В акте поражала не критика отдельных дефектов «Ермака», которых и в самом деле было немало (сам Макаров не отрицал этого), а в целом придирчиво-недоброжелательный тон его, явное преувеличение отрицательных и замалчивание положительных качеств корабля. Члены комиссии сознательно не хотели понять той простой истины, что это был первый опыт ледокольного плавания, опыт борьбы с полярными торосами и поэтому заранее определить безупречную конструкцию корабля, предназначенного для подобной работы, было практически невозможно. Сделать больше, чем сделал Макаров для осуществления в подобных условиях идеи полярного мореплавания, не смог бы никто. И если бы члены комиссии были объективны в своей работе, то они пришли бы к выводу, что общий замысел Макарова при проектировании и строительстве ледокола был правильным.
Макаров дал достойную отповедь необъективному акту комиссии Бирилева, разобрав этот акт по пунктам. Свой отзыв, вместе с новым проектом плавания в Арктику Макаров представил Витте. Было ясно, что адмирал решил бороться до конца и не сойдет со своих позиций. В проекте он писал: «…Все мои соображения вполне подтвердились: переход к Петербургу зимою оказался возможным, полярный лед поборим и плавание к Енисею без ледокола невозможно. Постройка же полярного ледокола не имела прецедента, опыт показал, что такое полярный лед, и будет жаль, если мы не доведем дело до конца».
Но наиболее сильным союзником Макарова оказалась сама жизнь. Огромная практическая польза «Ермака» стала вскоре очевидной для всех. Когда в начале ноября отремонтированный в Ньюкасле «Ермак» прибыл в Кронштадт, пароходовладельцы, которые собирались прекращать навигацию, изменили свои намерения и, несмотря на позднее время, продолжали доставлять грузы в Петербургский порт. Одновременно Макаров стал получать многочисленные запросы от зарубежных фирм, смогут ли они рассчитывать, что их пароходам «Ермак» окажет содействие в случае, если внезапно наступят морозы. Макаров дал положительный ответ.
Но, конечно, ледовая работа в Финском заливе не особенно интересовала Макарова. Все мысли и стремления его по-прежнему были отданы далекой Арктике, борьбе с полярными торосами. И принимая предложения пароходовладельцев, Макаров продолжал думать об улучшении конструкции «Ермака». Прежде всего он решил по окончании навигации в Петербурге и в портах Балтийского моря заново перестроить носовую часть ледокола, оказавшуюся недостаточно крепкой для плавания в Ледовитом океане.
В ноябре Макаров получил сразу несколько телеграмм от пароходовладельцев, просивших оказать в срочном порядке помощь их пароходам, застрявшим во льдах Петербургского порта. Внезапно грянувшие морозы застали их врасплох. Не все успели даже выйти из Невы. Макаров отдал распоряжение разводить пары, чтобы тотчас идти на помощь. Но в это же время он получил другое извещение, более серьезное. Главный командир порта сообщал, что крейсер первого ранга «Громобой», следуя из Кронштадта в Петербург, сел на мель в морском канале и что его необходимо немедленно выручать. С помощью «Ермака» «Громобой» благополучно сошел с мели. Вскоре «Ермак» освободил двенадцать застрявших во льду пароходов и вывел их на открытую воду.
Вернувшись в Кронштадт и став на якорь на Малом рейде, «Ермак» готов был по первому требованию выполнить новое распоряжение. И такое распоряжение вскоре последовало: надо было спасать броненосец береговой обороны «Генерал-адмирал Апраксин», который, направляясь из Гельсингфорса в Кронштадт, на полном ходу наскочил на камни у южной оконечности острова Гогланд.
Положение броненосца было серьезным. Многие даже считали, что спасти броненосец невозможно. В зимних условиях снять громадный корабль с камней очень трудно, а весною прибрежный лед своим напором потащит броненосец по камням и разломает его. Никакие якоря не помогут. По словам местных жителей, напор льда на Гогланд бывает таков, что «весь остров трещит». Не будь «Ермака», вряд ли возник бы вообще вопрос о спасении «Апраксина», «Ермак» решил все дело. Были организованы спасательные работы, начальником которых назначили контр-адмирала Амосова. Работы по спасению броненосца «Апраксин» продолжались всю зиму. «Ермаку» пришлось снабжать людей, производивших спасательные работы, всем необходимым. Никакому другому кораблю это было бы не под силу. На борту ледокола была организована ремонтно-механическая мастерская. В течение зимы «Ермак» сделал четыре рейса в Кронштадт и шесть рейсов в Ревель. Прибытие ледокола на Гогланд всегда было радостным событием для команды «Апраксина», которая переселилась на остров в деревянные бараки, построенные из материалов, привезенных все тем же «Ермаком». На ледокол приходили развлекаться, отогреваться и обедать. «Ермак» получил среди офицеров наименование «Отель Гогланд».
Возникавшие при сложных спасательных работах вопросы требовали повседневной, постоянной связи Гогланда с материком. Осуществить такую связь «Ермак», естественно, не мог. Да и вообще это было тогда совершенно невозможно. О том, чтобы проложить в зимних условиях кабель, нечего было и думать, а сообщение с материком, до которого от острова 46 километров, по льду было сопряжено с большим риском и могло осуществляться лишь несколькими смельчаками — почтальонами из жителей Гогланда; не обеспечивала необходимой связи и световая сигнализация.
Выручил снова Макаров. Он вспомнил о своем друге — преподавателе Кронштадтских минных классов А. С. Попове, демонстрировавшем свой аппарат — грозоотметчик. Летом 1899 года Полов производил опыты на Черном море, устанавливая при помощи изобретенного им аппарата связь со станциями, находившимися на трех броненосцах. Попову удалось добиться успеха: сигналы принимались на расстоянии свыше пяти километров. Но на большем расстоянии они не улавливались. Не видевшее, по своему обыкновению, в опытах Попова ничего заслуживающего особенного внимания морское ведомство отнеслось к величайшему открытию безобразно равнодушно. Денег Попову не отпустили, и он должен был прекратить опыты.
Вспомнив о Попове, Макаров предложил высшему морскому начальству пригласить Попова и попытаться с помощью его грозоотметчика установить связь между Гогландом и материком. Морскому министерству ничего не оставалось, как принять этот совет. И хотя денег на производство опытов и в этот раз было отпущено очень мало, Попов со своими помощниками с жаром принялся за дело. Ассистент минных классов Н. П. Рыбкин и капитан 2 ранга Залевский занялись оборудованием станции на Гогланде, а лейтенант А. А. Реммерти унтер-офицер А. Безденежных — на материке, вблизи финского городка Котка. Вскоре «Ермак» доставил на Гогланд с партией рабочих все необходимые приборы.