7 августа Тюленев приказал флотилии нанести удар кораблями и самолетами по Вознесенску, где противник переправлял по мостам массу войск. После разведки в ночь на 9 августа монитор «Ударный» и 4 бронекатера огнем нанесли большой ущерб войскам противника в Вознесенске. Днем по городу нанесли три удара самолеты. Однако противник продолжал наступление, угрожая Николаеву, 9-й и 18-й армиям. Потому командующий Южным фронтом поставил задачу флотилии поддержать армии до их отхода на левый берег. Переправа проходила 10–14 августа.
Абрамов перевел командный пункт в Николаев, оставив начальника штаба В.В. Григорьева для непосредственного управления войсками в Кирьяновке. 10–11 августа корабли флотилии прикрывали переправу 18-й армии в междуречье Южного Буга и Ингула. 18-я армия защитила Николаев с севера, прикрывая отход 9-й армии. Бои на переправах этой армии продолжались с 11 по 13 августа, когда понтонный мост был разведен. Корабли флотилии сдерживали огнем противника, а затем отошли в Николаев. В ночь на 14 августа город после эвакуации был оставлен.
Дунайская флотилия по приказу заместителя наркома ВМФ вице-адмирала Г.И. Левченко с потерями прорвалась 15 августа в Херсон. Так как войск армии в городе не было, по указанию Левченко Абрамов принял на себя командование гарнизоном Херсона. Гарнизон был составлен из сухопутных частей Дунайской флотилии и Николаевской военно-морской базы [517] . Именно здесь Абрамов и его флотилия особенно отличились. В книге «Черноморский флот» об этом написано: «Мониторы и бронекатера Дунайской флотилии с боями прорвались из Николаева в Херсон. 15 августа к Херсону подошли передовые части 11-й немецкой армии, а войск Южного фронта в городе еще не было. В этих условиях командующий флотилией Н.О. Абрамов принял на себя командование гарнизоном города, сформировал для его обороны отряды морской пехоты и народного ополчения, расставил мониторы и бронекатера на позиции для артиллерийской поддержки войск. С 16 по 18 августа шли тяжелые бои за Херсон». Лишь по приказу войска и флотилия оставили город [518] .
Отход войск и флотилии 18 августа проходил под обстрелом противника. Отход прикрывали 5 бронекатеров, один из которых погиб. Выбросился на берег загоревшийся штабной корабль «Буг», сгорели 2 минные баржи, получила повреждение минная база «Колхозник».
После оставления Херсона Тюленев поручил флотилии оборону участка Днепра от Цюрупинска до Збруевки (30 километров). Правее оборонялась 9-я армия, левее – созданный флотом Тендровский боевой участок. Флотилия располагала 2 мониторами, 2 канонерскими лодками, 10 бронекатерами, несколькими ротами и отдельным артдивизионом; 1 монитор и 5 бронекатеров находились в Никополе. Катера для наблюдения замаскировали в плавнях левого берега, а монитор «Ударный» и канлодки «Буг» и «Днестр» прикрывали их и огнем поддерживали сухопутные войска. До конца августа противник не пытался форсировать Днепр, накапливая силы на Никопольском и Каховском направлениях. 31 августа немцы переправились у Каховки, разобщив 9-ю и 18-ю армии. Отряд кораблей у Никополя был отрезан от главных сил флотилии [519] .
В начале сентября 1941 года на Абрамова возложили ответственность за оборону левого берега Днепра на участке Кринки – Днепропетровский лиман. Он организовал сводный полк, в который вошли береговые подразделения флотилии [520] .
Командующий 9-й армией пытался разгромить противника на Каховском плацдарме. Так как 10 сентября немцы навели переправу ниже Каховки, командарм, которому подчинили флотилию, приказал прервать переправу любой ценой. Днем моряки бронекатеров прорвались и с ходу обстреляли переправу, но потеряли 2 катера. A 11 сентября противник прорвал фронт 9-й армии на Каховском плацдарме. Дунайская флотилия и Тендровский боевой участок были отрезаны. 12 сентября катера, которые вели наблюдение из плавней, отвели к устью; корабли флотилии собрались у острова Соколиный. Части Тендровского участка, в состав которых вошел сводный полк из частей и моряков с погибших кораблей флотилии, заняли оборону. До 18 сентября войска переправились на остров Тендра под прикрытием кораблей (2 монитора, 2 канлодки, 8 бронекатеров). Они продолжали удерживать Тендру до ноября. Канлодки 18 сентября вывели из состава флотилии и направили в Одессу. Монитор «Ударный» погиб 19 сентября от попаданий авиабомб, когда обстреливал вражеские войска на берегу. Монитор «Мартынов» и 5 бронекатеров, которые находились в распоряжении 18-й армии, после отхода армии 18 сентября за Днепр были взорваны своими командами. Оставшиеся корабли флотилии 24 сентября перешли в Севастополь [521] .
Последние действия флотилии проходили без Абрамова. 16 сентября за нарушение воинской дисциплины флагмана отстранили от командования Дунайской военной флотилией [522] . Можно полагать, что он высказался против какого-либо из не очень разумных решений командования. Командование флотилией 22 сентября принял A.C. Фролов. Абрамов отбыл в Севастополь на том же катере, которым 19 сентября прибыл Фролов [523] .
С сентября 1941 по март 1942 года Н.О. Абрамов командовал Учебным отрядом Черноморского флота [524] . Казалось бы, командование учебным отрядом – спокойная служба. Но только не на Черном море в 1941–1942 годах. Кораблей и людей не хватало, их использовали в самых неожиданных местах. Когда возникла опасность для Севастополя с суши, значительная часть моряков сошла на берег, чтобы защищать главную базу флота. В качестве командира учебного отряда в начале ноября 1941 года Абрамов являлся комендантом II сектора в обороне Севастополя [525] .
Когда подошли войска Приморской армии, часть моряков вернули на корабли. В декабре 1941 года Абрамов командовал отрядом судов для высадки на Керченском полуострове. В донесении 29 декабря Н.Г. Кузнецову вице-адмирал Октябрьский сообщал:
«…Канлодки «Кр. Аджаристан», «Кр. Грузия», «Кр. Абхазия», м/б № 15 с болиндером, транспорт «Кубань» под командованием контр-адмирала Абрамова проболтались двое суток в море, по причине шторма, десант районе горы Опук не высадили, возвратились в Новороссийск.
4. В 7 час. 30 мин. Абрамов своим отрядом вышел на высадку десанта утром 29/XII-41 г. в Камыш-Бурун, в последующем канлодки передаются Фролову» [526] .
Итак, высадке помешал шторм. Однако командиру отряда высадки контр-адмиралу Абрамову и командиру Керченской ВМБ Фролову (в копии Елисееву) Октябрьский писал 29 декабря резко: «Ваши действия меня не удовлетворяют. Вы топчетесь, действуете медленно. Быстро переправить части армии, энергично используйте все средства перевозки, нельзя так работать. Сейчас промедление смерти подобно. Октябрьский » [527] .
29 декабря десант был успешно высажен.