В области карательной политики партийные органы Украины требовали соблюдать дифференцированный классовый подход, осторожность в применении принудительных мер к трудящимся. Пятая конференция КП(б) Украины подчеркивала, что меры наказания за бандитизм и крестьянские восстания должны строжайшим образом согласовываться с классовой политикой, строжайшей законностью, не допуская ущемления прав человека. Недопустимы репрессии по отношению к селянству в целом. Требовалось освободить тех, кто выступал против советской власти «вследствие малой сознательности». На VIII съезде РКП(б) Ленин говорил, что «главный урок — быть чрезвычайно осторожным в нашем отношении к среднему крестьянству и мелкой буржуазии… От нас потребуется частая перемена линии поведения… Мы вовсе не желаем употреблять насилие. Наш враг — буржуазия, и, когда она выступает против, к ней применяются меры пролетарской дисциплины».
Объясняя применение расстрелов в годы Гражданской войны, Дзержинский на приветствие делегатов IV Всероссийской конференции ЧК по случаю награждения его орденом Красного Знамени ответил: «И точно так же, как раньше, мы со спокойной совестью убивали врагов, потому что иначе их было нельзя победить. Точно так же мы теперь должны приняться за другие методы, с такой же энергией и таким же чистым сердцем».
В приветствии Совнаркома УССР в день пятилетнего юбилея ВУЧК отмечалось, что борьба с контрреволюцией всегда была предметом бешеной клеветнической кампании со стороны всемирной контрреволюции.
С переходом от военного коммунизма к новой экономической политике важнейшее значение имела работа чекистов по защите интересов государства в сфере хозяйственных отношений. На Украине следовало преодолеть топливный кризис, не допускать массового вывоза за границу ценностей, хищений на железных дорогах, которые «убивали всю продовольственную кампанию». 23 января 1921 года Манцев напомнил Дзержинскому о разговоре с Троцким о необходимости создания отдельной Донецкой транспортной чрезвычайной комиссии, но тогда не было сотрудников. Манцев просил председателя ВЧК оказать помощь украинцам в решении этого вопроса. На следующий день Дзержинский дал указание Менжинскому о направлении в Украину командного состава и батальона для Донецкой транспортной ЧК в количестве 500 человек.
Как отмечалось, большое значение для работы ведомств государственной безопасности Украины и России имело хорошо налаженное взаимодействие. Здесь не было мелочей, что хорошо понимали и Манцев, и Дзержинский. Даже в конце 1921 года Дзержинский не считал нормальными взаимоотношения ВЧК и ВУЧК. 11 ноября 1921 года он прямо указывал Манцеву: «…до сих пор наши взаимоотношения не совсем нормальны. Есть взаимная сдержанность и взаимные чепуховые претензии, которые при желании легко разрешаются».
В 1920–1921 годах на Украине был широко развит политический бандитизм. Особую опасность представляли махновцы: бандитизму способствовали кулачество, господствующее в условиях безвластия и разрухи, частая смена властей, наличие оружия со времен войны, укрывательство от призывов в Красную армию. У большевиков не было поддержки со стороны большинства населения. Националистическая контрреволюция в союзе с империалистическими кругами финансировала антисоветские заговоры, в которых участвовали втянутые обманом, разоренные, политически незрелые трудовые массы. Бюллетень ЧК сообщал, что под Житомиром, в Радомышле, зверствовала банда Соколовского, на счету которой было свыше тысячи убитых стариков, женщин, что «на трупах детей — массовые уколы штыками, у женщин проколоты штыками груди».
К концу 1920 года численность банд Махно колебалась от 11 до 15 тысяч. Располагая фактором мобильности и поддержки со стороны части населения, Махно метался по украинским и российским губерниям, совершая налеты, грабежи, убийства, разрушая дороги, пуская под откос эшелоны. Только за 1920 год в десяти украинских губерниях (без Киевской и Одесской) бандиты убили 1070 работников продовольственных органов и членов рабочих отрядов.
Дзержинский принял решительные меры, чтобы в кратчайший срок ликвидировать очаги махновщины. В отношении махновцев, арестованных на Украине, он рекомендовал не расправляться с ними административно, а передать трибуналу.
Успехи украинских чекистов во многом были обусловлены личными, доверительными отношениями председателей ВЧК и ВУЧК. Об этом свидетельствует и тот факт, что Дзержинский после назначения его наркомом путей сообщения рекомендовал ЦК назначить Манцева на пост председателя ВЧК России.
Когда речь идет о взаимодействии чекистских органов двух братских республик, нужно иметь в виду, что помощь была не только со стороны ВЧК. Сотрудники ВУЧК часто приходили на помощь своим российским коллегам. Так, в январе 1923 года Дзержинский просил Манцева направить в Россию на несколько месяцев известного специалиста по борьбе с бандитизмом Ф. Мартынова для усиления борьбы с хищениями на железных дорогах.
И в годы нэпа, как и во время Гражданской войны, по-прежнему сложной оставалась работа с кадрами. Сотрудники органов госбезопасности, как правило, комплектовались из партийных рядов, людей, преданных коммунистическим идеям. В условиях Гражданской войны и военной интервенции они действовали решительно, в ряде случаев руководствовались революционным правосознанием, перехватывали инициативу у противника, который был опытнее, чем сотрудники новой спецслужбы. Хотя образовательный уровень личного состава, в том числе руководителей, был невысок, им были присущи четкая политическая линия, революционный пафос, чувство преданности социалистической революции.
Во время создания Всеукраинской ЧК среди чекистов было значительное количество выходцев из еврейского населения. Это находило объективное объяснение. Евреи на Украине в дооктябрьский период составляли многочисленную диаспору, имели неравное положение с коренным населением, подвергались угнетению при царской власти, неоднократным погромам со стороны украинских националистов. Кстати, репутацию Петлюры на Западе сильно испортили еврейские погромы, в которых, по имеющимся данным, погибло около 50 тысяч человек. Сам он в 1926 году был застрелен Семеном Шварцбурдом, 15 родственников которого стали жертвами погромов. Многие евреи приняли активное участие в революции на стороне большевиков. Немаловажное значение для пополнения чекистских рядов имел более высокий образовательный ценз еврейского населения. Но, с другой стороны, известно, что сионистские круги не стеснялись сотрудничать и с врагами советской власти, призывали к свержению большевиков.
