Когда проект был утвержден, Макаров начал готовиться к походу. Морское министерство взяло на себя обеспечение экспедиции продовольствием и дало на ледокол второй паровой катер. Одежду, охотничьи принадлежности, ледовые шлюпки, киносъемочный аппарат и многое другое пришлось купить на средства членов экспедиции. После этого Макаров принялся за организацию научной части экспедиции. Д. И. Менделеев, весьма сочувственно относившийся как лично к Макарову, так и к его идее использования ледокола, обещал помочь экспедиции в подборе научных работников и приобретении необходимых приборов.
Собираясь в поход, Макаров, как человек предусмотрительный, готовился ко всякого рода трудностям, почти неизбежным в новом, большом и никем еще не изведанном деле. Но никто и слышать не хотел о тех трудностях, которые могут встать перед «Ермаком» и его командиром. «Им и море по колено», — недовольно замечал по этому поводу Макаров. В газетах вдруг появилось сообщение, что ввиду отправления «Ермака» прямым рейсом во Владивосток письма на Дальний Восток следует адресовать на «Ермак». Он-де быстрее их доставит по назначению. И письма стали поступать прямо на ледокол сотнями. Макаров вынужден был выступить с опровержением и разъяснить, что никакого плавания во Владивосток «Ермак» совершать не собирается.
Опасаясь новых недоразумений, Макаров решил поскорее отправиться в море. О своем выходе он сообщил всего лишь нескольким друзьям и знакомым.
Без всяких торжественных проводов «Ермак» 8 мая 1899 года вышел в далекое и трудное плавание.
В Ньюкасле техники завода Армстронга, тщательно осмотрев ледокол, сделали кое-какие исправления в корпусе корабля. Машины оказались в полной исправности. В Тромсе136 ледокол прибыл 3 июня. Его ожидал здесь известный ученый геолог Э. В. Толль137, приглашенный Макаровым для участия в плавании, и лоцман Ольсен, нанятый русской шпицбергенской градусной экспедицией для проводки «Ермака» на Шпицберген. Дело в том, что Макаров обещал оказать этой экспедиции помощь в проводке ее судов через шпицбергенский Стуре-фиорд. Однако к условленному сроку суда экспедиции не прибыли в Тромсе, а Макарову был дорог каждый день. К тому же лоцман Ольсен, хорошо знакомый со шпицбергенскими фиордами, сообщил Макарову, что для такого крупного корабля, как «Ермак», плавание в Стуре-фиорде представляет большую опасность, так как дно имеет там шхерный характер и неровные глубины. Макаров не смог поэтому оказать обещанной помощи академику Чернышеву138, возглавлявшему шпицбергенскую градусную экспедицию. «Мне было крайне тяжело отказаться от содействия шпицбергенской экспедиции, — замечает Макаров, — но я не считал себя вправе рисковать „Ермаком“. Мой отказ вызвал целую бурю несправедливых негодований, и в газетах появились заметки, которых нельзя было ожидать от ученых людей».
4 июня «Ермак» вышел из Тромсе на Шпицберген. Свежий ветер развел крупную волну, но корабль держался превосходно. Три дня шли, не встречая льда. Лишь в ночь на 8 июня на широте 78 o 00' и долготе 9 o 52' появились первые льдины.
Предстояла серьезная схватка с полярным льдом. Все на корабле, и прежде всего сам Макаров, находились в приподнятом настроении, как перед сражением.
Почти всю ночь из адмиральской каюты раздавались гулкие равномерные шаги. Макаров волновался. Да и трудно было оставаться спокойным, когда назавтра «Ермаку» предстояло держать экзамен, от результатов которого зависело все его будущее.
В 5 часов утра Васильев постучался в каюту адмирала и доложил, что впереди показались сплошные льды. Макаров быстро вышел наверх и приказал поднять пары во всех котлах. Были изморозь и туман, дул умеренный ветер с юга и разводил порядочную зыбь. Сквозь клочья расползавшегося тумана кое-где просвечивали мощные льдины, о которые разбивался прибой.
После недолгих колебаний Макаров приказал полным ходом идти вперед.
Неожиданный сильный удар заставил многих упасть. Слегка покачиваясь, ледокол вполз на льдину, с оглушительным треском проломил ее и пошел дальше, ломая ледяную кору. Льды послушно раздвигались и пропускали «Ермака». Три могучих винта подгребали куски льда и пенили воду.
Лицо адмирала преобразилось до неузнаваемости. И тени суровости не было на нем теперь. Он поглаживал свою бороду и русые большие усы, глаза его, казалось, ласково улыбались.
— Так… так, Ермаша, так, родной! — вполголоса говорил он. — Наддай еще маленько… вот так… Не выдай!
В своем дневнике Макаров потом записал: «Первое впечатление было самое благоприятное: льды раздвигались и легко пропускали своего гостя!»
Так произошла первая встреча «Ермака» с полярными льдами.
Собравшиеся на палубе моряки с восхищением наблюдали поразительную по грандиозности и красоте картину. Мощный лед ярко-синего цвета с оглушительным треском разламывался от ударов ледокола, медленно продвигавшегося вперед, на огромные глыбы. Обмер одной из них показал, что толщина льда превосходила четыре метра.
От ударов о лед корабль вздрагивал, корпус его трясся, как в лихорадке. Это начинало несколько беспокоить адмирала. К тому же передний винт действовал как бы толчками и часто останавливался.
Разница между льдом, который «Ермак» крошил в Балтийском море, и полярными льдами огромная. В Балтике от ударов ледокола лед распадался на мелкие куски и собирался настолько густо, что корабль останавливался. Здесь же, в Арктике, лед раскалывался на отдельные глыбы, среди которых можно было двигаться, но зато толчки этих глыб были настолько сильны, что вызывали невольные опасения за целость корабля.
И тем не менее «Ермак» все глубже забирался в гущу торосистых ледяных полей. На корабле кипела работа. Весь научный персонал экспедиции был занят делом. Лейтенант Ислямов с инженером Цветковым доставали с различных глубин воду и измеряли ее температуру. Астроном Кудрявцев, он же физик, определял удельный вес воды, а штурман Эльзингер, спустившись на лед, занялся распиловкой большой глыбы льда с целью выяснить ее крепость и структуру. Распилить глыбу было нелегко. На целых полчаса задержался «Ермак» на месте, пока был отпилен и поднят на палубу кусок льда весом в четыре тонны. Тут же художник Столица быстро наносил на полотно причудливые очертания торосов.
К Макарову подошел механик и несколько встревоженным голосом доложил, что обшивка корпуса сильно вибрирует и в нескольких местах показалась течь. Макаров приказал остановиться и направил капитана Васильева в трюм выяснить, в чем дело. Никаких повреждений обнаружено не было. Вероятно, течь появилась от вибрации и сотрясения корпуса при ударах о льдины. Когда «Ермак» выбрался изо льдов и вышел на свободную воду, течь прекратилась. Макаров приказал вновь войти во льды, «чтобы обстоятельнее прощупать, в чем заключаются недостатки ледокола». Вторичная проба дала те же результаты, с той лишь разницей, что течь значительно усилилась. Застопорили машину и занялись наблюдениями.