Зверское убийство епископа Уокера и его сторонников произошло 14 мая 1080 года. Король Вильгельм в это время находился в Нормандии. Возможность вернуться в Англию у него появилась только в конце июля. Руководить карательной экспедицией на север было поручено епископу Байе Одо, а к осени из Нормандии к шотландским границам был направлен значительный воинский контингент, который возглавил помирившийся к тому времени с отцом Роберт. Нормандцы дошли до самого Фалкирка, опустошив по пути Лотиан, и принудили Малкольма подписать новое мирное соглашение, которое подтверждало практически все пункты договора, заключенного Вильгельмом и Малкольмом в Абернети. После этого Роберт двинулся на юг, и именно в ходе этого похода была основана крепость, которая сейчас называется Ньюкаслна-Тине. Кампания оказалась довольно успешной, однако проблема северных границ так и осталась до конца не решенной. Строительство новой крепости в Ньюкасле фактически означало, что районы севернее Тина по-прежнему являлись спорной территорией, а власть над всеми землями, расположенными к западу от него до самого Стэйнмура на юге, сохранялась у короля Шотландии. Будущее Лотиана и Кумбрии было решено, но их границы так и не были четко демаркированы. Как следствие, положение на северных границах оставалось для Вильгельма Завоевателя постоянным источником беспокойства до самой его смерти.
К счастью для него, положение на северных рубежах Англии в какой-то степени компенсировалось отсутствием угрозы со стороны Уэльса. Во времена Эдуарда Исповедника фактическим правителем этого королевства стал принц Северного Уэльса Гриффит, который периодически оказывал поддержку мятежным английским графам. Однако в августе 1063 года он погиб в одном из столкновений с Гарольдом Годвинсоном, и на протяжении последующих двадцати лет человека, способного заменить его, не нашлось. «Уэльс в этот период, – как отмечают источники, – был не в состоянии доставлять беспокойство соседям». Вильгельм Завоеватель мог думать не столько об обороне этой границы, сколько о возможности расширить нормандскую экспансию в сторону Уэльса. Когда в пограничных районах были созданы графства Честер, Шрусбери и Херефорд, по сути дела являвшиеся нормандскими колониями в Англии, нормандцы стали регулярно проникать и на соседнюю территорию. Граф Херефорда Вильгельм фиц Осберн до своей гибели успел организовать такие поселения в Чепстоу и Монмоуте. Граф Честера Гуго Авраншский расширил свои владения до реки Клюид и всячески поддерживал агрессивные устремления своего кузена Роберта Раддлана. А Роже II Монтгомери, граф Шрусбери, уже к 1086 году завладел большей частью той территории, которая позже стала носить его имя. Но процесс присоединения уэльских территорий при Вильгельме Завоевателе только начался, а оборона этой части границ королевства для него лично особых проблем не составляла.
Другое дело Шотландия. Угроза с севера ощущалась на протяжении всего периода его правления, при этом рейды Малкольма подталкивали к действию врагов Вильгельма на континенте и наоборот. Так было и на этот раз. В 1079 году король, вернувшись в Англию, был полностью поглощен вопросами, связанными с экспедицией его сына в Шотландию, и его отсутствием не преминул воспользоваться граф Анжу Фальк. В самом начале следующего года он начал наступление на территорию Нормандии со стороны Мена. Нападение поддержал граф Бретани Хель. Их войска осадили и вскоре взяли крепость Лафлеше. Вильгельм вновь был вынужден спешно покинуть Англию, и уже через несколько недель после падения Лафлеше он во главе крупного отряда нормандских и английских воинов вошел в Мен. Кровопролитная битва не состоялась только благодаря усилиям местных священнослужителей, которые уговорили глав противоборствующих сторон покончить дело миром. В местечке, которое одни хронисты называют Бланкаланда, а другие Бруерия, король и граф подписали новый договор, практически продублировавший пакт 1077 года. Но и после этого обстановка в Мене оставалась напряженной. В 1081 году там, например, долго не хотели соглашаться с назначением на пост главы епархии Манса пронормандски настроенного епископа Хеля. Законным преемником епископа Арнольда он был признан только после личного вмешательства папы. Несколько лет спустя восстание против нормандской администрации поднял виконт Бьюмонта Губерт. Укрепившись в своем замке Сен-Сюзан, он согласился сдаться лишь после длительной осады и принятия осаждавшими выдвинутых им условий.
Тогда же в семье Вильгельма Завоевателя назрел новый конфликт. Ссора вспыхнула между королем и его единоутробным братом Одо, епископом Байе и графом Кента. Как известно, Одо всегда активно поддерживал Вильгельма. Он был на его стороне во время событий 1080 года, а после отъезда короля в Нормандию оставался одним из его главных доверенных лиц в Англии. Однако в 1082 году король приказал его арестовать. Обстоятельства, ставшие причиной столь серьезного и неожиданного решения, до конца не выяснены. Если суммировать сведения, которые на этот счет имеются только в хрониках более позднего периода, то получается, что Одо захотел стать папой римским. Чувствуя поддержку некоторых вассалов Вильгельма, он решил отправиться вместе с ними в Италию и вступить в борьбу за престол святого Петра. Такого опасного своеволия не потерпел бы ни один средневековый монарх, тем более такой, как Вильгельм Завоеватель. Он немедленно пересек Ла-Манш и, не обращая внимания на просьбы многих своих сподвижников, отдал приказ взять графа Кентского под стражу и отправить в Нормандию. Похоже, что Одо оставался в тюрьме до самой смерти Вильгельма в 1087 году. Однако имения его не были конфискованы. По крайней мере, в «Книге Судного Дня» он фигурирует как крупнейший после короля землевладелец Англии.
Разрыв короля с единоутробным братом и арест последнего вызвали разногласия в правящем семействе Нормандии, которые к 1083 году приобрели угрожающий масштаб. Роберт, положение которого в Нормандии в результате его первого заговора упрочилось, решился на новый мятеж и 18 июля покинул пределы герцогства. О том, что он делал в последующие четыре года, известно очень мало. Очевидно лишь то, что выиграл от этого опять-таки король Франции. Именно он поддерживал Роберта, надеясь вновь объединить вокруг него всех континентальных противников владыки Англии и Нормандии. Как бы там ни было, к 1084 году положение Вильгельма Завоевателя очень осложнилось. Его королевство было окружено врагами, а два ближайших и самых влиятельных родственника оказались в оппозиции. Его личная трагедия усугубилась смертью жены, с которой он, по свидетельству современников, был очень близок. Королева Матильда скончалась 2 ноября 1083 года. Она была похоронена в Кане, в основанном ею женском монастыре, который, таким образом, стал одной из самых прекрасных эпитафий XI века.