3 июля 1941 года командующий Морской обороной Ленинграда и Озерного района отдал директиву о создании на базе дивизиона учебных кораблей Высшего военно-морского инженерного училища имени Ф.Э. Дзержинского Чудской военной флотилии. Командующим назначили капитана 1-го ранга Н.Ю. Авраамова. В состав флотилии вошли канонерские лодки – бывшие учебные корабли «Нарова», «Эмбах», «Исса». Главной базой флотилии являлся Гдов. Значительную часть из 427 человек моряков флотилии составили курсанты. Директива предписывала перевести все плавсредства из западной части озера в восточную. Флотилии следовало поддерживать огнем войска, содействовать переправе своих войск и препятствовать переправе противника [537] .
Флотилию составили небольшие вооруженные пароходы, буксиры и суда. К боевым действиям была подготовлена только канонерская лодка «Эмбах», перестроенная из парохода. Первой задачей командующего стало превращение мирных судов в боевые корабли. Времени у него оказалось немного, так как гитлеровские войска вышли к берегу Чудского озера в середине июля. Флотилия получила задачу содействовать сухопутным войскам в обороне Гдовского участка Ленинградского фронта. Она вела боевые действия в июле-августе 1941 года. Совместно с саперным батальоном моряки Чудской флотилии заминировали мосты и заградили течение реки Эмбах баржами с камнем.
Первоначально моряки вылавливали эстонских сторонников фашистов. 11 июля прибыли автомашины с вооружением, и моряки начали устанавливать орудия на корабли. 13 июля флотилия насчитывала, кроме управления, дивизион канлодок, посыльное судно «Уку», 7 озерных и речных пароходов, 13 катеров и несколько барж. Уже 14 июля командующий с канонерками, 2 пароходами, буксирами и баржами выступил в район Спицыно, южнее Гдова, где корабли начали принимать войска 118-й стрелковой дивизии для перевозки на северный берег. После того как противник занял Псков, моряки поставили мины между северной и южной частями Псковского озера. Они поддерживали войска, оборонявшие Гдов. Когда 17 июля фашисты начали наступать на Гдов, Авраамов высадил на берег отряд из 79 человек. Моряки задержали наступление противника, что позволило завершить эвакуацию города, аэродрома и отрезанных частей 118-й дивизии [538] .
После потери Гдова флотилия продолжала боевые действия из Муствэ на западном берегу Чудского озера. 18 июля флотилию подчинили командиру 11-го стрелкового корпуса 8-й армии. 20 июля 3 канлодки обстреляли шоссе у деревни Спицыно и нанесли значительные потери противнику; 21 июля корабли провели разведку у острова Перисар. Но 22 июля неприятельская авиация нанесла сильный удар по базе Муствэ. Личный состав понес значительные потери, корабли получили повреждения. Командующий решил замаскировать корабли в устьях речек и ждать пополнения. Однако противник продолжал двигаться к Муствэ. Пришлось 23–24 июля затопить канлодку «Нарова», посыльное судно «Уку», вспомогательные суда и плавсредства. С остальными кораблями по указанию командира 11-го стрелкового корпуса Авраамов оставил базу. Моряки вели разведку, спасали бойцов, которые на лодках выходили из окружения. 29 июля флотилию передали в подчинение 8-й армии. 31 июля моряки с пехотинцами неожиданно атаковали Муствэ. Но противник наступал, и 1 августа флотилию для пополнения и отдыха отвели к Нарве. Здесь часть вооружения была снята для использования на суше. 5 августа флотилия, подчиненная Нарвской оперативной группе, получила приказ препятствовать движению противника по северному берегу Чудского озера. 12–13 августа с канлодки «Эмбах» и 4 катеров высадили группу разведчиков южнее Гдова, а на обратном пути отряд потопил катер противника. Но противник занял все берега Чудского озера. 13 августа пришлось затопить суда флотилии, сняв с них вооружение. Моряки сошли на берег. 15–18 августа отряд моряков флотилии вел бои северо-восточнее города Кингисеппа. 20 августа Авраамов во главе 189 человек прибыл в Лениград, а 27 августа Чудская военная флотилия приказом командующего Морской обороной Ленинграда и Озерного района была расформирована. За время деятельности флотилия помогла организовать десятки партизанских отрядов и забросить их на территорию врага, вывести значительное имущество из Гдова и Тарту [539] . Авраамова наградили орденом Красного Знамени [540] .
Затем капитан 1-го ранга состоял заместителем командующего Ладожской военной флотилией (сентябрь 1941 – январь 1942 года) и первым командиром Осиновецкой военно-морской базы (январь – май 1942 года) [541] .
Еще 2 сентября командующий Ладожской военной флотилией Б.В. Хорошхин получил постановление Военного совета Ленинградского фронта организовать движение караванов судов по озеру и связанным с ним рекам. Для непосредственного руководства военно-морским обеспечением транспортных трасс ввели должность заместителя командующего флотилией. На эту должность и назначили капитана 1-го ранга Авраамова. Но уже в день подписания постановления намеченный путь был прерван: гитлеровцы вышли к Неве в районе Ивановского. Встал вопрос о строительстве новых пристаней. Уполномоченным Военного совета фронта по строительству Осиновецкой гавани и организации разгрузочных работ 8 сентября стал Авраамов. В его распоряжение передали Балттехфлот Наркомстроя СССР с землечерпательным флотом и обслуживающим персоналом, ЭПРОН для водолазных работ, строителей и баржи в качестве причалов. Был установлен срок принятия судов для разгрузки: 11 сентября – первое судно, 18 сентября – 5 судов, 25 сентября – 25 судов. К концу сентября в Осиновце были построены 2 причала с глубиной подхода 2,5 метра [542] .
С конца сентября организация перевозок была изменена. Начальником порта Осиновец назначили капитана госбезопасности М.Г. Евграфова с подчинением начальнику тыла Ленинградского фронта; Авраамов стал первым заместителем начальника. В ведении начальника порта оказались и другие пристани. Он являлся ответственным за поддержание в порядке гаваней, аварийно-спасательную, санитарную и конвойную службу, охрану и ПВО. Соответственно, та же ответственность лежала и на Авраамове. Уже 12 сентября необорудованный Осиновецкий порт принял первые баржи с продовольствием [543] .
По воспоминаниям командующего флотилией B.C. Черокова, который прибыл на Ладожское озеро в октябре, Авраамов рассказывал ему, как отправлял корабли с десантом в район Шлиссельбурга, и жаловался на трудности с постройкой причала. Очевидно, как заместителю командующего, Авраамову приходилось заниматься не только портовыми, но и боевыми делами [544] . Через некоторое время Чероков побывал в Осиновце и видел новый пирс. Но Авраамов к тому времени еще больше вымотался и похудел [545] .
