Через четыре дня после побега, накануне приезда Папы Римского в Турцию, в газете «Миллиет» вышла статья, подписанная «Али Агджа», в которой автор сообщал о своем намерении убить «вождя крестоносцев Иоанна Павла II». Правоохранительные органы не обратили особого внимания на эту статью, сочтя ее простым хулиганством, и действительно, визит понтифика прошел спокойно.
В апреле 1980 года скрывающийся от правосудия Агджа за убийство Абди Ипекчи был заочно приговорен турецким судом к смертной казни. С мая по сентябрь этого же года террорист под именем Йогиндера Сингха, гражданина Индии, скрывался в Иране и Болгарии. Как стало известно позже, за полтора года, прошедшие со дня побега из тюрьмы до дня покушения в Риме, он побывал в Софии, Риме, Вене, Цюрихе, Милане, Тунисе, потратив за это время около 50 тыс. долларов. Правда, установить, с кем Агджа вступал в контакты за этот период времени, так и не удалось. В начале мая 1981 года террорист приехал в Рим и снял комнату в пансионате «Иса», расположенном неподалеку от Ватикана.
13 мая 1981 года произошло событие, повергшее в ужас всех католиков планеты. Папа Римский Иоанн Павел II, в прошлом – польский кардинал Кароль Войтыла, чаще всех своих предшественников напрямую общался с народом, что принесло ему огромную популярность. Однако обратной стороной этой доступности и близости к народу была его относительная незащищенность. В среду – традиционный день общей аудиенции – папа благословлял толпы народа, стекавшиеся на площадь Святого Петра в Риме. На белом джипе с открытым верхом, двигавшемся на самой маленькой скорости, Иоанн Павел II объезжал ряды верующих, пожимая им руки и благословляя. Автомобиль сделал один круг по площади и пошел на второй, повернув к собору Святого Петра. В 17 часов 19 минут папа взял на руки маленькую светловолосую девочку, прижал ее на мгновение к себе и отдал счастливым родителям. И в этот самый момент из толпы, совсем рядом с автомобилем Иоанна Павла II, прогремело шесть выстрелов подряд. На белом одеянии понтифика проступило красное пятно, и он упал на руки своего личного секретаря, епископа Станислава Дживича. Две пули, выпущенные из автоматического браунинга 9-го калибра, попали папе в брюшную полость, задев указательный палец правой руки, и в правый локоть. Телохранители, прикрывая собой Иоанна Павла II, бросились в автомобиль, который мгновенно сорвался с места и помчался под Колокольную арку в Ватикан, где папу переложили на носилки и увезли на карете «скорой помощи» в госпиталь Агостино Джемелли, принадлежащий медицинскому факультету католического университета. Машина домчалась до клиники за семь минут, несмотря на пробки и сломанную сирену. Понтифика, потерявшего за время дороги около трех литров крови, сразу же положили на операционный стол. К счастью, ни позвоночник, ни другие жизненно важные органы не были задеты – жизнь главы католической церкви была вне опасности. Уже через три дня после операции Иоанн Павел II в ходе воскресной службы, проходившей прямо в госпитале, назвал своего несостоявшегося убийцу «братом».
Стрелявший в папу 23-летний Али Агджа был схвачен сразу же после того, как отъехала машина понтифика, – в дни встреч Иоанна Павла II с верующими на площади собиралась такая плотная толпа народа, что выбраться из нее было фактически невозможно. Убийца даже не успел выпустить из рук пистолет. Его увезла полиция, и площадь Святого Петра погрузилась в тишину. Люди не спешили расходиться: одни молились, встав на колени, другие тихо плакали.
На судебном процессе, проходившем в Риме с 22 по 24 июля 1981 года, Али Агджа заявил, что Папа Римский – «это вождь крестового похода против моей религии, это он несет ответственность за нападки Запада против ислама». Итальянский суд признал турецкого террориста виновным и приговорил его к пожизненному заключению. Агджа отбывал свой срок в одиночной камере. 27 декабря 1983 года Иоанн Павел II встретился с ним в этой камере один на один. Папа не пожелал предавать огласке содержание их беседы, известно только, что он сказал заключенному, что простил его, о чем официально заявлял и ранее, сразу после выхода из больницы. В течение всего срока пребывания в итальянской тюрьме Агджа посылал понтифику поздравления с различными праздниками и другими знаменательными событиями, на что получал в ответ благодарность и очередное заверение в том, что он прощен. Неудавшийся убийца, как выяснилось позднее, небезосновательно надеялся получить помощь от неудавшейся жертвы.
Однако итальянские власти не были настроены столь великодушно, как папа, они хотели знать, кто стоит за покушением, и допросы террориста продолжались. По некоторым данным, Агджа выдвинул целых 128 версий своего преступления. По одной из них, «приказ убить папу пришел из советского посольства в Софии». На основании этой версии, которую Агджа поддерживал два с половиной года, было арестовано три человека, так или иначе связанных с советскими спецслужбами в Болгарии. Однако суд не нашел достаточных оснований для предъявления им обвинений и отпустил всех троих на свободу. Но несмотря на это, итальянские спецслужбы все же высказывались в пользу версии об участии КГБ в покушении на папу. Но вскоре Агджа сообщил, что версию с Болгарией и КГБ ему навязал сотрудник итальянской военной разведки, посещавший его в тюрьме, связанный с ЦРУ и мафией. Еще позднее Али дал показания о том, что у него был сообщник – Бекир Челенк, крестный отец турецкой мафии в Софии, имевший связи с военизированной масонской ложей «Пропаганда-2». Показания Агджи постоянно менялись до тех пор, пока 13 мая 2000 года, через 19 лет после покушения на Папу Римского, не был обнародован так называемый «третий секрет Фатимы».
Согласно легенде, 13 мая 1917 года в португальской деревне Фатима трем детям-пастушкам явилась Дева Мария, открывшая им три пророчества. Первое из них говорило о том, что преисподняя существует. Второе – об окончании Первой мировой войны, скором начале Второй и возрастании роли России в истории человечества. Третье пророчество долго держалось в тайне, записи его хранились в Ватикане и тщательно скрывались от посторонних глаз до тех пор, пока Иоанн Павел II сам не совершил паломничество в Фатиму и не пообщался с единственной оставшейся в живых пастушкой, получившей откровение от Богородицы. «Третий секрет Фатимы» гласил о мятущейся толпе и «епископе, белые одежды которого окропились кровью». Как только сведения об этом пророчестве попали в средства массовой информации, Али Агджа, обладавший яркой фантазией и незаурядным умом, выдвинул новую, мистическую версию своего преступления. Он созвал у себя в камере пресс-конференцию, на которой заявил, что во время подготовки к покушению и собственно в момент оного им овладела «какая-то непонятная, сверхъестественная сила», что он – «всего лишь человек, который должен был ранить папу», и «являлся орудием высших сил». Эту версию живо поддержал и сам Папа Римский, заявив, что «никогда не верил в так называемую болгарскую связь», которая казалась итальянским правоохранительным органам наиболее правдоподобной.