Николай II благоволил к Великому князю, с юных лет убедившись в том, что все его действия диктуются в первую очередь преданностью престолу и Отечеству, и кроме того, уважая в нем выдающегося представителя царствующего рода. Выслушав Константина Константиновича, Николай II тут же поручил ему самому подготовить проект высочайшего указа министру финансов о создании фонда и Постоянной комиссии для приема и рассмотрения ходатайств нуждающихся ученых, литераторов и публицистов, а равно их вдов и сирот, о производстве им денежных пособий и пенсий. Комиссия просуществовала до Октябрьской революции. Тысячи, а то и десятки тысяч нуждающихся ученых, литераторов, деятелей культуры, их вдов и сирот получали пожизненные или временные пенсии и пособия. Когда полярный исследователь Эдуард Васильевич Толль во время экспедиции на шхуне «Заря» к Новосибирским островам в 1902 году пропал без вести в районе острова Беннетта, президент сказал: «Надо возбудить ходатайство о пенсии баронессе Толль. Для достижения лучшего я обратился к Его Величеству… На барона Толля надо смотреть как на павшего во славу науки, подобно воинам, полагающим жизнь во славу оружия».
Большой общественной похвалы заслужила еще одна инициатива Великого князя на посту президента Академии наук. В декабре 1899 года, когда отмечалось 100-летие со дня рождения А. С. Пушкина, в честь этого события при отделении русского языка и словесности был учрежден Разряд изящной словесности. В его задачи входило составление Словаря русского языка и аннотированное издание произведений русских писателей. Избирались в состав Разряда изящной словесности также почетные академики из числа известных писателей, литературных критиков. Уже 8 января 1900 года состоялись первые выборы «пушкинских» академиков, которыми стали А. М. Жемчужников, A. Ф. Кони, В. Г. Короленко, А. А. Потехин, В. С. Соловьев, B. В. Стасов, Л. Н. Толстой, А. П. Чехов и Великий князь К. К. Романов.
Выступая перед академиками в Мраморном дворце, Великий князь сказал: «… Наш круг может и должен расти; но да будет этот рост постепенен и правилен, чтобы служить не в ущерб Разряду изящной словесности, а к изящному его укреплению. От души выражаю пожелания, чтобы доблестный круг ваш расширялся не по веянию партийного духа, а под веянием строгой и осмотрительной разборчивости, в силу уважения к нравственному облику избираемого и всегда согласно с чуткою художественною совестью. Недаром Пушкин от истинного художника требовал „взыскательности“ и суд его над самим собою считал высшим судом».
На первом заседании членов Разряда изящной словесности президент Академии определил направление работы нового академического учреждения: «… Ныне… к предметам занятий прибавлены: история русской культуры, история славянских литератур, история иностранных литератур по отношению к русской, история и теория искусства, теория словесности и историко-литературной критики. Вам, господа, как первым членам этого Разряда, предстоит сделаться связующим звеном между областью науки и миром литературы. ‹…› Как от всего сердца не пожелать, чтобы каждому из нынешних и будущих членов Разряда изящной словесности, в память бессмертного Пушкина призванных пещись о русском слове, всегда и неизменно слышался его завет:
… Дорогою свободной
Иди, куда влечет тебя свободный ум,
Усовершенствуя плоды любимых дум,
Не требуя наград за подвиг благородный».
Через несколько лет произошел инцидент с избранием в почетные академики Максима Горького. 5 февраля 1902 года общее собрание избрало почетными академиками писателей А. М. Пешкова (Горького) и драматурга А. В. Сухово-Кобылина. Об этом сразу же известили Горького, который находился в Крыму. Извещение о своем избрании писатель получил 3 марта. Однако уже 10 марта по настоянию Императора Николая II в «Правительственном вестнике» с ведома президента было опубликовано следующее сообщение «От Императорской Академии наук»: «Ввиду обстоятельств, которые не были известны соединенному собранию Императорской Академии наук, выборы в почетные академики Алексея Максимовича Пешкова (псевдоним „Максим Горький“), привлеченного к дознанию в порядке ст. 1035 Устава уголовного судопроизводства, – объявляются недействительными».
История эта в свое время наделала много шума. Свое несогласие с решением Академии наук в отношении М. Горького выразили многие деятели культуры. Более того, А. П. Чехов и В. Г. Короленко в знак протеста гласно сложили с себя звание почетных академиков, а почетный академик В. В. Стасов объявил, что впредь не будет посещать заседания Академии.
Как умнейший человек своего времени, Константин Константинович конечно же понимал, что неумолимый ход истории требует устранения множества пережитков, что институт царской власти – в его незыблемом виде – тормозит развитие страны. С другой стороны, он сам был его представителем, давшим при совершеннолетии верноподданническую присягу. И хотя многие его действия выходили за рамки монархических норм и традиций, вызывали гнев и осуждение консерваторов, встав перед недвусмысленным общественным выбором, он всегда принимал сторону Царя. Да и могло ли быть иначе? Вот и грозный для самодержавия 1905 год не однажды ставил президента перед подобным выбором. Как известно, большинство зданий Императорской Академии наук располагалось тогда в самом центре Санкт-Петербурга, на Стрелке Васильевского острова. Их часто использовали для базирования войск и полиции, из-за чего на длительное время закрывались музеи, возникали конфликты между учеными и военным командованием. В январе директор Музея зоологии академик В. В. Заленский обвинил командира роты Финляндского полка в том, что его солдаты, размещавшиеся в музее пять дней, «загрязнили полы, сломали угол мраморной доски умывальника и т. п.». С жалобой на солдат гвардейского Уланского полка обратился и директор Музея антропологии и этнографии академик В. В. Радлов. По его данным, солдаты, располагавшиеся рядом с Кунсткамерой, избили научного сотрудника музея В. И. Анучина. В интересах безопасности служащих директор распорядился закрыть музей.
Константин Константинович счел нужным сделать устное внушение обоим директорам. «Прискорбно, что чины Финляндского полка, наконец освобожденные от тяжелой обязанности охранять денно и нощно спокойствие столицы, – сказал он, – унесут из подведомственного Академии наук учреждения горькое чувство незаслуженной обиды».
Похожая история произошла и в ноябре 1910 года, когда Великого князя попросили содействовать освобождению зданий Академии от постоя войск и полиции. Константин Константинович ответил на это: «Я сам собственник дворца, но не считаю себя вправе пользоваться этой привилегией и предоставляю дворцовые манежи и дворы для помещения команд и нарядов, вызванных противодействовать сборищам. Тем более должны быть использованы в целях водворения и обеспечения общественного порядка дворы и свободные помещения казенных зданий».