С этими словами он снимает с себя привезенную из Египта драгоценную великолепной работы саблю и протягивает ее Лефевру. «Держите! Эта сабля была со мной в сражении при Пирамидах, и я вручаю ее вам как свидетельство моего уважения и доверия!» При виде такого щедрого подарка не раз смотревший смерти в лицо старый вояка до того растрогался, что на его глазах выступили слезы. Приняв от Бонапарта бесценный подарок, он тут же заверил его, что «перетопит всех этих адвокатишек в Сене».
С переходом Лефевра на сторону Бонапарта успех переворота был обеспечен. Директория оказалась беззащитной перед лицом заговорщиков, и ее судьба была предрешена. На следующий день Лефевр предоставил расквартированные в столице и ее окрестностях войска в полное распоряжение Бонапарта. Резиденция Директории — дворец Тюильри — была окружена войсками, а 6 тыс. солдат, возглавляемых Лефевром, двинулись в Сен-Клу, где проходили заседания республиканского парламента (Совета пятисот и Совета старейшин).
В эти решающие дни Бонапарт целиком полагался на Лефевра, располагавшего реальной военной силой. Когда Бонапарт появился в зале заседаний Совета пятисот (нижняя палата парламента), то был встречен бурей негодования. Отовсюду неслись гневные выкрики типа «Смерть тирану!». Генерала никто не слушал, его голос потонул в невообразимом грохоте, поднятом депутатами. Группа наиболее экзальтированных «представителей народа», вооруженных кинжалами, изрыгая проклятия, бросилась к Бонапарту. Еще несколько мгновений — и кандидат в диктаторы, вне всякого сомнения, разделил бы судьбу Цезаря. Но тут на помощь Бонапарту пришел Лефевр, сопровождавший его с группой солдат охраны. С большим трудом возглавляемые им рослые гренадеры, ощетинившись штыками, вырвали растерянного и обескураженного, находящегося в полубессознательном состоянии, Бонапарта из толпы разъяренных депутатов и почти на руках вынесли его из зала.
Приняв самое активное участие в перевороте 18 брюмера, Лефевр, как и многие другие генералы французской армии, искренне верил, что спасает Республику, спасает власть от погрязших в коррупции, воровстве и разврате продажных политиканов «презренных адвокатишек», которых так ненавидела армия, возрождает идеалы, ради которых и свершалась революция.
С приходом Бонапарта к власти Лефевр сохранил свою должность командующего гарнизоном Парижа. Одновременно он исполнял и ряд других поручений Первого консула Наполеона Бонапарта, в том числе участвовал в усмирении волнений, вспыхнувших в некоторых провинциях Франции.
Заслуги Лефевра на посту командующего парижским гарнизоном были высоко оценены Наполеоном, наградившим генерала почетной саблей, а в апреле 1800 года назначившим его сенатором (членом Сената Лефевр оставался вплоть до падения Империи в 1814 году. Впоследствии Лефевр сменил маршала Келлермана на посту президента Сената).
Став в 1804 году императором, Наполеон осыпал Лефевра почестями и наградами: еще в 1803 году он наградил его вновь учрежденным (19 мая 1802 года) орденом Почетного легиона, в 1804-м — командорским крестом этого ордена и произвел в Почетные маршалы Франции (19 мая 1804 года). Звание Почетного маршала Наполеон учредил дополнительно к основному списку из 14 первых маршалов Империи. Его получили 4 генерала, имевших большие военные заслуги перед Францией в годы Революционных и последовавших за ними войн, имена которых были хорошо известны всей стране. Вторым (после Келлермана) в списке почетных маршалов стоял Лефевр. В феврале 1805 года Наполеон вручил маршалу Лефевру Большой крест ордена Почетного Легиона (высшая награда в наполеоновской Франции).
Лефевр был единственным из 4 почетных маршалов Империи, который на протяжении всех наполеоновских войн (кроме кампании 1815 года) продолжал сражаться в рядах действующей армии. В кампании 1805 года он командовал Резервным корпусом, составлявшим оперативный резерв Великой армии. Во время войны против России и Пруссии (кампании 1806 и 1807 годов) Лефевр командовал пехотой Императорской гвардии (с октября 1806 года), которая в боевых действиях практически не участвовала, хотя и присутствовала на поле боя почти во всех основных сражениях этой войны. В январе 1807 года Наполеон назначил Лефевра командиром вновь сформированного 10-го корпуса, на который в марте 1807 года была возложена осада Данцига… Активные и умелые действия Лефевра при осаде этой мощной прусской крепости, обороняемой сильным гарнизоном, увенчались успехом. 15 (27) мая 1807 года Данциг сдался на капитуляцию. В награду за эту победу Наполеон даровал Лефевру титул герцога Данцигского (28 мая 1807 года). Так Лефевр стал первым из маршалов Наполеона, получившим герцогский титул. Несомненно, в этом широком жесте императора присутствовал и тонкий политический расчет. Возвышая этого маршала на такую невиданную до сих пор высоту, он хотел наглядно продемонстрировать не только перешедшей на службу Империи старой французской знати, но и новому имперскому дворянству, а также всей своей армии, что происхождение не имеет для него никакого значения, что в расчет принимаются только личные заслуги перед Францией. Поэтому первого в Империи герцогского титула и был удостоен сын мельника, бывший малограмотный сержант королевской гвардии Лефевр, а его жена, бывшая прачка, стала герцогиней Данцигской. Взятие Данцига стало звездным часом в боевой биографии маршала Лефевра.
В сентябре 1808 года он назначается командиром 4-го корпуса в Испании. Его действия на испепеленных солнцем безжизненных нагорьях этой страны также были весьма успешными. Возглавляемые Лефевром войска отбросили испанцев к Сарагосе, нанесли им поражение в боях при Дуранто и Бальмаседе (октябрь 1808 года), затем овладели городами Бильбао, Сантандер и Сеговия; в сражении при Гуэнесе разбили армию генерала Блека, а через три дня во взаимодействии с корпусом маршала Виктора одержали новую блестящую победу, наголову разгромив объединенные силы испанских генералов Ла Романы и Блека в сражении при Эспиносе (11 ноября 1808 года). В начале 1809 года Лефевр вместе с маршалом Виктором отразил наступление противника на Мадрид. Вскоре он был отозван Наполеоном из Испании и назначен командующим союзными баварскими войсками, составившими 7-й корпус Великой армии (март 1809 года). Во главе этого корпуса Лефевр принял участие в войне 1809 года с Австрией. В ходе кампании 1809 года он снова действовал как всегда — мужественно и умело, внес весомый вклад в успех общего дела. Он доблестно сражался при Танне, Абенсберге и Экмюле (апрель 1809 года). После занятия французами Баварии (май 1809 года) Наполеон направил Лефевра в Тироль с задачей завоевать этот горный край и тем самым обеспечить правый фланг и тыл Великой армии, развернувшей наступление на Вену. Поставленную перед ним задачу герцог Данцигский решил успешно. При Коллине он разбил австрийский корпус генерала Елачича, занял Инсбрук, затем в сражении при Форгеле разгромил тирольских повстанцев и к осени 1809 года очистил Тироль от противника, установив над ним полный контроль.
