Организационный комитет забастовки студентов Петербургского университета стал выпускать ежедневный бюллетень, издаваемый на гектографе.
На шестой день забастовки, 14 февраля, 70 человек наиболее активных участников забастовки были вырваны из студенческой среды и высланы из Петербурга.
Студенчество находило большую поддержку у прогрессивной профессуры. Академики Н. Н. Бекетов и А. С. Фаминцын направились к царю и ходатайствовали об удовлетворении требований студентов. Николай II был вынужден назначить комиссию под председательством генерала Ванновского для «разбора дела и водворения порядков».
Зарубежные русские студенческие землячества также откликнулись на смелую борьбу своих товарищей. 8 марта 1899 года русское студенчество Женевского университета обратилось со следующим письмом к петербургским студентам:
«Товарищи! До нас дошли известия о вашем благородном протесте против возмутительного гнета и произвола царского правительства и о вашем смелом отстаивании прав свободного университета. Не имея возможности личным участием высказать вам наше горячее сочувствие, мы шлем вам искренний привет. Здесь, в стране политических свобод, весь ужас русского бесправия еще виднее. Перед нами, как живая, встает родная наша страна с голодающим крестьянством — страна, где правительство, как гробовая крышка, навалилось на все свободные проявления личности, страна, где лязг цепей и звон кандалов заглушают крики поруганного человеческого достоинства!
В такой стране может быть понятен только один призыв — призыв к активной борьбе. Смелей, товарищи! С вами и за вас все честное и благородное».
Студенты заявили властям, что если до 15 марта не будут возвращены в университет и другие учебные заведения их товарищи, подвергнутые административной высылке, то беспорядки возобновятся. Полиция и начальство учебных заведений, опасаясь вспышки студенческих волнений, были вынуждены попросить тех, кто был выслан, вернуться в университет, наложив на них «небольшое» административное взыскание (трехдневное пребывание в карцере). Однако это распоряжение не распространялось на провинциальные университеты. Почти одновременно, 17 марта 1899 года, представителями власти было дано распоряжение прекратить в повременных изданиях печатание материалов о студенческих волнениях.
Петербургское студенчество было возмущено той несправедливостью, которая проявлена по отношению к их товарищам из провинциальных университетов. 18 марта на сходке студентов Петербургского университета было решено возобновить забастовку и распространить ее на период экзаменов, впредь до того, пока не будут возвращены и приняты обратно все пострадавшие в этом движении, вне зависимости от места расположения университета. Власти ответили на это новыми репрессиями.
23 марта 1899 года вторая смена организационного комитета обратилась ко всем студентам с воззванием:
«Товарищи! Снова поредели наши ряды, снова понесли мы большие потери: мы лишились первого организационного комитета, арестованного почти в полном составе в ночь на 21 марта. Но суровые репрессии не могут успокоить студенчество, вставшее на борьбу с произволом и насилием. Каждая новая жертва только лишний раз подтверждает, что борющееся студенчество еще далеко от победы, что ему много дела впереди, что полицейскому произволу нет границ, а пока существует такой произвол, пока товарищей без суда и следствия исключают и высылают, студенчество не может сложить оружие.
Если мы снова поднялись, оскорбленные насилием над провинциальными товарищами, то теперь, когда наши лучшие, наиболее энергичные и самоотверженные товарищи, вся вина которых в том, что они, уверенные в нашей поддержке, смелее нас рисковали собой, вынося наше движение на своих плечах, когда эти товарищи арестованы, неужели у кого-нибудь из нас может явиться мысль о позорном отступлении? Неужели найдется студент, готовый прекратить участие в движении и ценою гибели лучших товарищей купить собственное мелкое благополучие?
Вторая смена организационного комитета верит, что теперь, в критический момент борьбы, — в момент, когда все мелкие эгоистические чувства должны сами собой уступить место чувству долга и товарищеской солидарности, — студенчество сплотится еще более, еще дружнее и единодушнее будет добиваться намеченной цели, видя залог успешного достижения ее в возвращении всех без исключения товарищей.
Последние слова, переданные нам арестованными товарищами, касались движения: «Мы верим, — успели сказать они, — что наши товарищи будут продолжать дело движения с прежней энергией». Мы должны помнить эти слова и оправдать надежды, возлагаемые на нас».
Несмотря на принятые решения распространить забастовку студенчества и на экзамены, часть студентов решила все же их сдавать. Наиболее стойкие студенты — а их было большинство — решили 31 марта убеждать слабовольных товарищей не сдавать экзамены и не допускать их в университет. У здания университета собралось около 500 студентов и примерно столько же полицейских. Прибывший полицмейстер предложил студентам разойтись. Собравшиеся студенты отказались это выполнить, после чего полиция их всех задержала и отвела в помещение университетского манежа, где поместили их в холодном и сыром сарае, продержав без пищи и питья с 10 часов утра до 3 часов ночи. Потом всех задержанных развезли по различным полицейским участкам и тюрьмам столицы. У полиции не хватило помещений для такого количества арестованных студентов. Около 150 человек были помещены в казармах городовых Александро-Невской части, причем всех задержанных втолкнули в одну низенькую комнату, где они, тесно сбитые, разместились друг подле друга на грязном полу и столь же грязных тюфяках, без подушек и одеял. На следующее утро несколько человек заболели от недостатка воздуха и пищи, а некоторые из арестованных лишились чувств, и блюстители порядка вынуждены их были отправить в участковую больницу. Арестованные не падали духом. Они находили пути для сообщений на волю, выражая уверенность, что все товарищи, находящиеся на свободе, не сложат оружия и будут продолжать борьбу, «пока под поднятыми нами знаменами будет стоять хоть один человек».
Арестованных студентов в полицейских участках и тюрьмах продержали три дня, а затем предложили немедленно покинуть столицу. Этому распоряжению последовали не все арестованные, и тогда их перевели в пересыльную тюрьму для отправки этапным порядком в различные места для принудительного поселения. С. В. Лебедев, следуя своим демократическим убеждениям, оказался среди активных участников студенческого движения 1899 года. Он был исключен из университета, и хотя студенчеству удалось добиться возвращения в университеты большинства участников студенческих волнений, С. В. Лебедеву в обратном приеме было решительно отказано.
