Однако он продолжает оставаться верным сторонником Выговского. Например, Богун присутствовал вместе с гетманом на важной встрече с русским воеводой Н. Зюзиным в январе 1658 года, когда была предпринята попытка преодолеть наметившийся раскол в русско-казацких отношениях.
Весной Выговский отправляет Богуна в Москву. Имеется интересное, очень откровенно написанное письмо гетмана к Федоровичу от 20 марта: «Имею надежду, что моя, как и вашей милости, невинность объявится совершенно приездом вашим счастливым и приездом до его царского величества…»96.
Первого мая 1658 года (н. ст.) Богун находился на переговорах в Москве. Посольству надлежало убедить Москву в верности ей гетмана и создать неблагоприятное мнение о восставших. Богун был противником мятежников. При этом он желал сохранения союза с Москвой, но не разделял позицию второго члена посольства Г. Лесницкого, готового поступиться автономией гетманства ради получения из Москвы помощи в борьбе с «чернью». Вопреки наказу Выговского Лесницкий просил царя прислать на Украину воевод, на что русские охотно согласились.
Однако появление воевод вызвало резкий протест. Одним из самых яростных противников установления на Украине власти московской администрации был Богун. В присутствии Выговского он кричал стольнику П. Скуратову: «Нам де воеводы ненадобны; жон да детей наших переписывать приехали? ...ты де к нам в Чигирин воеводою едешь? Не здоров де от нас выедешь!»97. В вопросе о воеводах позиции Выговского и Богуна совпадали, а это был принципиальный момент. Речь шла о недопущении ограничения гетманской власти и сохранении автономии, закрепленной Мартовскими статьями 1654 года.
Мятеж Пушкаря – Барабаша создавал огромную опасность для единства Украинского гетманства, подрывая его силы изнутри. Поэтому Богун активно боролся с восставшими. Он принял участие в сражении под Полтавой (11 июня 1658 года) и, видимо, оказал большую услугу Выговскому в разгроме Пушкаря, так как гетман именно его назначил Полтавским полковником98. Но Богун не остался в этом звании. Скорее всего, Левобережный край был ему чужд, и в августе 1658 года он выступает уже как Паволоцкий полковник, сохраняя это звание в течение ряда лет.
В августе 1658 года Богун появляется под Киевом вместе с полковниками Белоцерковским и. Кравченко, Брацлавским и. Сербиным и Подольским О. Гоголем. Они заявили, что ожидают Данилу Выговского и татар, а «под Киев де они пришли… для договору всяких дел»99. Но когда появился Данила, он сразу начал штурм города. В эти сложные и неоднозначные события был таким образом вовлечен и Богун. Сражение под Киевом, которое возглавил брат гетмана Данило Выговский, было еще не окончательным разрывом с Москвой, а выступлением лично против Киевского воеводы В.Б. Шереметева, с ним, как известно, Богун сталкивался и раньше.
Реальные военные действия между русскими и приверженцами Выговского начались лишь в феврале 1659 года, после вторжения Г.Г. Ромодановского. В этот период Богун по-прежнему был среди войск, преданных гетману. Но Гадячский договор с Речью Посполитой он не подписал и никаких активных действий не предпринимал. Осажденный в Конотопе наказной Северский гетман Г. Гуляницкий послал ему паническое письмо, упрекая Богуна, что тот не оказывал ему «жадной помочи»100. В выжидательных действиях прославленного полковника могло проявляться недовольство гражданской войной, а возможно – Гадячским договором.
Он остался с Выговским, но стал одним из лидеров «государственной группировки» старшин. Так, во время Конотопской битвы с русскими Богун вместе с другими старшинами предпринимает попытку объединить Украину. Они направляют свои послания царю, ставленнику русских Беспалому и Трубецкому. В своих посланиях старшины призывали Беспалого задуматься о судьбе своего отечества: «Уродився с нами вместе волным народом и скормився заодно в Малой Росии, отчине нашей»101. Перепуганный Выговский тогда срочно пустил в бой татар, и произошла Конотопская битва.
Но прошла неделя, и те же полковники пишут сразу два письма Трубецкому и царю, сообщая, что «далнего не желаем кровопролития». Поэтому они предлагали вести переговоры, а для начала – поменять пленных. Они открыто упрекали царя, что «чрез колко сот лет не узнали таковаго в краях своих испустошенья, какое ныне от православных ратей» происходит.
В сентябре 1659 года В.Б. Шереметев сообщал уже об оформившейся оппозиции: «А к переяславскому и к нежинскому и к черниговскому и к Киевскому полковником пристали полковники и присягали меж себя на том, что тебе великому государю служить и быть в соединенье на изменника ивашка Выговского и на поляков: умонской, паволоцкой, Багун каневской, белоцерковской… а умонской полковник и Серик из Запорог, сказывают, государь, что идут к Юрью Хмелницкому»102. Необходимость принести в жертву непопулярного Выговского приводит к тому, что группа Правобережной старшины при активном участии Богуна смещает гетмана и вручает булаву Ю. Хмельницкому. Новый гетман сразу же обещал «стараться успокоить… своеволие заднепровское», иначе говоря, продолжать борьбу Выговского с последователями Пушкаря – Барабаша.
Многие историки повторяют друг за другом, что смена гетмана произошла в результате «народного восстания под руководством Богуна». На самом же деле никакого «народного восстания», возглавленного Богуном, не было – это чистый миф, лишенный какой-либо опоры на факты. Просто имел место успешный, быстрый и тихий старшинский переворот. Богун вообще никогда не апеллировал к «черни», а все свои решения принимал в самом тесном кругу, что и приводило к острому эффекту неожиданности.
Действия Богуна по недопущению раскола Украинского гетманства были весьма своевременны, поскольку в сентябре 1659 года начался массовый переход на сторону русских недовольных Гадячским соглашением Левобережных полковников. В Переяславле местный полковник Т. Цицура устроил А.Н. Трубецкому торжественную встречу, уже подготавливая почву для получения булавы. Но тут прибыл гонец с известием о раде на Росаве, на которой Правобережные полковники скинули Выговского и избрали Юрия Хмельницкого. Это было как гром среди ясного неба, и спутало все карты Левобережных полковников. Русские власти сразу же отказались от планов вручения булавы одному из Левобережных лидеров, предпочитая иметь дело с Ю. Хмельницким.
В свою очередь, Выговский был так зол на своего бывшего соратника, что отдал приказ, «чтобы, поймав Богуна, бунтовщика посадили на кол»103. Именно на кол и именно Богуна. Такое распоряжение Выговского становится понятным, только если тот на самом деле руководил действиями оппозиционных полковников.