Лойка дернул за ручной тормоз, и автомобиль остановился. Прошло несколько секунд, прежде чем он смог дать задний ход; Принцип, стоявший всего в полутора метрах от машины, взирал на эту сцену с немым удивлением. «Я узнал наследника, — рассказывал он, — но, увидев рядом с ним сидящую даму, заколебался, стоит стрелять или нет».
Когда двигатель автомобиля снова завелся, Принцип вытащил свой револьвер Browning 1910, 32-го калибра, производства Бельгии. Позднее он давал противоречивые показания о дальнейшем развитии событий. Сначала он утверждал, что целился в эрцгерцога, а потом говорил, что «я не помню, куда я целился». Он не мог вспомнить, сколько раз выстрелил: прежде он убеждал, что выстрелил два раза, а потом, что «я так нервничал, что выстрелил, наверное, большее число раз». Местный репортер, как и барон Морсей, слышали три выстрела. Барон считал, что одна из пуль прошла прямо поверх шлема Франца Фердинанда, так как некоторые из венчавших его зеленых перьев отлетели и были позднее обнаружены на полу салона машины. Нет никаких доказательств той версии, что свой второй выстрел Принцип направил в Потиорека, но стоявшие рядом люди (или полицейский) ударили его по руке, и пуля досталась Софии. Как нет доказательств и еще одной версии, утверждавшей, что София, услышав первый выстрел, отклонилась и невольно оказалась между Потиореком и Принципом.
Люди немедленно набросились на Принципа. Барон Морсей кинулся вперед, выхватывая кавалерийскую саблю. Толпа избивала Принципа; Морсей, видя, что тот все еще сжимал в руке револьвер, пустил в ход свою саблю и наносил ею удары до тех пор, пока револьвер не покатился по мостовой. Принципу все же удалось вытащить ампулу с цианидом и выпить его прежде, чем ее тоже выбили из его руки. Как и в случае с Чабриновичем, яд снова не подействовал, по всей видимости, потеряв свою силу.
«Все же это опять случилось!» — почти прошептал эрцгерцог, как показалось Потиореку. Харрах увидел маленькую струйку крови, текущую изо рта эрцгерцога. Еще в течение нескольких секунд Франц Фердинанд и София продолжали сидеть прямо. Потом София повернулась к своему мужу; увидев кровь и изумление, застывшее на его лице, она воскликнула: «Ради Бога, что с вами случилось?» Потом лицо ее дрогнуло, глаза закрылись, и она упала на колени своего мужа. Потиорек и Харрах подумали, что она упала в обморок. Они оба ясно слышали последние слова эрцгерцога, обращенные к ней: «Софи! Софи! Не умирай! Останься жить ради наших детей!» Затем он упал вперед, а пернатый шлем скатился с его головы на пол. Когда Харрах наклонился к нему, толчок крови вырвался изо рта эрцгерцога, кровь попала графу на щеку. Видя, что Франц Фердинанд ранен, Потиорек приказал Лойке ехать в Конак. Еще после нескольких мучительно долгих секунд автомобиль продолжил движение.
Лойка не знал, где находился Конак, и Потиорек показывал ему направление. Когда автомобиль мчался по Латинскому мосту, София упала рядом с рукой генерал-губернатора. Потиорек увидел кровь, текущую из открытого рта эрцгерцога. Автомобиль периодически подбрасывало на неровностях дороги. Харрах с трудом удерживал эрцгерцога в вертикальном положении, прижимая платок к его шее, по поверхностности которого алым пятном растекалась кровь из невидимой раны. «Ваше Императорское Высочество, очень больно?» — спросил он эрцгерцога. «Ничего», — тихо ответил Франц Фердинанд. Пока автомобиль мчался в сторону Конака, эрцгерцог впал в полузабытье, шесть или семь раз прошептал слово «ничего» и замолчал. Каждая деталь этой поездки врезалась в память Харраха. «Я стоял с другой стороны, — говорил он впоследствии неоднократно. — Если бы я стоял на подножке автомобиля с правой стороны, а не с левой, я бы принял пули на себя и спас их жизни».
Как тогда казалось, Франц Фердинанд и София были без сознания, когда автомобиль остановился в тени небрежно окрашенного оранжево-коричневого Конака. На ступеньках их ждал молодой офицер Людвиг Хессхаймер с портфелем, в котором были его работы по ландшафтному пейзажу, их он надеялся представить эрцгерцогу. Теперь он присоединился к другим людям, достающим эрцгерцога из машины, и поднимал его вместе с ними по каменным ступеням, мимо каменных львов, охраняющих лестницу; позднее он обнаружил, что папка с его эскизами, которую он в спешке засунул под мышку, окрасилась кровью эрцгерцога. Румерскирх и Бардольф несли на руках Софию через холл и вверх по главной лестнице, в комнаты резиденции Потиорека.
Бардольф, полковой хирург Эдуард Байер, временно замещавший Айзенменгера, д-р Фердинанд Фишер и другие склонились над Францем Фердинандом, лежащим на толстых подушках в кабинете Потиорека. Дыхание эрцгерцога было еле заметным, он уже не отвечал на вопросы, а кровь булькала у него во рту. Собравшимся никак не удавалось расстегнуть застежку его воротника, и в конце концов барон Морсей разрезал камзол и вырезал воротник. Когда они расстегнули рубашку, то увидели маленькую золотую цепочку, на которой висели семь амулетов, которые должны были принести эрцгерцогу удачу. Теперь им открылась рана — пулевое отверстие на правой стороне шеи, над ключицей Франца Фердинанда. Морсей склонился над Францем Фердинандом, взял его за руку и шепотом спросил, не хочет ли он что-нибудь передать для своих детей. Но ответа не последовало. «Его Высочество отошел в мир иной», — объявил Байер. Румерскирх закрыл ему глаза, и Морсей достал из своего кармана небольшое распятие и прислонил к губам эрцгерцога, а потом вложил его вместе с четками в его руки.
Софию положили на железную кровать в соседней комнате. Все думали, что она в обмороке, но когда д-р Карл Вольфганг, старший врач гарнизонного госпиталя, попросил графиню Ланьюс фон Велленбург раздеть свою хозяйку, они увидели кровь на ее талии, выступившую от пулевого ранения в нижней правой части живота. Врач не нашел пульс: София умерла еще во время поездки в машине. Графиня со слезами на глазах вложила ей в руки букет роз, который подарили Софии в городском муниципалитете. «Это были такие неожиданные потери, — вспоминала графиня. — Было так ужасно еще и потому, что я лишилась своей любимой хозяйки, которая была радостью в моей жизни… Я никак не могла поверить в реальность произошедшего, мне казалось, что это просто плохой сон. Я горько плакала, и эта горечь шла из самой глубины моей души».
Часы в кабинете пробили одиннадцать. Через несколько минут прибыли два священника: брат Михацеви (Mihacevii) в одеянии францисканского монаха и иезуит отец Антон Пунтигам. Они совершили последний обряд над погибшими. Тело Франца Фердинанда перенесли в спальню и положили вместе с Софией на большой железной кровати. Вскоре в Кодак прибыл архиепископ Сараево Йозеф Стадлер, чтобы вознести молитвы за умерших.