу А.Т. Заикину, рядом с университетом (Долгоруковский пер., д. 5). Здесь и разместился университет и работал до 1818 года, когда открылся главный его корпус, восстановленный по проекту архитектора Д.И. Жилярди. Уже 11 июля 1813 года состоялось первое заседание профессоров, на котором решено было обратиться с открытым воззванием к обществу с просьбой делать пожертвования и дары университету для восстановления его научного фонда.
К 1826 году университет вновь обладал библиотекой в 30 тысяч томов, гербарием с 21 тысячей растений, ботаническим садом, химическим и анатомическим кабинетами. Общая сумма пожертвований на восстановление университета превышала один миллион рублей.
«Московский университет вырос в своем значении с Москвою после 1812 года. С тех пор началась для нее новая эпоха. В ней университет больше и больше становился средоточием русского образования. Все условия для его развития были соединены: историческое значение, географическое положение и отсутствие царя», – писал Александр Герцен в 1830-е годы.
Во второй половине девятнадцатого века Московский университет стал все больше превращаться в своеобразный «генератор» передовых идей своего времени, особенно в области общественного переустройства. «Тогдашнее студенчество делилось на множество кружков, но совершенно частного характера, без определенной организации и представительства, и с этими кружками профессорам приходилось вступать в сношения исключительно по вопросам научного характера. Столкновения между отдельными студентами и целой группой их бывали у членов инспекции, но они не принимали за время моего пребывания в университете слишком острого характера, подобного тому, что было потом, в конце семидесятых и восьмидесятых годов. Студенты в шестидесятых годах были менее требовательны, чем теперь, в отношении своих академических прав, и собственно на этой почве я помню лишь одно крупное явление, «Полунинскую историю», возникшую, если не ошибаюсь, уже в начале 1870 г. из-за недовольства студентов-медиков профессором Полуниным, слушать лекции которого они отказывались, кончившуюся тем, что, кажется, семнадцать студентов были исключены из университета. На юридическом факультете эта история, вызвавшая сильное раздражение против начальства, применившего столь строгую дисциплинарную меру, отозвалась тем, что между студентами была открыта подписка в пользу исключенных и собрана порядочная сумма.
Вообще 1870 г., я говорю про первую его половину, прошел в студенчестве не так тихо и покойно, как предшествовавшие. В отдельных студенческих кружках усилилось зародившееся, конечно, еще раньше брожение политического характера, находившееся в связи с таким же, но более энергичным движением студентов Петровской академии. В аудиториях во время междулекционных перерывов появлялись иногда ораторы, не непременно из своих студентов, бывали даже гости из Петербурга, и состоялось несколько сходок, в большинстве на университетском дворе, за старым университетом. Говорилось на них, кроме вопросов академической жизни, о начавшейся реакции, о необходимости общестуденческой организации и взаимной поддержке кружков и т. п. Около этого времени было произведено между студентами довольно много обысков и несколько арестов, что вызвало, само собой разумеется, протесты и требования об освобождении товарищей. Все это было, однако, лишь подготовлением и началом тех бурь, которые впоследствии разразились среди московского студенчества, приняв гораздо более острый характер и приблизившись по направлению к общему, не специально студенческому, движению. В кружках, о которых я упомянул, уже тогда говорилось о необходимости сближения с народом, о том, что надо «идти в народ» с целью помощи ему духовной и материальной, развития его, пробуждения в нем сознания человеческих и гражданских прав, и, конечно, читалась недозволенная цензурой литература», – вспоминал в 1914 году выпускник университета, а позднее его преподаватель, Н.В. Давыдов[65].
Университет дал России много прогрессивных ученых, писателей, общественных деятелей. Их имена начертаны на многочисленных мемориальных досках на близлежащих зданиях, а в советское время они были увековечены в названиях улиц. Большая Никитская была переименована в улицу Герцена, а ее близлежащие переулки получили имена Белинского, Грановского, Огарева, Станкевича – деятелей русской культуры и науки, связанных с Московским университетом.
В университете учились или преподавали такие выдающиеся ученые и граждане России, как П.Л. Чебышев, Н.И. Пирогов, Н.В. Склифосовский, А.Г. Столетов, И.М. Сеченов, К.А. Тимирязев, Н.Е. Жуковский, С.А. Чаплыгин, Н.Д. Зелинский, Д.Н. Анучин, С.И. Вавилов, Д.И. Фонвизин, А.С. Грибоедов, М.Ю. Лермонтов, И.А. Гончаров, И.С. Тургенев, А.Н. Островский, А.П. Чехов, К.Д. Ушинский и многие другие.
А вот великому русскому художнику И.Е. Репину так и не удалось поступить в Московский университет. В 1881 году, 37 лет от роду, будучи уже знаменитым художником, он решил поступить в Московский университет, и только бюрократизм канцелярии оттолкнул его от выполнения этого намерения. Репин писал Стасову: «Здесь я бы хотел поступить в университет. но там, начиная с Тихонравова, ректора, оказались такие чинодралы, держиморды, что я, потратив две недели на хождение в их канцелярию, наконец плюнул, взял обратно документы и проклял этот вертеп подьячих. Легче получить аудиенцию у императора, чем удостоиться быть принятым ректором университета!»[66].
Революционные настроения начала ХХ века не могли не затронуть Московский университет, студенты которого в этот период часто превращали аудитории в места сходок. Не раз на Моховой улице перед университетом происходили демонстрации, а полиция загоняла арестованных демонстрантов в обширное и пустующее здание близлежащего Манежа.
Царское правительство неоднократно закрывало университет. В 1911 году в знак протеста против введения в университет полицейских войск и массового исключения студентов более ста профессоров и преподавателей покинули его стены, в том числе К.А. Тимирязев, Н.Д. Зелинский, П.Н. Лебедев, В.И. Вернадский, С.А. Чаплыгин, Ф.Ф. Фортунатов, А.Н. Реформатский.
