Сильно потрепанная в боях на советско-германском фронте дивизия нуждалась в очень значительных пополнениях — в ее состав предстояло влить почти 15 тысяч человек пополнений. К этому времени возможности найти такое количество добровольцев и сохранить элитный характер дивизии у Главного управления СС уже не было. Кроме того, соединения «Мертвая голова» были выметены подчистую — в них остались либо эсэсовцы старших возрастов, либо ограниченно годные к военной службе. Одновременно Гиммлер и Готтлоб Бергер вели активную работу по увеличению численности войск СС, созданию новых и новых дивизий. С одной стороны, это усиливало власть и влияние рейхсфюрера СС, но, с другой, сильно сказывалось на боеспособности старых дивизий. Особенно сказался на состоянии дивизии тот факт, что в поисках необходимых людских ресурсов Бергер начал вербовать в войска СС фольксдойче.
Беккер, как и его командир Теодор Эйке, резко отрицательно отнесся к мероприятиям Бергера. И тот и другой считали, что дивизии СС должны быть элитными формированиями, состоящими из убежденных национал-социалистов. Не учитывая существующую реальность, они требовали возврата к принципам добровольности и предоставления им возможностей отбора необходимых кандидатов. При том остром положении, которое сложилось в отношении пополнения всего вермахта, подобные заявления были, мягко говоря, странными. Но ни Эйке, ни Беккеру так не казалось. Будучи специалистом по подготовке личного состава, Беккер крайне низко оценил качество полученных пополнений, из которых ему предстояло воссоздать свой полк. Результатом стал официальный рапорт Беккера. Он подверг резкой критике Главное управление СС, действия которого по его мнению, вели к тому, что войска СС утрачивали статус элитных, расово чистых партийных формирований. Не остался Беккер в стороне и от развязанной Теодор Эйке кампании по обвинению руководства СС в пренебрежении интересами дивизии «Мертвая голова» во время ее боев под Демянском. Главным аргументом кампании было: командование СС в Берлине бросило на произвол судьбы дивизию «Мертвая голова» и допустило большие потери среди безупречных в расовом и политическом отношении солдат.
Информация, содержавшаяся в рапорте Беккера, в принципе соответствовала действительности (разве что она была изложена в свойственной Беккеру резкой форме). И это вызвало тем большее раздражение Генриха Гиммлера, который не хотел признавать факта, что его деятельность полностью расходится с его же собственными заявлениями и намерениями. Как обычно, Гиммлер предпочел сделать вид, что проблемы просто не существует, и вообще запретил командирам войск СС подавать рапорты, в которых обсуждались бы действия Главного управления СС, как «не касавшиеся» полевых командиров.
Так совпало, что именно в это время рейхсфюрер СС инспирировал служебное расследование в отношении штандартенфюрера СС Гельмута Беккера. Некоторые авторы прямо связывают это событие с рапортом Беккера, считая действия Гиммлера местью. В принципе, подобные поступки были свойственны рейхсфюреру и это вполне могло бы быть правдой. Обвинения Беккера были довольно серьезными, причем именно с точки зрения расовой политики СС (хотя и с точки зрения обычного военнослужащего они не красили человека). Беккеру были поставлены в виду сексуальные отклонения и некомпетентность как командира полка. Чарлз Синдор в книге «Солдаты разрушения» (Syndor, Charls. Soldiers of Destruction. New York, 1977) в том числе упоминает обвинения, предъявленные Беккеру: постоянное появление на службе в состоянии алкогольного опьянения; изнасилование советских женщин (что было серьезным проступком с точки зрения расы); содержание на командном пункте проституток; а также то, что он до смерти загнал лошадь в офицерском клубе во Франции в 1942 году, в то время как офицеры его штаба занимались сексом с проститутками прямо на столах. Позже его также обвинили в том, что в апреле 1943 года, празднуя день рождения фюрера, пьяный Беккер приказал произвести салют из всех орудий починенной ему части. Десять минут канонады привели к большому и бессмысленному расходу боеприпасов.
Расследование обвинений не подтвердило и никаких последствий для Беккера не имело. Возможно, определенное влияние на прекращение следствия оказало то, что к Беккеру, и вообще к солдатам «Мертвой головы», хорошо относился Гитлер, высоко оценивший действия дивизии под Демянском. А Гиммлер никогда не делал того, что могло вызвать нарекания фюрера. Как бы то ни было, официально обвинения были с Беккера сняты, хотя определенные сомнения остались — дыма без огня не бывает, и было бы странным, если бы обвинения были от первого до последнего слова вымыслом. Конечно же отношения между Беккером и рейхсфюрером СС это не улучшило: они и раньше были прохладными, а теперь стали совсем плохими, причем Беккер стал позволять себе довольно презрительные высказывания в отношении Генриха Гиммлера. Наверное, ни одна из дивизий СС не доставляла рейхсфюреру СС столько хлопот и треволнений, как «Мертвая голова»!
В первой половине февраля 1943 года 6-й моторизованный полк, вместе со всей дивизией, вернулся на советско-германский фронт, но теперь на южный участок — дивизия вошла в состав Танкового корпуса СС, дислоцированного в районе Харькова. Еще до прибытия дивизии на фронт командир корпуса обергруппенфюрер СС и генерал войск СС Пауль Хауссер сдал Харьков, чем вызвал большое недовольство Гитлера. Однако сдачу Харькова генерал-фельдмаршал Манштейн рассматривал лишь как временную, и предполагалось, что корпус, получивший еще и дивизию «Мертвая голова», проведет операцию по возвращению города. 22 февраля дивизия СС (вместе с дивизией «Рейх») начала наступление на Павлоград. С боями под Харьковом связано и очередное изменение названия полка, которым командовал Беккер. 26 февраля 1943 года погиб бессменный командир дивизии Теодор Эйке, а на следующий день Гитлер приказал присвоить полку его имя; с этого момента полк Беккера стал именоваться 6-м моторизованным полком СС «Теодор Эйке» (SS Panzer-Grenadier-Regiment 6 «Theodor Eicke»). В марте полк Беккера форсировал Донец и в рядах дивизии с боем взял Чугуев. В ходе ожесточенного сражения эсэсовцам удалось нанести поражение советским войскам и 14 марта взять Харьков обратно. В мае 1943 года дивизия была отведена в тыл, в Большую Даниловку, где занималась получением и обучением пополнения — бои под Харьковом имели своим следствием значительные потери. Затем она вернулась в состав своего корпуса — который теперь именовался II танковым корпусом СС — и была переброшена на южный фас Курского выступа, северо-западнее Белгорода. Во время Курской битвы танковые части дивизии, при поддержке моторизованных полков, форсировали реку Псёл и приняли участие в бою под Прохоровкой. В этот период Беккер командовал одной из двух передовых боевых групп своей дивизии.
