Местонахождения кайнозоя рассмотрены в обзоре менее детально, и не затронута "морская тафономия"; то и другое И. А. Ефремов предполагал осветить во второй книге "Тафономии".
Местонахождения любого геологического возраста содержат редкие, «экзотические» формы, резко отличающиеся от преобладающих животных данного захоронения. В местонахождениях палеозоя они обычно являются сухопутными, реликтами древних групп или, наоборот, несут черты более высокой, прогрессивной организации по сравнению с животными основного комплекса фауны. И. А. Ефремов отмечает увеличение числа этих форм в палеозое по мере приближения местонахождений к области сноса осадков или местам обитания типично наземной фауны. Таким образом, редкие в местонахождениях остатки одновременно характеризуют вмещающие отложения и полнее раскрывают состав фауны и флоры за пределами района осадконакопления.
Как известно, объективным критерием прогресса считают освоение новых сред обитания. В этом плане выход позвоночных на сушу и освоение суши в конце палеозоя было прогрессом, который привел к возникновению многих адаптаций, позднее повторяемых во времени. Раскрыть специфику этих адаптаций, как бы не укладывающихся в общую картину захоронения, помогает тафономия.
На формирование тафономии наряду с В. О. Ковалевским и П. П. Сушкиным оказали влияние В. Квален и В. П. Амалицкий. Наблюдения В. Квалена над захоронением и распределением органических остатков в медистых песчаниках подтвердились лишь 50 лет спустя работами Неймайра и других исследователей. Поэтому для истории науки В. Квален, как считал Ефремов, остается одним из основателей учения о захоронении ископаемых остатков для континентальных отложений.
В. П. Амалицкий провел сравнительное изучение позднепермских моллюсков-двустворок Европейской части России и Южной Африки. Ему было известно, что в южноафриканских местонахождениях раковины двустворчатых моллюсков встречались вместе с многочисленными остатками позвоночных. На основании сходства двустворок Амалицкий заключил, что в красноцветных отложениях Европейской части России должны быть найдены пресмыкающиеся, близкие к южноафриканским. Крупнейшие раскопки, впервые проведенные в России, блестяще подтвердили его научное предвидение: открытая Амалицким богатейшая фауна наземных позвоночных получила мировую известность и составила знаменитую Северодвинскую галерею, которая послужила ядром будущего музея Палеонтологического института.
В числе предшественников тафономии Ефремов первым называет Ч. Дарвина. По словам А. А. Борисяка, часто забывают, что Дарвин был прежде всего геологом. В "Происхождении видов" он указывал: "Но если верно это учение о бесчисленных звеньях, связующих современных и вымерших обитателей земли, а в пределах каждого последующего периода — менее древние вымершие формы с формами более древними, то почему же каждая геологическая формация не переполнена этими звеньями?… Я могу ответить на эти вопросы и возражения только предположением, что геологическая летопись менее полна, чем предполагает большинство геологов. Число экземпляров в наших музеях абсолютно ничтожно по сравнению с несметными поколениями несметных видов, несомненно существовавших" [сноска]. Дарвин, как отмечал Ефремов, видел различие процессов захоронения в континентальных и морских осадках и полагал, что открывать переходные формы было бы труднее на поднимающихся участках суши.
Геологическая летопись и ее неполнота расценивались Ефремовым как один из узловых вопросов эволюционной теории — вопросов, требующих дополнительных доказательств. В работе 1935 г., вероятно под влиянием Дарвина, он обращается к неполноте геологической летописи и выпадению переходных форм. Подчеркивая роль палеонтологических документов в общем потоке развития наземных позвоночных, И. А. Ефремов показывает эти явления как вполне определенную закономерность, проистекающую из всего хода развития земли и органического мира. В работе 1936 г. эти закономерности виделись ему уже в рамках учения о захоронении.
Оформление тафономии для И. А. Ефремова закончилось во второй половине 30-х годов. Но внедрение идеи тафономии в сознание исследователей, а затем в палеонтологическую практику потребовало времени.
За рубежом основные положения тафономии были опубликованы впервые в 1940 г. в "Pan American Geologist". В 1953 г. «Тафономия» была переведена и издана во Франции. Однако в послевоенный период она распространилась преимущественно в США благодаря работам палеонтолога Э. К. Олсона. В 1957 г. он опубликовал на английском языке "Каталог местонахождений пермских и триасовых наземных позвоночных на территории СССР", а в 1962 г. в своей сводке по пермским позвоночным составил тафономический обзор американских местонахождений.
Первое сообщение о тафономии И. А. Ефремов сделал в январе 1941 г. на ученом совете Палеонтологического института, а в феврале 1974 г. XX сессия Всесоюзного палеонтологического общества была целиком посвящена тафономии. Тафономия "вошла в силу". В этом отношении интересно свидетельство далекого от палеонтологии крупного отечественного неонтолога Б. Е. Быховского. "В правильной оценке фактов и документов палеозоологической летописи, — писал он, первостепенное значение приобретает разработка представлений о тафономии… Основанное И. А. Ефремовым на базе классических исследований Ч. Дарвина о неполноте геологической летописи, оно в начале 60-х годов оформилось в нашей стране в самостоятельный раздел палеозоологии. Вначале оно строилось в основном на материалах по наземным позвоночным, но затем очень быстро распространилось на все разделы палеозоологии и проникло в палеоботанику. В наши дни тафономический анализ стал неотъемлемой частью исследования палеонтологического материала" [сноска].
К этому можно добавить, что на сегодняшний день тафономия завоевала признание специалистов в СССР и за рубежом. Мировая литература по тафономии насчитывает сотни публикаций, а тафономические исследования охватывают местонахождения и фауны от древнейших девонских рыб до четвертичных млекопитающих, а также местонахождений ископаемых растений.
По мере проникновения в палеонтологию тафономия благодаря своей первичной направленности воспринималась как частное направление, приложимое в основном к континентальным отложениям с местонахождениями вымерших организмов. Тем самым в какой-то мере бессознательно она была «узурпирована» палеонтологами и биостратиграфами, которые оценивают хронологическую последовательность напластований палеонтологическим методом. Позднее, в связи с переоценкой роли пауки в эпоху НТР, неизбежно встал вопрос о возможном практическом значении тафономии, помимо ее узкой направленности на изучение геологической летописи. Сам И. А. Ефремов упоминал, что она может оказаться практически нужной и ее методы применимы к поискам полезных ископаемых. Действительно, все, что сохраняется в геологической летописи, в равной мере является ее документами: это — кусок каменного угля, который сам является окаменелостью, и ракушка на пляже Черного моря, и скелет динозавра, и мамонтенок из вечной мерзлоты Магадана, и крупинка золота или кристаллик алмаза из россыпей. Поэтому тафономия прежде всего приложима к изучению полезных ископаемых так называемого осадочного происхождения, для которых в отличие от тафономии применяется термин «месторождение». Сюда входят не только уголь, горючие сланцы, торф, но и некоторые железные руды, россыпные месторождения золота, алмазов, драгоценных камней и т. д. В ряде случаев методы изучения месторождений-местонахождений во многом совпадают и тафономия может вносить ценные поправки как в поиски, так и в разработку полезных ископаемых. В обоих случаях здесь исследуются так называемые вмещающие отложения, их пространственные размеры, специфика, концентрация и распределение (полезного ископаемого и окаменелостей), качественная характеристика, запасы и т. д. Однако за всей этой общностью стоят различия методов и конечных целей. Они уводят, с одной стороны, в палеонтологию с ее тафономическим подходом к изучению прошлого, с другой — в столь же специальные дисциплины, такие, как геология осадочных полезных ископаемых (геология углей, горючих сланцев, россыпных месторождений и т. д.), где дифференциация ведет ко многим самостоятельным направлениям, в которых контуры тафономии перекрываются практикой. Отчасти поэтому, «Тафономия», опубликованная давно и малым тиражом, не пробила дорогу в те направления прикладной геологии, где она может быть использована.