Лучше других поработал штаб Кавказского военного округа, который собрал толстое досье с анализом причин неудачи прежнего похода и составил свой обширный проект, состоявший из нескольких вариантов военных действий.
При подготовке к новой экспедиции генерал Тергукасов перестроил заново всю Атрекскую военно-этапную дорогу, ликвидировал долги прежней экспедиции, распустил дорогую и ненужную туземную милицию, сократил огромный штат экспедиционных управлений, улучшил сообщение морем с Кавказом и Европейской Россией, начал формировать специальные подразделения, «охотничьи команды», для партизанской борьбы с туркменами.
Таким образом, подготовка экспедиции шла полным ходом, и оставалось только назвать имя человека, который должен будет возглавить ее. В Петербурге на эту ответственную роль был выбран М. Д. Скобелев. Александр II, утверждая его кандидатуру, отметил, что Скобелев хорошо знаком со Средней Азией как участник Кокандских походов и обладает такими качествами, как ум и решительность в сочетании с тонкой расчетливостью или даже осторожностью.
10 января 1879 года М. Д. Скобелев был отозван в Петербург и через два дня был принят императором, с которым имел долгую беседу. Александр II подчеркнул, что «хотя и желательно сделать поход возможно дешевле, но войска должны быть полностью обеспечены всем необходимым». При этом он сказал, что от войск, в зависимости от их обеспеченности, «нельзя требовать более того, что они могут дать, штурмуя крепость голыми руками».
В основу плана экспедиции была положена директива правительства, в которой было оговорено несколько основных моментов. Во-первых, предусматривалось ее проведение до полного покорения Туркестана, но при этом указывалось: «не увлекаться наступлением дальше ахальских пределов». Во-вторых, подготовку экспедиции было решено начать немедленно. В-третьих, при планировании операции командующий мог рассчитывать на «всяческое содействие экспедиции со стороны Туркестана и Оренбургского края». В-четвертых, подготовка экспедиции возлагалась на Кавказский военный округ и непосредственно на его командующего. И, наконец, при подготовке и проведении экспедиции Скобелеву предоставлялись самые широкие полномочия.
Михаил Дмитриевич был очень доволен содержанием этого документа. Одно только его не устраивало – ограничение похода пределами земель ахал-текинцев тогда, когда оставался еще огромный кусок свободной Туркмении – район Мерв. Кроме того, встреча с императором позволила Скобелеву немедленно приступить к подготовке экспедиции.
По сведениям русской разведки, текинцы имели около 50 тысяч бойцов, в числе которых десятая часть конных. На их вооружении находились шашки, пики, а также тяжелые азиатские ружья на сошках, способные поражать с 2000 шагов. Кроме того, на вооружении отдельного отборного отряда имелось еще порядка 600 скорострельных ружей. Артиллерия противника состояла всего из одной старой персидской пушки (6-фунтового калибра) и нескольких крепостных ружей (замбуреки).
Сама крепость была азиатского типа, периметром около версты, с 4-саженным земляным валом, увенчанным стеной до 5 сажен толщиной.
При расчете численности отряда Скобелев взял «туркестанскую» пропорцию сил. Он считал русскую роту (200 человек) равной тысяче нестроевых азиатцев. Поэтому было решено довольствоваться соотношением 1:5 в пользу текинцев. Во время похода он приказал оперировать не батальонами, а ротами, которые должны были стать основной тактической единицей. Общая численность отряда составила около 12 тысяч человек при 64 орудиях. При этом, исходя из опыта неудачного штурма Геок-Тепе 28 августа 1879 года, к артиллерии он предъявлял особые требования.
На подготовку к экспедиции из казны, включая и постройку железной дороги, было выделено 22 млн. руб. Все мероприятия должны были быть завершены за 1–1,5 года.
В качестве новых средств вооруженной борьбы должны были использоваться пулеметы, ракеты и ручные гранаты. Также на снабжение войск должны были поступить опреснители воды и консервы. Для экспедиции из Туркестана и оренбургских степей было доставлено 20 тысяч верблюдов.
Для ускорения подготовки экспедиции, особенно на ее последнем этапе, Скобелев приказал отправить все лишние войска на Кавказ и оставил только необходимое их число для охраны складов и обеспечивающих боевых действий. К тому времени русские оборудовали свою базу в районе Красноводска пристанями, дорогами, укреплениями, телеграфом.
Скобелев отозвал Куропаткина из Семиречья и назначил его начальником туркестанской вспомогательной колонны. Начальником штаба экспедиции был назначен полковник Н. Н. Гродеков.
31 марта 1880 года, отслужив напутственный молебен в Казанском соборе в Петербурге, Скобелев отправился в экспедицию. По пути он заехал в Минск для того, чтобы «проститься со своим 4-м корпусом», а затем в Тифлис для доклада главнокомандующему великому князь Михаилу Николаевичу и решения ряда вопросов, связанных со снабжением экспедиции. В Тифлисе он пробыл до 25 апреля. К тому времени в Петровском порту уже сосредоточились войска и запасы, предназначенные для экспедиции.
С 1 мая Скобелев стал объявлять свои знаменитые приказы, отличающиеся зажигательным стилем, лаконичностью и меткостью выражений. В этих приказах он объявлял о хорошем и о дурном; грозил, кому следовало, и хвалил, кого надо было; преподавал правила военного обихода, старался поднять дух участников экспедиции. Приказы полны литературных достоинств, и из них бьет фонтаном, так сказать, знание солдатского и офицерского сердца и уменье управлять им.
У Скобелева был и штаб из шести отборнейших работников.
Прежде всего, Скобелев принял меры к ускорению транспортировки грузов для экспедиции из-за моря, начатой еще 1 апреля по его телеграмме из Петербурга. К его прибытию результаты этой операции были весомы, но велик был и остаток, равный 1 324 694 пудам. На каждую перевозку составлялись точнейшие планы.
Появление Скобелева за Каспием круто повернуло все дела к несомненному успеху. Еще из Питера в своих телеграммах он приказывал: «Войскам подтянуться, подучиться, ускорить прохождение курса стрельбы; ревизовать магазины; отправить все неспособное и лишнее за море, в том числе и лишние – до времени – рты и пушки». В своем приказе оставшимся он писал: «Войска Красноводского гарнизона! Стоя вблизи неприятеля, вам нужно более строгое воинское обучение и более солдатский вид!!».
Разведка донесла, что, узнав о походе русских, текинцы собрали совет, на котором решили отказаться от нападения на противника, сосредоточив основные усилия на обороне крепости. Для ее усиления «текинский правительственный и военный совет послал тысячу всадников сгонять свой народ к крепости для землекопных работ».