Провозглашение Наполеона Бонапарта пожизненным первым консулом (2 августа 1802 года) еще более усилило оппозиционные настроения Моро. Он публично отказывается принять орден Почетного легиона, пожалованный ему Наполеоном. Моро прекрасно сознавал, что у него самое громкое после Наполеона Бонапарта имя в армии и стране, что за ним стоят влиятельные силы, и открыто фрондировал против установившегося в стране режима. Он знал, что Бонапарт не может не считаться с ним, и он не ошибся в своих расчетах. Первый консул не раз пытался протянуть ему руку примирения (приглашал к себе во дворец на обеды, на торжественные приемы, на богослужения в Собор Парижской Богоматери и т. п.), но каждый раз наталкивался на холодный отказ. Правда, Моро не шел на открытую конфронтацию с первым лицом в государстве, но и не желал входить в какой-либо контакт с ним. Чем наряднее и пышнее становились приемы в Тюильрийском дворце, тем проще и непритязательнее одевался Моро, ставший в глазах французов образцом республиканской скромности. До Бонапарта доходили презрительные отзывы генерала об ордене Почетного легиона, о Булонском лагере, о предполагаемой десантной операции в Англию и др. По столице, да и не только по Парижу, вовсю циркулировали распускаемые врагами Наполеона слухи, больно бившие по самолюбию первого консула: о том, что победа, одержанная Моро при Гогенлиндене, — это чистая победа, тогда как сражение при Маренго Наполеон проиграл, а истинным победителем в нем является генерал Л. Дезе, вырвавший победу у противника; что Египетская экспедиция — это авантюра, затеянная Бонапартом, который, как только понял, что она провалилась, дезертировал из Египта, бросив свою армию на произвол судьбы; что военный переворот 18 брюмера — это антиконституционная акция, которая не может быть признана легитимной, а Бонапарт просто узурпировал власть; что Бонапарт постоянно нарушает конституцию и стремится к авторитарной форме правления и т. п. Но Наполеону было хорошо известно, что Моро по складу своего характера не способен ввязаться ни в какие антиправительственные действия и ограничится лишь словесной фрондой. Тем не менее, как бы то ни было, но открыто фрондирующий генерал стал знаменем оппозиции, вокруг которого объединялись все недовольные.
Появилась оппозиция и в армии, которую составили офицеры и генералы, придерживающиеся республиканских взглядов. Это для власти было уже опасно. В апреле 1802 года по распоряжению Наполеона ряд генералов и офицеров были арестованы по обвинению в антиправительственной деятельности. Продержав некоторое время в заключении, их затем отправили в экспедицию на остров Сан-Доминго, откуда уже никто из них не вернулся.
Приняв жесткие и быстрые меры по пресечению оппозиционных настроений в армии, Наполеон оперативно устранил эту серьезную для себя угрозу и изолировал Моро от его сторонников в армии.
Открыто бравирующий своей оппозиционностью генерал Моро постепенно оказался в какой-то степени причастным к роялистскому заговору, возглавляемому известным шуаном Ж. Кадудалем и бывшим генералом революционной армии Ш. Пишегрю, его старым боевым соратником. Хотя Моро во многом и не разделял взгляды заговорщиков, целью которых было убийство первого консула, но тем не менее вступил с ними в контакт.
В январе 1804 года спецслужбами Наполеона были получены данные о том, что в Париже с августа 1803 года находится группа террористов, возглавляемая Кадудалем. Эти 50 готовых на все головорезов планируют похищение или убийство первого консула. 13 февраля об этом было доложено Наполеону. К этому времени стало известно, что в Париже нелегально находится и Пишегрю, который действует вместе с Кадудалем, и что он имел тайную встречу с Моро.
Наполеон был буквально поражен этим известием. Больше всего его потрясло то, что участником роялистского заговора оказался знаменитый генерал революционной армии Моро, долгие годы беззаветно сражавшийся под ее знаменами с врагами Франции и вот теперь перешедший на их сторону и изменивший своей родине.
16 февраля Моро был арестован у себя на квартире по обвинению в участии в антигосударственном заговоре. На следующий день было объявлено об аресте Моро как государственного изменника. Это произвело шок в Париже. Встревоженная таким известием оппозиционная общественность не поверила в виновность популярного генерала. Нападки на первого консула резко усилились, его обвиняли в стремлении устранить своего соперника, в зависти к военной славе Моро и т. п. Наполеон же был бессилен изменить общественные настроения.
Оказавшись в заключении, Моро долго отрицал все предъявленные ему обвинения. Наконец 8 марта он написал Наполеону письмо, в котором повинился, что до сих пор говорил неправду, все отрицая. Он признался, что виделся с Пишегрю по инициативе последнего, но отказался от участия в заговоре и не стал разговаривать с Кадудалем, которого Пишегрю пригласил на встречу без его, Моро, ведома. По всей вероятности, это покаянное письмо было написано Моро в момент душевного надлома. Оно мало чего добавляло к фактам, уже известным следствию от арестованных лиц из ближайшего окружения генерала. Важно было другое, а именно — действующий генерал Республики лично подтверждал, что вступил в недозволенные переговоры с ее врагами. Это подтверждало факт государственной измены Моро. Его признательное заявление было немедленно опубликовано в печати. Он был публично скомпрометирован как заговорщик и предатель. Ореол героизма, гражданского мужества и республиканской неподкупности, окружавший до сих пор его имя, был сорван. Со страниц покаянного письма Моро предстал перед всей Францией слабым, колеблющимся и двоедушным человеком. Этим письмом он нанес большой вред не только себе лично, но и многочисленным сторонникам оппозиции, которые вынуждены были спешно ретироваться. К этому времени большая часть шуанов, входивших в террористическую группу, была уже арестована. Сам Кадудаль попался в сети жандармерии 9 марта. Суд над заговорщиками состоялся в мае-июне 1804 года. Моро судил военный суд отдельно от остальных заговорщиков. Не было на суде и Пишегрю, который еще 6 апреля покончил жизнь самоубийством в тюремной камере. Военный суд уволил Моро из армии, но, вопреки ожиданиям Наполеона, приговорил его всего лишь к двум годам тюремного заключения. Только что ставший императором Наполеон под видом проявления великодушия поспешил избавиться от побежденного, но все еще остававшегося опасным для него противника. Он заменил Моро тюремное заключение изгнанием из Франции.
В июне 1804 года Моро покинул Францию, которую ему уже не суждено было увидеть, и из Барселоны (Испания) уехал в Америку. Когда Наполеону доложили об этом, он после недолгого раздумья произнес: «Теперь он пойдет по дороге вправо. Он кончит тем, что придет к нашим врагам». Эти слова оказались пророческими…
