В апреле 1791 года Лефевру была поручена охрана короля, возвращавшегося из Сен-Клу в Париж. Недалеко от столицы дорогу королевскому кортежу преградила толпа разъяренных «патриотов». Во время этого инцидента Лефевр снова получил ранение, когда с обнаженной шпагой в руке разгонял толпу, расчищая дорогу для короля. Свою задачу обеспечить безопасность короля и его семьи во время их переезда в Париж он выполнил успешно. В январе 1792 года получил чин капитана и стал командиром роты. В апреле 1792 года начались Революционные войны Франции против 1-й коалиции европейских монархических государств, вознамерившихся силой оружия подавить революцию во Франции и восстановить в ней дореволюционные порядки. Лефевр отправляется на фронт. Батальон, в котором он командовал ротой, входит в состав Центральной армии. Уже в первых боях с интервентами Лефевр проявляет незаурядные военные способности, большое мужество и высокий патриотизм. Однако его боевые заслуги долгое время остаются незамеченными. Видимо, сыграла свою роль молва о нем как о «верном прислужнике тирана» (короля).
Только в сентябре 1793 года он получает чин майора, затем подполковника и назначается командиром батальона, а вскоре в должности генерал-адъютанта возглавляет штаб дивизии. Особенно отличился в сражении при Кайзерслаутерне (29—30 ноября 1793 года), за что был произведен в бригадные генералы (2 декабря 1793 года). Через месяц с небольшим за отличие в боях при Гисберге и Ламбахе, где Лефевр временно командовал 2-й дивизией Мозельской армии, он получает очередное воинское звание — дивизионного генерала (10 января 1794 года). Командующий армией генерал Л. Гош назначает Лефевра командиром 30-тысячного корпуса и поручает ему осаду мощного форта Вобан. Проявив высокую активность и боевое мастерство, Лефевр через две недели овладел этим укреплением.
В кампании 1794 года, находясь со своей дивизией в авангарде Самбро-Мааской армии (генерал Ж. Журдан), Лефевр участвует в сражениях и крупных боях при Динане, Сент-Круа, Арлоне, Маримоне, Нивелле, Флоривале, Фирмане и Альденговене, всюду проявляя выдающуюся храбрость, инициативу и настойчивость при выполнении боевых задач.
Лефевр прославил свое имя в знаменитом сражении при Флерюсе (26 мая 1794 года), где его дивизия сыграла решающую роль в достижении успеха. Вместе с ним там отличился и его начальник штаба полковник Сульт (будущий маршал Франции), под которым в ходе сражения были убиты и ранены 5 лошадей, а также Мортье (тоже будущий маршал Франции) — командир батальона в дивизии Лефевра.
В кампании 1795 года дивизия Лефевра первой переправилась через Рейн у Дюссельдорфа. Сам Лефевр во время переправы через эту крупную водную преграду был ранен, но остался в строю.
Во время похода Журдана в Германию Лефевр участвовал во многих боях и сражениях. Возглавляемые им войска особенно отличились при взятии штурмом Бланкенбергских высот и взятии города Вецларад.
В кампании 1796 года, сражаясь под командованием генерала Ж. Клебера, отличился в сражении при Альтенкирхене (4 июня 1796 года), где командовал центром его корпуса. В этом победоносном для французов сражении дивизия Лефевра взяла в плен 3 тыс. австрийцев, захватила 12 орудий и 4 знамени. Затем, возглавив авангард Самбро-Мааской армии, Лефевр овладел крепостью Кенигсгофен, снова был ранен в сражении при Фридберге (10 июля 1796 года), геройски сражался при Вюрцбурге (3 сентября 1796 года), а затем искусно прикрывал отступление французов к реке Лан. На завершающем этапе этой кампании участвовал в осаде мощной крепости Майнц.
В кампании 1797 года Лефевр командовал правым крылом Самбро-Мааской армии. При переходе через Рейн его войска штурмом взяли укрепленные позиции австрийцев у Бендорфа (18 апреля 1797 года). За этот подвиг он удостоился особой благодарности Директории. Затем успешно действовал при Кальдейхе, Фридберге, Бамберге и Зульцбахе. Развивая успех, войска Лефевра развернули наступление на Франкфурт-на-Майне. Их передовые части уже завязали бои на подступах к этому городу, когда пришло известие о заключении Леобенского перемирия (18 апреля 1797 года). После смерти командующего армией генерала Гоша Лефевр вступил во временное командование Самбро-Мааской армией (сентябрь 1797 года).
После заключения Кампоформийского мира (17 октября 1797 года) и окончания войны с 1-й антифранцузской коалицией, продолжавшейся 5,5 лет, Лефевр, уже отдавший военной службе 25 лет, подал в отставку, но получил отказ. Военный министр лично начертал на поступившем к нему рапорте «гражданина генерала», что «еще не пришло время выпускать из рук оружие».
Весной 1799 года, когда началась новая война, на этот раз со 2-й антифранцузской коалицией, Лефевр возглавил авангард Дунайской армии (генерал Ж. Журдан). Во главе его он успешно сражался при Гольцкирхене, Нейвиде, Зибене и Бахауптене. Доблестно сражался в сражении при Остерахе (21 марта 1799 года), где в очередной раз был ранен.
В сражении при Штокахе (25 марта 1799 года) с 8-тысячным отрядом выдержал мощный натиск 30-тысячного австрийского корпуса. Но в этом несчастливом для французов сражении Лефевр вновь был ранен. Ранение оказалось тяжелым, и храбрый генерал был вынужден покинуть действующую армию, будучи эвакуирован в глубокий тыл.
Оправившись через несколько месяцев от раны, Лефевр прибыл в Париж, где был принят Директорией с большим почетом и назначен командиром 17-й дивизии, составлявшей парижский гарнизон (август 1799 года). На этом посту он сыграл одну из ключевых ролей в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого был свергнут режим Директории и к власти во Франции пришел генерал Наполеон Бонапарт. До этого времени пути Лефевра и Бонапарта нигде не пересекались, и старый служака не был лично знаком со знаменитым генералом, имя которого тогда было у всех на устах.
Положение Лефевра накануне переворота было таково, что кандидату в диктаторы, каковым по существу являлся Бонапарт, крайне необходимо было заручиться поддержкой командующего столичным гарнизоном или хотя бы нейтрализовать его. От позиции Лефевра зависело очень многое. Он мог без особого труда подавить любое выступление против существующей власти, и Бонапарт это прекрасно понимал. Поэтому его окружение бросило все силы на то, чтобы привлечь на свою сторону Лефевра. Наконец подход к последнему был найден, и Бонапарт приглашает командующего парижским гарнизоном на обед в свою резиденцию — особняк на улице Победы. Здесь корсиканец в полном блеске проявляет свои дипломатические способности и актерский талант. Наговорив генералу кучу любезностей и, добившись его расположения, Бонапарт сразу же переходит в лобовую атаку. «Итак, Лефевр, вы из тех, кто поддерживает Республику. А хотите ли вы, чтобы она погибла в руках всех этих “адвокатишек”? Я призываю вас присоединиться ко мне, чтобы спасти ее!»
