Наиболее вероятной представляется последняя причина. Первый год пребывания в университете Сергей Васильевич не получал стипендии и не был освобожден от платы за обучение. Вопрос об этом он поставил только в мае 1896 года, что совпало с мыслью поступить в Технологический институт.
Петербургский градоначальник 28 мая 1896 года сообщил ректору Петербургского университета в ответ на запрос студента следующие сведения о С. В. Лебедеве: «Проживающий Литейной части, 3-го участка, в доме № 34, кв. 16, по Литейному пр. студент университета Сергей Лебедев обратился ко мне с просьбой о выдаче ему свидетельства о бедности на предмет получения стипендии из означенного университета. Из собранных вследствие сего и представленных полицией сведений видно, что проситель 21 года от роду, поведения хорошего, состояния бедного, имуществом не располагает, содержания от казны не получает, имеет брата Владимира 24 лет — служащего в Варшавском военном округе с жалованием 40 руб. в месяц, сестру 23 лет и мать вдову врача, проживающую в городе Варшава, проситель помощи от родных не получает, существует уроками».
Этот документ не только указывает на тяжесть материального положения, в каком действительно находился С. В. Лебедев в первый год своего пребывания в университете. Он интересен и для характеристики тех порядков, какие были установлены в то время для получения стипендии в высшем учебном заведении. Полиция была непременным участником этого тягостного и унизительного процесса.
В последующие годы Сергей Васильевич уже без его просьбы освобождался от платы за лекции, и на последующих курсах ему была назначена стипендия.
Когда Сергей Васильевич учился в университете, среди химиков продолжалась еще деятельность студенческого семинария, называемого «Малым химическим обществом». По уставу Русского физико-хими-ческого общества, существовавшего при Петербургском университете и сыгравшего большую роль в развитии химии в России, в число его членов не могли быть приняты студенты высших учебных заведений. По инициативе студента В. А. Яковлева, ученика Д. П. Коновалова, для студентов был организован химический семинарий, в работе которого принимали участие также молодые преподаватели университета. В работе семинария участвовало свыше 100 человек. С. В. Лебедев вступил в члены семинария 25 сентября 1897 года, будучи студентом третьего курса, и в этом же году был избран на почетную должность казначея. В работе Малого химического общества в эти годы активное участие принимали В. А. Мокиевский, Ж. П. Иоцич, Б. Н. Меншуткин (впоследствии видный химик и историк науки), Ю. С. Залькинд, С. А. Толкачев, будущий академик Д. С. Рождественский и другие.
На заседаниях семинария заслушивались доклады его участников, причем докладчик мог посвящать свое выступление как литературному обзору того или иного вопроса химии, так и сообщению о своих собственных исследованиях.
Уже в работе этого семинария сказалась характерная для Сергея Васильевича черта — органическая нелюбовь к докладам на общие темы, не связанные с непосредственной экспериментальной работой. Он и в дальнейшем считал, что химик должен прежде всего углубленно и целеустремленно работать как экспериментатор, а работа над литературой, которой он всегда уделял очень большое внимание, должна быть естественно и неотделимо связана с экспериментом. И в то время как большинство сообщений, сделанных участниками семинария в годы пребывания в нем Сергея Васильевича, было посвящено литературным обзорам, сам он выступил с докладом лишь однажды, избрав темой своего сообщения результаты, полученные при выполнении им дипломной работы.
В годы пребывания в университете молодой химик усердно занимался спортом: любил верховую езду, греблю. Увлекался симфонической музыкой. Бывал у своих дальних родственников Остроумовых. Через Анну Петровну Остроумову (будущую свою жену), в то время студентку Академии художеств, познакомился с художниками А. Бенуа, К. Сомовым, Е. Лансере и через них приобщился к живописи, часто посещая художественные выставки.
Общий революционный подъем в России 90-х годов нашел свое выражение и в студенческом движении.
В 1897 году Сергей Васильевич, как и большинство студентов страны, остро переживал трагическую смерть бывшей народной учительницы, студентки Высших женских курсов Марии Ветровой, которая была арестована в 1896 году и заключена в Трубецкой бастион Петропавловской крепости, отличавшийся особенно суровым режимом. В знак протеста против жестокого обращения с заключенными Ветрова покончила жизнь самоубийством: она облила себя керосином и подожглась. Гибель Ветровой вызвала бурные студенческие демонстрации протеста в Петербурге, Москве и Киеве. Это было только начало…
В 1899 году отмечалось 80 лет со дня основания Петербургского университета. 4 февраля в вестибюле университета в витрине для официальных сообщений появилось объявление за подписью ректора университета профессора Сергеевича, которое предостерегало студентов от нарушения общественной тишины и спокойствия в день университетского праздника 8 февраля. Это объявление провисело всего два дня. 6 февраля после сходки студентов при одобрительных криках оно было сорвано, а витрина разбита. Сходка большинством голосов выразила протест против «присвоения» ректором университета функций полицейской власти и постановила во время торжественного акта, посвященного юбилею, при появлении ректора на кафедре демонстративно покинуть зал. Однако дальнейшие события были гораздо более серьезны.
8 февраля появившийся на кафедре ректор был освистан. Простояв на кафедре четверть часа, профессор Сергеевич был вынужден ее покинуть, и только после этого водворилась относительная тишина. После окончания акта студенты спели свои любимые песни и под конец стали мирно расходиться из университета.
Однако у Николаевского моста большая группа студентов была атакована полицией. Эта неожиданная кровавая расправа вызвала бурное возмущение студенческой массы.
На следующий же день двухтысячная студенческая сходка приняла решение о закрытии университета до тех пор, пока правительством не будут даны гарантии, что впредь так беззастенчиво и нагло не будут нарушаться элементарные права человеческой личности. В этот день в университет прибыла полиция во главе с градоначальником и все присутствовавшие на сходе студенты были переписаны.
Между тем студенческие волнения, начавшиеся в университете, быстро перекинулись на другие высшие учебные заведения столицы, а затем и других городов России. К студентам Петербургского университета присоединились Московский, Киевский и Варшавский, а затем Харьковский, Юрьевский, Одесский, Томский, Казанский университеты. В забастовочном движении студентов принимали участие почти все высшие учебные заведения Петербурга (Технологический, Горный, Лесной институты, Военно-медицинская и Духовная академии, Высшие женские курсы и другие), а также большинство провинциальных технических институтов. Это движение солидарности быстро разрасталось и охватило около 20 тысяч студентов.
