Кутузов решительно повернул учебный процесс от увлечения теоретическими курсами в сторону их практической направленности. Большое внимание стало уделяться обучению кадет отработке тактических приемов, ориентированию на местности, владению личным оружием, маршевой подготовке. Больше учебного времени было выделено на практические занятия по фортификации и артиллерийскому делу.
Главный директор стремился во всем подавать личный пример старшего воспитателя и педагога. Сильное впечатление на кадет производили читаемые им лекции по военной истории. Он не только со знанием предмета излагал военные события недавнего прошлого, анализируя боевые действия русской армии, но и столь же интересно и поучительно говорил о сложном пути, пройденном военным искусством.
Михаил Илларионович старается как можно больше времени проводить среди своих воспитанников — в учебных классах, жилых помещениях — «каморах», на строевых смотрах и утренних подъемах, «вечерних зорях».
По воспоминаниям бывшего кадета И.С. Жиркевича, Кутузов «с кадетами обходился ласково и такого же обхождения требовал и от офицеров. Часто являлся между ними во время наших игр, в свободные наши часы от занятий, и тогда мы все окружали его толпой и добивались какой-нибудь его ласки, на которые он не был скуп».
М.И. Голенищев-Кутузов высоко ценил тех, кто преуспевал в учебе. Наряду с поощрением кадет, он разрабатывает целую систему мер, способствующих повышению успеваемости воспитанников. Такая работа велась им настойчиво и последовательно. У тех воспитанников, кому трудно даются науки, Михаил Илларионович лично принимает экзамены, проводя предварительные собеседования.
Проявляется должная забота о чести «мундира» военноучебного заведения. Для наказания нерадивых кадет, лодырей и бездельников главный директор издает приказ по корпусу, в котором объявляет: «Из господ кадет и гимназистов великое число явилось ленивых, которым на поправление успехов даю месяц сроку; ежели и затем окажутся таковые, то унтер-офицеры будут разжалованы, а кадеты наказаны; ныне же явившихся ленивыми не отпущать со двора…»
Много труда отводится на повышение в воспитательном процессе роли корпусных офицеров, прямых наставников кадет. Ратным командирам вверяется в обязанность постоянный контроль за каждым воспитанником. Сообразно с армейскими правилами восстанавливается дисциплина в корпусе. Твердой рукой наводится должный порядок среди воспитанников, их начальников, казенных нижних чинов корпуса.
Вместе с тем Кутузов категорически запретил применение к кадетам каких-либо физических мер воздействия, обращая особое внимание на воспитательный метод убеждения с учетом возрастных особенностей кадет. «Когда наказания становятся частыми и чрезмерными, — говорил он, — худые поступки умножаются».
Новый главный директор сумел навести порядок в финансовом положении кадетского корпуса. Уже через месяц после своего назначения он «при сочтении казны» обнаружил, что учебное заведение должно «немалую сумму». Об этом генерал-поручик М.И. Голенищев-Кутузов донес рапортом императрице Екатерине И. Однако государыня заверялась, что с финансовыми долгами корпус может справиться самостоятельно путем строжайшей экономики по всем расходным статьям.
Чтобы рассчитаться с казенными долгами корпуса, главный директор принимает самые строгие меры по режиму экономии. Здесь его ближайшим помощником стал полковник Иван Андриевский, полицмейстер Сухопутного Шляхетского кадетского корпуса. Он взял на себя все вопросы, связанные с ремонтом старых зданий, проведением «каменных, плотничных и протчих работ». Регулярно проводились ревизии приходных и расходных сумм.
В должности главного директора кадетского корпуса Михаил Илларионович пробыл до середины декабря 1797 года. В одном из своих приказов он отмечал, обращаясь к кадетам: «Добрая воля и успехи господ унтер-офицеров, капралов и господ кадетов оправдывает доброе мое о них мнение с самого начала принятия, да благословит Бог течение их в сем благородном поприще. Надеюсь, что не погубят они в праздности драгоценного времени в классах, но приобретут знания, нужные благородному человеку во всяком состоянии…»
Михаил Илларионович имел полное право гордиться многими своими воспитанниками. Среди них были: генералы от инфантерии граф К.Ф. Толь и А.И. Хватов, боевые генералы М.Е. Храповицкий, А.К. Ридигер, A.B. Богдановский, A.A. Писарев, Ф.В. Сазонов, Я.А. Потемкин, другие воспитанники.
Многие из них стали активными участниками Отечественной войны 1812 года, георгиевскими кавалерами.
Исполнение должности главного директора престижного военно-учебного заведения стало важной вехой в кутузовской биографии. Прощаясь с воспитанниками Сухопутного Шляхетского кадетского корпуса при их выпуске, М.И. Голенищев-Кутузов говорил им: «…Я получал и чины, и ленты, и раны, но лучшею наградою почитаю то, когда обо мне говорят — он настоящий русский солдат. Господа! Где бы вы ни были, вы всегда найдете во мне человека, искренне желающего вам счастья, и который совершенно награжден за любовь к вам вашею Славою, вашею честью, вашею любовью к Отечеству».
Пройдет 15 лет и великий полководец России встретит многих своих воспитанников в рядах русской действующей армии, на полях сражений с Великой армией Наполеона в Отечественной войне 1812 года. Некоторые даже станут ближайшими помощниками «спасителя Отечества».
Императрица Екатерина II решила вернуть генерал-поручика М.И. Голенищева-Кутузова с его богатым боевым опытом в ряды русской армии. 14 (25) февраля 1795 года высочайшим повелением он назначается командовать сухопутными войсками в Финляндии. Исполнение этой должности Михаил Илларионович вынужденно совмещал с директорством в Сухопутном Шляхетском кадетском корпусе.
Подобное совмещение должностей, достаточно высоких, в екатерининское время практиковалось довольно широко. Поэтому местопребыванием военачальника частей, расквартированных недалеко от столицы Финляндии, так и остался Санкт-Петербург. Оттуда Голенищев-Кутузов выезжал на Карельский перешеек для инспектирования полков и крепостей, а затем вновь возвращался к исполнению обязанностей главного директора кадетского корпуса.
Государыня императрица не забывала благодарить по-монарши своих государственных мужей. В августе 1795 года Екатерина II пожаловала Михаилу Илларионовичу в потомственное владение земли польских поместий на Волыни, реквизированные у помещиков-шляхтичей, участвовавших в восстании Тадеуша Костюшко. Эти земли были пожалованы генерал-поручику в дополнение к имению Горошки на Волыни.