Через неделю я был уже в Хабаровске в штабе ОКДВА. Здесь меня встретили приветливо, особенно начальник штаба Г.И. Штерн, дали мне хорошее жилье, материально устроили так, что я ни в чем не нуждался. Я с увлечением принялся за работу и постепенно стал привыкать к одиночеству. Но 22 сентября 1938 г. меня, как и многих других сотрудников штаба, арестовали, и я оказался в Хабаровской особой тюрьме. Мне, как «врагу народа», предъявили обвинение по нескольким статьям, каждая из которых предусматривала только высшую меру наказания. И в Хабаровске, и во Владивостоке я много раз подвергался тяжелым и оскорбительным допросам, до предела терпимого унижавшим человеческое достоинство. На допросы нас возили в «черном вороне» и всегда после 12 часов ночи, чтобы оказывать психическое воздействие.
В конце 1939 г. мне предложили подписать обвинительное заключение, необходимое для предания суду, но я, наученный опытными «врагами народа», от подписи обвинительного заключения, а заодно и от всех своих «чистосердечных» признаний, которые я дал на допросах, категорически отказался. Мне угрожали, уговаривали, убеждая, что за чистосердечное признание суд сделает снисхождение и снизит меру наказания. Но я решительно отверг и угрозы, и уговоры. Не знаю, откуда у меня взялись силы на это. В тюрьме ходило выражение: «Лучше умереть стоя, чем вымаливать снисхождение на коленях», — я это мнение разделял. Меня надолго оставили в покое.
Я сидел, и не знаю, в который уже раз до мелочей вспоминал свою прожитую жизнь. Было очень трудно и до душевной боли обидно. За какую вину мне и всем моим товарищам по тюрьме судьба послала такое тяжелое испытание, что происходит и кому это нужно? Я старался только не потерять веры в справедливость, в благополучный исход, не потерять веры в себя, в свои силы, так как видел, до какого тяжелого состояния апатии, депрессии дошли некоторые мои товарищи по камере, потерявшие веру в эти жизненные категории. Но неожиданно, в начале марта 1940 г., меня под конвоем двух матросов пешим ходом (на допросы нас всегда возили в «черном вороне») доставили к прокурору по особо важным делам. Прокурор вежливо предложил мне сесть. «Вы — Елисей Андреевич Чернощек?» — спросил он, глядя на меня с приветливой улыбкой. «Да, я — Елисей Андреевич Чернощек», — ответил я, пораженный столь вежливым обращением, от которого я уже отвык. «Вот что, Елисей Андреевич, политические статьи, которые вам инкриминируют, заменены на уголовные, судить вас будут не по политическим статьям, а по уголовным, а это уже совсем иное дело. Но, возможно, вас даже судить не будут, возможно, даже, что вы встретитесь в скором времени с Николаем Герасимовичем Кузнецовым». Когда прокурор все это говорил, я приходил в какое-то странное непонятное состояние, мне казалось, что внутри все обрывается. За все время пребывания в заключении я не сдержался и заплакал. Придя в себя, я спросил прокурора: «Николай Герасимович жив? Где он находится?» «Николай Герасимович жив и здоров. Он находится в Москве и является народным комиссаром ВМФ». Тогда я стал кое-что понимать.
Дело в том, что в Хабаровске во время одного из допросов следователь задал мне вопрос: «А почему именно тебя Кузнецов направил в распоряжение Блюхера?» «Не знаю», — ответил я. «Ах, ты не знаешь! Ну, мы тебе объясним, зачем Кузнецов направил тебя к Блюхеру», со злобой пригрозил мне следователь. Из этого диалога у меня появилось убежденность, что Николай Герасимович разделил участь своих предшественников командующих ТОФ Викторова и Киреева. Эта убежденность утвердилась после того как во Владивостокской тюрьме я из «тюремного телеграфа» (перестукивание), которым я хорошо владел, узнал, что В. К. Блюхера уже нет в живых.
Прокурор с сочувствием наблюдал за мной (надо же такому случиться: прокурор оказался моим земляком и знал меня еще на родине, но я его не знал) и сказал: «Ну, что же, Елисей Андреевич, отправляйтесь в тюрьму и ждите положительного решения вашей судьбы, которое состоится дня через два-три». Я ушел с надеждой на свободу.
В камере я все рассказал товарищам. Они очень обрадовались, так как это явилось подтверждением распространяемых «тюремным телеграфом» слухов о положительных изменениях в отношениях к «врагам народа», и у нас появилась надежда на освобождение. В полдень 5 мая меня забрали из камеры и провели в кабинет начальника тюрьмы. Начальник тюрьмы задал мне вопросы: «Вы — Чернощек Елисей Андреевич?» «Да», — ответил я. «Наверное, соскучились по работе?» «Да», — ответил я. «А где хотите работать?» Я ничего не ответил, мне стало не по себе. «Ну ладно, вот, прочитайте», — и он протянул мне какой-то документ. Я взял и прочитал: «Протокол № 32 подготовительного заседания военного трибунала Тихоокеанского флота от 4 марта 1940 года. Слушали дело № 031 на бывшего начальника 2-го отдела штаба ТОФ Чернощека Е.А. с обвинительным заключением помощника военного прокурора ТОФ военного юриста 1 ранга Милокума, утвержденного прокурором ТОФ, бригадным юристом Семченко, для предания Чернощека Е.А. суду по ст. 193-17, п. «а» УК РСФСР. Определили: в действиях Чернощека Е.А. нет состава уголовного преступления, а имеются отдельные упущения по службе, что надлежит квалифицировать по ст. 193-17, п. «а» УК РСФСР. А поэтому… Дело по обвинению Чернощека Е.А. в уголовном порядке прекратить, и из-под стражи его немедленно освободить. Ввиду того, что Е.А. Чернощек с 22.09 1938 г. находился в предварительном заключении, к административной ответственности его не привлекать.
Начальник тюрьмы, внимательно наблюдавший за мной, спросил: «Ну, что, все ясно, вопросов нет?» «Все ясно, вопросов нет». «Поздравляю вас с получением свободы», — сказал начальник тюрьмы и вызвал надзирателя, приказал ему, указывая на меня: «Побрить, помыть в бане, хорошо покормить и выставить за ворота тюрьмы». Вскоре я уже был в кабинете Николая Герасимовича. Встреча была очень трогательной. Он ни о чем меня не расспрашивал, а сказал: «Елисей, хорошо, что жив остался, а Николайчик, бедняга, погиб, не успел я. Сейчас о твоем назначении говорить не будем. Поезжай в Ялту в Черноморский дом отдыха, отдохни там. Пусть тебя там хорошо проветрят, не захватил ли чего с собой из тюрьмы. Если да, то пусть подлечат. Когда вернешься в Москву, тогда будем решать вопрос о твоем назначении, а сейчас иди к моему заму по кадрам Игнатьеву, он в курсе дела».
Я уехал в Ялту. Врачи обнаружили у меня в верхней части левого легкого заболевание туберкулезом. Им удалось меня вылечить. Потом мне рассказал товарищ, с которым я был в «черном вороне», когда везли на допрос. Он раньше меня вышел из тюрьмы и раньше встретился с Николаем Герасимовичем. Николай Герасимович ему сказал: «Жаль, нет в живых Николайчика и Чернощека. Погибли». «Как нет Чернощека? Я ведь с ним недавно ехал на допрос», — ответил он. «А где он? Ведь его посадили в Хабаровске?» — спросил Николай Герасимович. «Нет, он сидит во Владивостоке в особой тюрьме». «Вот почему я не нашел его в Хабаровске. Ну, хорошо!» (Николай Герасимович, как мне говорили, состоял в комиссии ЦК КПСС, которая занималась на Дальнем Востоке проверкой дел «врагов народа».) Николай Герасимович вызвал начальника особого отдела Петрова и сказал: «Петров, во Владивостоке в тюрьме сидит Чернощек. Чтобы через месяц он стоял вот здесь, где ты стоишь!» Вот так Николай Герасимович помог мне.