Эрцгерцог поддерживал идеи Конрада по военной модернизации архаичной и плохо вооруженной армии. Он даже позволял проявляться стремительным порывам Конрада, когда тот начинал говорить о необходимости уничтожить Италию, и лишь иногда пытался удерживать его. Эрцгерцог был не в восторге от постоянных призывов к началу военных действий со стороны Конрада, который говорил о войне, что она «основной принцип, лежащий в основе всех событий на этой земле». Генерал был особенно настойчивым, постоянно предлагая начать «превентивную» войну против Сербии. Сначала Франц Фердинанд просто игнорировал такие разговоры, но постоянная воинственность Конрада постепенно сделала его для Франца Фердинанда чем-то вроде надоедливой колючки.
Благодаря тому что Конрад обязан был своим положением эрцгерцогу, как и их хорошим отношениям, многие стали думать, что и сам Франц Фердинанд разделял эти воинственные взгляды, по крайней мере по отношению к Сербии. Общественное мнение представляло Франца Фердинанда наполовину сумасшедшим, как своего рода бомбу замедленного действия и жестокого шута, настроенного на войну против каждого балканского народа. Один из современников говорил, что эрцгерцог «пойдет на все, чтобы восстановить империи ее былой престиж, и готов заплатить любую цену, чтобы Австро-Венгрия играла в Европе роль первой скрипки. Он не колеблясь сыграет в этом европейском концерте соло, и эта дисгармония может все разрушить». Но истина была совсем другой, особенно что касается Сербии и бесконечных интриг на Балканах.
Разговоры о «превентивной» войне против Сербии пошли после аннексии Боснии и Герцеговины. «Пожалуйста, сдерживайте Конрада, — писал эрцгерцог майору Брошу. — Он должен прекратить всю эту агитацию за войну. Конечно, было бы великолепно и очень соблазнительно бросить всех этих сербов и черногорцев на одну сковородку. Но какая польза будет от этих дешевых лавров для нас, если в результате этой эскалации мы получим общее осложнение дел в Европе и окажемся перед необходимостью вести войну на два или три фронта, если без этого вообще можно обойтись?» Каждому, кто соглашался слушать, Франц Фердинанд неоднократно излагал свои доводы против «политики бандитизма», предлагаемой Конрадом.
Ситуация стала еще более опасной, когда вспыхнули Балканские войны. После младотурецкого восстания в Константинополе и аннексии Боснии и Герцеговины небольшие балканские страны почувствовали себя достаточно уверенно, чтобы оторваться от Османской империи. В 1912 г. ставшие независимыми Болгария и Черногория объединились с Сербией и Грецией, образовав Балканский союз, и в октябре этого же года напали на Турцию. В течение предыдущего года в результате разногласий по вопросам внешней политики Конрад был устранен с занимаемого поста; теперь эрцгерцог, опасаясь широкомасштабной войны, хотел, чтобы он вернулся и убедил императора назначить генерала на должность начальника штаба.
Это было ошибкой. Конрад воспользовался этим приглашением и моментально предложил очередной план «превентивной» войны против Сербии. Францу Фердинанду надоел этот неутихающий милитаризм, и он попросил императора исключить Конрада из его команды. Франц Иосиф поначалу согласился, но в 1913 г. Конрад снова был полностью восстановлен в своей должности и продолжил призывы к войне с Сербией. Франц Фердинанд постоянно жаловался, что это могло спровоцировать Россию на вовлечение в войну и стать в итоге общеевропейским конфликтом. «Какой смысл сражаться с Россией? — спросил он как-то. — Даже Наполеон не смог добиться успеха. И даже если нам удастся выиграть войну с Россией, вопрос цены такой победы, которая скорее всего станет величайшей трагедией для австрийской монархии».
В начале февраля 1913 г. за ужином Франц Фердинанд, многозначительно отметив нежелание императора утвердить план Конрада о войне с Сербией, поднял бокал и провозгласил тост: «За мир!» Он сказал: «Что бы мы имели от войны с Сербией? Мы бы потеряли жизни многих молодых людей, и мы бы потратили огромные деньги, которые можно было бы более эффективно использовать на другие цели. И что, ради Бога, мы выиграем? Несколько сливовых деревьев, козьи пастбища и кучку мятежных убийц!» Он признался своему дяде в опасениях, что война между Австрией и Россией может стать толчком для «революций в обеих странах, которые, после того как царь и император столкнутся друг с другом, скинут их с престолов. По этим причинам я считаю, что война будет безумием и удовлетворение постоянных просьб Конрада о мобилизации станет прелюдией к безумию».
Враждебность Франца Фердинанда к Конраду приняла более драматический оборот весной 1913 г. На этот раз со стороны генерала было не просто обычное бряцание оружием. 29 мая 1913 г. венская пресса сообщила о странном самоубийстве полковника Альфреда Редля, начальника штаба 8-го армейского корпуса в Праге и заместителя начальника австро-венгерской контрразведки и Военной секретной службы. Оказалось, что Редль уже в течение десяти лет продавал военные секреты Санкт-Петербургу после того, как российский агент соблазнил его, воспользовавшись его гомосексуальными наклонностями, а потом угрожал разоблачением. Узнав о скандале, Конрад отправил нескольких офицеров, чтобы представить Редлю доказательства его вины; когда все было объяснено достаточно ясно, они вышли из комнаты, где беседовали с Редлем, оставив на столе заряженный револьвер. Не удивительно, что Редль воспользовался оказанной ему «честью» для самоубийства.
Эрцгерцог был в ярости. В результате самоубийства Редля не были получены ответы на необходимые вопросы; он унес с собой в могилу секреты своих российских контактов, потенциально ценные для австрийского шпионажа. Само по себе это уже было достаточно плохо. Но эрцгерцог как правоверный католик был расстроен еще больше из-за того, что человека вынудили пойти на такой поступок. В ярости он вызвал Конрада в Бельведер и устроил ему разнос. Потрясенный, генерал согласился с предложением эрцгерцога и подал в отставку, но в этот раз император отказался принять ее.
Лондонский мирный договор, подписанный весной 1913 г., положил конец Первой балканской войне, оставив Османскую империю без большинства своих европейских провинций и провозгласив создание нового королевства Албания, благодаря которому блокировался доступ Сербии к Адриатике. Но достигнутый мир не был окончательным: в июне разразилась Вторая балканская война. Болгария, поддерживаемая Австрией, напала на Сербию и Грецию, надеясь захватить новые территории. Конрад снова подталкивал к открытой войне против Сербии. «Никогда не позволяйте себе оказаться под влиянием Конрада, никогда! — предупреждал Франц Фердинанд министра иностранных дел Берхтольда. — Не оказывайте ему ни йоты поддержки перед лицом императора. Естественно, он хочет использовать малейшую возможность для начала войны… Давайте не будем играть в балканских воинов. Давайте не опускаться до хулиганства… Было бы непростительным и безумным начать войну, которая повернет против нас Россию».