Осенью 1918 г. М. С. Кедров был отозван с фронта в Москву. Ему поручалось возглавить военный отдел ВЧК, ведавший борьбой с контрреволюцией в Красной Армии и руководивший деятельностью фронтовых и армейских ЧК, созданных летом 1918 г.
Однако существование в военных ведомствах (Военный контроль) и в ВЧК параллельных органов, боровшихся с контрреволюцией и шпионажем, вело к распылению сил, порождало параллелизм в работе и межведомственные трения[62].
Интересы государственной безопасности, быстрейшего разгрома белогвардейцев и интервентов с настойчивостью требовали объединения усилий, сосредоточения функций борьбы с контрреволюцией и шпионажем в едином органе. Это вызывалось еще и тем, что от саботажа и открытых выступлений против Советской власти классовый враг перешел к новой тактике. «Теперь, — говорил в те дни Ф. Э. Дзержинский, — враги стараются пролезть в наши советские учреждения, чтобы… саботировать работу, чтобы… овладев органами и аппаратами власти, использовать их против нас».
Контрреволюционные элементы пробрались и в органы Военного контроля, которые в основном состояли из специалистов старой армии. Так, при ликвидации контрреволюционного заговора в Вологде были уличены в антисоветской деятельности и осуждены Военно-революционным трибуналом некоторые сотрудники Вологодского отдела Военконтроля.
По указанию В. И. Ленина была проведена тщательная проверка и чистка органов Военного контроля. 19 декабря Бюро ЦК РКП(б) с участием В. И. Ленина обсуждало вопрос о деятельности этого органа. Бюро решило объединить деятельность ВЧК и Военного контроля.
В начале января 1919 г. по решению ЦК РКП(б) был создан Особый отдел ВЧК во главе с М. С. Кедровым. Руководство деятельностью Особого отдела возлагалось на ВЧК. Постановлением Совета Народных Комиссаров М. С. Кедров в марте того же года был утвержден членом коллегии ВЧК. На основе Положения об особых отделах при ВЧК М. С. Кедров формирует аппарат отдела и организует его работу. Наряду с оперативными делами его время поглощают штаты, сметы, ассигнования, подбор кадров.
Работа по созданию особых отделов совпала с перестройкой органов ВЧК, которая проводилась на основе указаний В. И. Ленина. Предусматривалось проведение чистки органов ЧК от примазавшихся к ним преступных и враждебных элементов.
В короткий срок, к середине января, органы Военного контроля были слиты с фронтовыми и армейскими ЧК и образованы особые отделы фронтов и армий. На них возлагалась борьба со шпионажем и контрреволюционными элементами во всех частях и учреждениях Красной Армии и Военно-Морского Флота. Особым отделам предоставлялось право ведения следствия и связанных с ним обысков, арестов и других действий. Особые отделы фронтов и армий работали под руководством соответствующих Реввоенсоветов и Особого отдела ВЧК, которому принадлежало общее руководство работой и контроль за их деятельностью.
Во главе местных ЧК ставились только члены Коммунистической партии, имеющие не менее двух лет партийного стажа. Уездные ЧК упразднялись.
С целью объединения усилий органов ВЧК и органов охраны общественного порядка решением ЦК РКП(б) и СНК председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский назначается народным комиссаром внутренних дел, а заведующий Особым отделом М. С. Кедров вводится в состав коллегии НКВД. Он ведет конкретный участок работы — наблюдение за деятельностью исправительно-воспитательных учреждений.
ВЧК работала под руководством и под контролем Коммунистической партии. В Обращении ЦК РКП(б) к коммунистам — работникам всех чрезвычайных комиссий, опубликованном 8 февраля 1919 г., подчеркивалось, что ЧК созданы, существуют и работают лишь по директивам партии и под ее контролем.
На работу в особые отделы направлялись преданные сыны партии, закаленные в подполье и в огне революции. Заместителем заведующего Особым отделом был утвержден Иван Петрович Павлуновский, член Коммунистической партии с 1905 г., активный участник трех российских революций. Во главе особых отделов фронтов и армий партия поставила: К. И. Ландера (Западный фронт), М. Я. Лациса, В. Н. Манцева, Ф. Т. Фомина, И. А. Воронцова (все — Юго-Западный фронт), Новова (6-я отдельная армия), Н. П. Комарова (Петроград), Е. Г. Евдокимова (Москва). Все они стали известными чекистами.
Вместе с Кедровым в аппарат Особого отдела пришли его товарищи по работе в Демобе и в «Советской ревизии»: А. В. Эйдук, А. X. Фраучи (Артузов), И. Ф. Тубала и другие.
Одним из первых крупных дел, которым пришлось заняться Особому отделу ВЧК и лично Кедрову, было дело о саботаже военно-медицинских работников. В начале девятнадцатого года была объявлена мобилизация на фронт медицинского персонала. Враждебно настроенные врачи, фельдшера, медицинские сестры под разными предлогами уклонялись от нее: не являлись на перерегистрацию и медицинское освидетельствование или приносили «на медкомиссию» купленные на Сухаревке «документы», освобождающие их от службы в Красной Армии. Вопрос упорядочения переосвидетельствования медицинского персонала был вынесен на обсуждение Совета Обороны, который поручил Наркомздраву и персонально М. С. Кедрову «подготовить проект декрета… по переосвидетельствованию». Право безапелляционного переосвидетельствования в Москве медицинского персонала временно было передано в ведение Особого отдела ВЧК. Специальная комиссия, созданная для этой цели, работала в Спасских казармах, и там нередко можно было видеть и М. С. Кедрова.
В мае — июне в Москве и Петрограде было проведено переосвидетельствование медицинского персонала: от мобилизации на фронт многим из них уклониться не удалось. Саботаж медиков был пресечен.
Весной девятнадцатого года правительства США, Англии и других стран Антанты организовали новое наступление на Советскую Россию объединенных сил контрреволюции. Главный удар должны были наносить армии Колчака. Одновременно империалисты готовили нападение интервентов и белогвардейцев на Петроград. Моррис, американский посол в Стокгольме, одобрил представленный Юденичем план наступления на Петроград и рекомендовал госдепартаменту США немедленно организовать военные действия против Советской России на северо-западе. В апреле 1919 г. в Ревеле (ныне Таллин) появились военные миссии США и Англии. В Ревельский порт начали прибывать корабли с вооружением, продовольствием и отрядами наемников.
Белые и интервенты рассчитывали, что наступление на фронте будет поддержано вооруженным выступлением (мятеж) контрреволюции в самом Петрограде и его окрестностях, в частности в Кронштадте.
