Процессия вышла из Бельведера и достигла Хофбурга, когда куранты пробили одиннадцать. Процессия миновала ренессансные Schweizertor (Швейцарские ворота. — Прим. пер.), и кортеж остановился. Унтер-офицеры достали гробы из машины и подняли их по Посольской лестнице; там они были освящены и окурены ладаном, а придворный хор исполнил Палестинскую Miserere (молитва на текст 50-го псалма. — Прим. пер.). Два лейб-гвардейца пикинера, два лейб-гвардейца из Венгерского полка и восемь мальчиков пажей шли по бокам гробов, держа в руках зажженные свечи, за ними стояли остальные лейб-гвардейцы и лейб-гвардейцы кавалерийского полка. Под пение хора гробы занесли в дворцовую часовню и разместили на траурном одре в ее передней части.
Белые стены часовни были драпированы черным крепом, черный бархат с вышитым на нем гербом эрцгерцога покрывал алтарь. Катафалк, закрытый золотой тканью, располагался перед алтарем; над ним был натянут позолоченный балдахин. Свечи в высоких серебряных подсвечниках заливали траурные катафалки мягким, мерцающим светом, освещая и почетный караул: десять лейб-гвардейцев пикинеров в красных мундирах и белых бриджах и десять венгерских лейб-гвардейцев в ярко-красных с серебром мундирах, в доломанах, накинутых на плечи; головы склонены, руки в перчатках сжимали обнаженные мечи.
И опять же все казалось очень торжественным, но первое впечатление было обманчивым. Как рассказывала дочь одного дипломата, фамильные гербы погибших выглядели так, «словно их изобразил неумелый ребенок». Тела лежали в тех же неодинаковых гробах, в которых они были доставлены из Сараево. Когда их привезли в Вену, ничто не мешало поместить их в другие гробы, но большой, из позолоченной бронзы гроб эрцгерцога и маленький, серебряный и менее украшенный гроб Софии должны были напоминать об их неравном статусе. Но это было не единственное отличие: постамент, на котором покоился гроб Франца Фердинанда, был больше и на восемнадцать дюймов выше, чем тот, на котором покоился гроб Софии, — еще одно тонкое напоминание о морганатическом статусе супруги эрцгерцога. Перед гробом Франца Фердинанда лежали массивные, красные с золотом, бархатные подушки, на которых лежали символы его императорского статуса и воинского положения: корона эрцгерцога, шляпа адмирала, шляпа генерала, его церемониальный меч, медали и награды. Перед гробом Софии также лежали подушечки, но на них располагались лишь предметы, символизирующие ее как простую благородную даму, — ее черный веер и пара белых перчаток.
Двери часовни открылись для публичного посещения в пятницу, 3 июля, в восемь часов утра. Более 50 000 человек прождали всю ночь, чтобы засвидетельствовать свое последнее почтение погибшим. Такого общественного сочувствия давно уже никто не удостаивался. С наследным принцем Рудольфом можно было прийти проститься в течение всего дня, и потом этот период был еще продлен из-за большого числа пришедших; в 1895 г. попрощаться с эрцгерцогом Альбрехтом, инспектором императорской армии, можно было в течение двух дней, утром и после обеда. На то, чтобы люди могли проводить в последний путь Франца Фердинанда и Софию, было отведено всего четыре часа. И в довершение всего Монтенуово распорядился, чтобы во время траурной мессы одновременно в часовне могли находиться не более двух человек. Один из присутствующих отмечал, что «священник, читающий молитвы, выглядел очень убого. И все это выглядело очень, очень плохо». Хотя большая очередь пришедших людей тянулась далеко вдоль Рингштрассе, в полдень двери часовни закрылись, и десяткам тысяч людей пришлось вернуться, так и не попрощавшись.
София, Макс и Эрнст прибыли в Вену вместе с братьями и сестрами их матери и остановились в Бельведере у их бабушки, Марии Терезии. Им не было разрешено присутствовать в часовне на похоронной службе; морганатические потомки морганатического брака, они были признаны недостойными находиться вместе с Францем Иосифом и другими членами Императорского дома. Им было даже запрещено проводить своих родителей в последний путь из часовни по улицам города.
Горьким напоминанием об отсутствующих на службе детях стал большой венок из белых роз около гробов их родителей. На его траурных лентах было просто написано: «София, Макс, Эрнст». Последние знаки внимания, оказанные погибшим, наполняли часовню: венок из белых роз от короля Георга и королевы Марии с подписью: «В память о дружбе и симпатии, от британской королевской семьи»; цветы от королевских семей Европы и глав иностранных государств, в том числе от американского народа и президента Вудро Вильсона; был даже венок от гильдии обувных дел мастеров Нижней Австрии. Но от Габсбургов был только венок наследной принцессы Стефании. От других членов императорской семьи не было ничего.
Похороны состоялись в четыре часа пополудни. Британский посол Морис де Бунзен отмечал, что «многих комментариев заслужило решение провести отпевание в небольшой церкви Хофбурга, вместо того чтобы выбрать место, способное вместить большее количество людей». Император, в белом кителе армейского генерала, вместе с эрцгерцогами и эрцгерцогинями императорского дома, находился на галерее часовни. Придворные, министры, представители провинций, мэры Вены и Будапешта, президент парламента Австрии, члены дипломатического корпуса, представлявшие правительства своих стран, а также другие высокопоставленные гражданские чиновники заполнили церковь. Европейцы заняли первые ряды; американский представитель оказался на второй галерее, в верхней части часовни.
Зазвонили колокола, и принц-кардинал Вены, архиепископ Пиффль окропил гробы святой водой и окурил ладаном. Церковный хор исполнил Libera, хотя и без сопровождения оркестра или хотя бы церковного органа, как это обычно было принято. Реквием длился всего пятнадцать минут, потом последовали обычные молитвы, традиционные гимны и другие религиозные и обрядовые действия, принятые при императорских службах. Никич-Буле, секретарь Франца Фердинанда, сидел сбоку от алтаря и смотрел на императора во время этой необъяснимо короткой панихиды. Он не увидел «ни следа скорби или каких-либо эмоций» на его лице; Франц Иосиф смотрел вокруг «с полным безразличием и тем же бесстрастным выражением лица, которое он демонстрировал своим подданным и во время других мероприятий. Но возникало невольное ощущение, что будто бы ему стало легче дышать, и несомненно, что большинство его придворных испытывали то же чувство». Когда все было закончено, император первым поднялся и быстро покинул церковь, «даже не бросив прощального взгляда вниз». Как только краткая служба закончилась, двери часовни закрылись и были заперты на замок. Впервые в истории наследнику австрийского престола было отказано в государственных похоронах.