После окончания учебного заведения Моро занялся адвокатской деятельностью. Именно в те годы сформировались его республиканские убеждения, он стал пылким поклонником идей Вальтера, Ж. Руссо и других французских энциклопедистов второй половины XVIII века (Д. Дидро, Ш. Монтескье, К. Гельвеций, П. Гольбах, Ж. д’Аламбер), проповедовавших дух свободолюбия, демократии и ненависти к тирании.
С началом в 1789 году Великой французской революции молодой адвокат Моро сразу же встал в ряды ее наиболее горячих приверженцев, одним из первых вступил в Национальную гвардию и вскоре был произведен в офицеры. В апреле 1792 года начались Революционные войны Франции против 1-й коалиции европейских монархических держав, предпринявших попытку силой оружия задушить революцию во Франции и восстановить в ней дореволюционные порядки.
В обстановке всенародного подъема, охватившего тогда всю страну, поднявшуюся на защиту своей свободы и независимости, Моро поступает волонтером в армию и вскоре избирается командиром батальона волонтеров, вошедшего в состав Северной армии (май 1792 года). С этого времени он начинает серьезно изучать военное дело и постепенно приобретает в этом большие познания. В первых же боях с интервентами показал себя храбрым и умелым командиром, что способствовало быстрому продвижению его по службе. Отличился в целом ряде боев и сражений и уже в 1793 году был произведен в бригадные, а менее чем через год — в дивизионные генералы (высшее воинское звание во французской революционной армии).
Командуя дивизией, Моро овладел несколькими важными крепостями в Бельгии, в том числе Менен, Ньюпор (Ньивпорт), Остенде, и приобрел известность как один из лучших дивизионных генералов революционной армии.
Среди этих славных побед ему пришлось пережить тяжелый удар судьбы — гибель отца, казненного якобинцами. Упавшего духом и впавшего в депрессию молодого генерала спасли от неминуемой расправы как «сына врага народа» его боевые заслуги, репутация убежденного патриота, а также заступничество командующего Северной армией генерала Ш. Пишегрю, находившегося в близких отношениях со многими вождями якобинцев. Последнему удалось ободрить своего подчиненного, вдохновить его на дальнейшее служение Революции и вернуть к прежней активной боевой деятельности.
В Голландском походе 1794 года Моро командовал правым крылом Северной армии, а после завоевания Голландии сменил Пишегрю на посту командующего армией. Был ему в то время 31 год.
В 1796 году Моро возглавил Рейнско-Мозельскую армию, которая в то время считалась главной армией Французской республики. Перед ним была поставлена задача во взаимодействии с Самбро-Мааской армией (генерал Ж. Журдан) разгромить австрийцев в Южной Германии и нанести удар в направлении Вены.
Перейдя Рейн, Моро вторгся в Германию, где одержал ряд побед над австрийскими войсками, но медлительность и чрезмерная осторожность в действиях не позволили ему в полной мере воспользоваться результатами своих побед. Австрийский главнокомандующий эрцгерцог Карл умело воспользовался разобщенностью действий французских армий, не объединенных единым командованием. Сосредоточив свои основные силы против Самбро-Мааской армии, он нанес ей поражение сначала при Амберге (22 августа), а затем при Вюрцбурге (3 сентября) и отбросил Журдана за Рейн. Под угрозой с левого фланга и тыла Моро был вынужден оставить Германию и также начать отступление за Рейн. Отступление это было проведено им в образцовом порядке. В ходе его Моро одержал победу при Биберахе, но потерпел неудачу под Эммендингеном, а затем вновь добился успеха при Шлингене.
В целом же кампания 1796 года в Германии оказалась для Франции неудачной, что вызвало резкое недовольство Директории. Не считая себя виновным в неудаче, обиженный Моро подал в отставку и получил ее. В то время, когда основные силы французской армии, действовавшие в Германии под командованием Моро и Журдана, потерпели поражение и вынуждены были перейти к обороне на Рейне, Итальянская армия генерала Наполеона Бонапарта, которая не рассматривалась Директорией как серьезная боевая сила и которой в силу ее ограниченных возможностей в кампании 1796 года отводилась лишь вспомогательная роль — отвлечь на себя часть сил противника, совершила непостижимое. Она не только нанесла австрийцам и их союзникам целый ряд тяжелых поражений, но и заставила австрийское командование перебросить в Италию своих лучших генералов и крупные силы с основного театра военных действий, а также завоевала почти всю Северную Италию.
На дымно-кровавом европейском небосклоне конца XVIII века взошла и засверкала ослепительным светом новая, неведомая до того звезда — звезда Наполеона Бонапарта. Буквально за считанные месяцы, в течение всего одной кампании, никому неизвестный 27-летний генерал Бонапарт (или как его тогда называли — Буонапарте) стремительно ворвался на авансцену истории и превратился в национального героя Франции, стал самым знаменитым полководцем Республики. В ярких лучах наполеоновской славы как-то сразу померкла слава самых знаменитых полководцев республиканской армии — Гоша, Пишегрю, Журдана и Моро.
Победоносно завершив Итальянскую кампанию 1797 года и принудив Австрию к заключению мира, Наполеон Бонапарт окончательно утвердил за собой статус «первой шпаги» Французской республики.
А Моро в это время прозябал в отставке. В 1798 году его снова пригласили на службу. Сначала он получил должность генерал-инспектора пехоты, а затем был назначен членом совета, занимавшегося стратегическим планированием. В начале 1799 года Директория направила его в Северную Италию заместителем командующего Итальянской армией генерала Б. Шерера, которого Моро вскоре заменил на посту командующего (апрель 1799 года).
Едва вступив в должность и не успев еще собрать свои войска, разбросанные на широком фронте прежним командующим, он был разбит А. В. Суворовым в сражении на реке Адда [15—17 (26) апреля 1799 года] и отступил в Пьемонт, а затем в Ривьеру.
Возглавляемые Суворовым союзные русско-австрийские войска в течение двух месяцев после начала кампании в Северной Италии заняли Ломбардию и Пьемонт. Когда Суворов с главными силами своей армии обратился против выдвигавшейся из Южной Италии французской армии генерала Ж. Макдональда, то Моро, воспользовавшись этим, разбил австрийский корпус генерала Г. Бельгарда при Казин-Гроссе (20 июня 1799 года) и освободил от осады Тортонскую цитадель. Но поддержать Макдональда, разбитого Суворовым на реке Треббия [6—8 (17—19) июня 1799 года], он не сумел и вновь был вынужден отступить в Ривьеру.
