Шестого января 1991 г. Цхинвали был захвачен несколькими тысячами грузинских полицейских и национал-экстремистов. К вечеру того же дня началась вооруженная борьба горожан против захватчиков. После двадцатидневных боев город был освобожден, и боевые действия переместились в районы провозглашенной Республики Южная Осетия. Они приобрели особенно жестокий характер весной-летом 1992 г., когда в Цхинвале под ракетно-артиллерийскими обстрелами ежедневно погибали и были покалечены десятки людей. Грузинская сторона широко использовала террористические акты. Двадцать шестого марта 1991 г. было совершено нападение на село Тлиакан Цхинвальского района. В то время грузинские формирования не ставили себе задачу захвата села.
Численное превосходство было на стороне грузинских формирований. Сдерживающее влияние на грузин оказывало лишь присутствие в Южной Осетии двух полков Советской армии — инженерно-саперного и вертолетного. Усилилось давление на осетин, проживающих в других районах Грузии. Отношения между грузинами и осетинами настолько ухудшились, что идею отделения Южной Осетии от Грузии, которую до начала 1991 г. разделяла лишь часть осетинской общины в Грузии, нашла поддержку у подавляющего большинства осетинского населения. С этого момента теряют доверие те югоосетинские политики, которые продолжают отстаивать концепцию «органической связи осетин» с Грузией.
19 января 1992 г в Южной Осетии состоялся референдум по вопросу о государственной независимости и (или) воссоединении с Северной Осетией. Большинство поддержало это предложение.
Весной 1992 г. после затишья, вызванного государственным переворотом и гражданской войной в Грузии, военные действия в Южной Осетии возобновились. Под давлением России Грузия начала переговоры с Южной Осетией, в результате которых 24 июня 1992 г. было подписано Дагомысское соглашение о принципах урегулирования конфликта. Оно предусматривало создание Смешанной контрольной комиссии (СКК) из представителей четырёх сторон — Грузии, Южной Осетии, России и Северной Осетии.
14 июля 1992 г. в зону конфликта для разъединения противоборствующих сторон были введены Смешанные силы по поддержанию мира (ССПМ) в составе трёх батальонов — российского, грузинского и осетинского. В Цхинвали была размещена Миссия наблюдателей от ОБСЕ.
После 1992 г. Южная Осетия была фактически независимым государством — со своей конституцией, принятой в 1993 г. и своей государственной символикой. Новое грузинское руководство — Э. Шеварднадзе, Т. Китовани и Д. Иоселиани весной 1992 г. спровоцировало военные действия в Южной Осетии.
Причин тому несколько. Прежде всего, Э. Шеварднадзе практически продолжил радикально-шовинистическую политику 3. Гамсахурдия, рассчитывая компенсировать экономическую разруху и падение жизненного уровня народа Грузии борьбой с сепаратистами и восстановлением территориальной целостности страны. Нельзя исключать, однако, что Шеварднадзе был заинтересован также в том, чтобы вывести из столицы хотя бы часть вооруженных формирований, подчинявшихся его тогдашним соратникам, а по существу соперникам — Иоселиани и Китовани. Власти Грузии, продолжая называть Южную Осетию «Цхинвальским регионом», активных действий по установлению контроля над ней не предпринимали.
Дагомысское соглашение о принципах урегулирования грузино-осетинского конфликта, заключенное 24 июня 1992 г., выполнено лишь частично. 9 июля 1992 г. в зону конфликта были введены миротворческие силы, состоящие из российского, грузинского и североосетинского батальонов (последний финансируется правительством Российской Федерации). Вооруженные столкновения прекратились, и была создана Смешанная контрольная комиссия.
Конфликтная ситуация в Южной Осетии фактически заморожена, как это давно произошло в Приднестровье. Редкие контакты грузинской и осетинской сторон не дают положительных результатов. Южная Осетия до сих пор находится в грузинской экономической и транспортной блокаде. Снабжение и связи с внешним миром она осуществляет через Владикавказ. Наибольшую сложность представляет решение проблемы возвращения в свои дома осетинских беженцев, проживавших в грузинских районах. Несовместимы позиции сторон в отношении политического и юридического статусов Южной Осетии. Грузия не допускает любого нарушения своей территориальной целостности, Южная Осетия категорически не приемлет никакого контроля со стороны Тбилиси. Народ Южной Осетии отвергает возможность любого компромисса с грузинским руководством.
Летом 1995 г. был сделан первый шаг в урегулировании конфликта, когда состоялся визит президента Северной Осетии А. Галазова и тогдашнего российского министра по делам национальностей Н. Егорова в Тбилиси. 10 октября 1995 г. состоялась встреча представителей Российской Федерации, Северной Осетии, Грузии и ОБСЕ, на которой была достигнута договоренность об аннулировании решений грузинского парламента о лишении Южной Осетии статуса автономной области и отмене ее выхода из состава Грузии. 17 апреля 1996 г. представители Грузии, Южной Осетии, Северной Осетии, Российской Федерации и ОБСЕ парафировали Меморандум о мерах по обеспечению безопасности и укреплению взаимного доверия между сторонами грузино-осетинского конфликта.
Меморандум — это первый документ, подписанный всеми сторонами конфликта, подтверждающий их намерение решить его мирными средствами. Однако в нем повторяются положения Соглашения 1992 г. и фиксируется уже существующая практика (сотрудничество правоохранительных органов), а также лишь декларируются определенные намерения. В нем нет даже намека на то, как конкретно решать вопрос о статусе Южной Осетии (в преамбуле документа говорится как о территориальной целостности государств, так и о праве народов на самоопределение).
1 июня 2002 г. после принятия в Российской Федерации нового закона о гражданстве, предоставляющего право бывшим гражданам СССР, оставшимся без гражданства после распада Советского Союза, обменять советские паспорта на российские, началась массовая выдача российских паспортов жителям Южной Осетии и Абхазии.
В 2004 г., после того как новый президент Грузии Михаил Саакашвили объявил курс на восстановление ее территориальной целостности, в зоне конфликта снова обострилась ситуация и усилилась напряженность.
В августе 2004 г. дело дошло до кровопролитных столкновений. Грузинские войска безуспешно пытались установить контроль над стратегическими высотами вокруг Цхинвали, но, потеряв несколько десятков человек, были отведены.
12 ноября 2006 г. в Южной Осетии были одновременно проведены парламентские выборы и референдум о независимости на территории, контролируемой властями Южной Осетии (здесь победил Э. Кокойты и большинство участников референдума высказалось за независимость) и выборы на территории, контролируемой грузинскими властями, в том числе среди беженцев из Осетии, находящихся на территории собственно Грузии (здесь победил Д. Санакоев). Каждая из сторон признала свои выборы демократичными и отражающими волю народа, а выборы противоположной стороны — сфальсифицированными. Оба победителя принесли присягу народу Южной Осетии, претендовали на власть на всей территории Южной Осетии и обвиняли друг друга в коллаборационизме — с Россией и Грузией соответственно.
По сообщению некоторых российских источников, ещё в 2006 г. в Грузии существовал план под кодовым названием «Бросок тигра», который предполагал до 1 мая 2006 г. принудить Россию, при поддержке США и ОБСЕ, вывести своих миротворцев из Южной Осетии. Под предлогом локализации района конфликта и обеспечения безопасности грузинского населения предполагалось создать группировку грузинских войск на границе с Южной Осетией.
В 2007 г. Саакашвили потребовал вывести российские войска из Грузии. Самой крупной базой была Ахалкалаки. Войска были выведены досрочно — 15 ноября 2007 г., хотя планировался их вывод в течение 2008 г. Российские миротворцы, действующие по мандату СНГ, остались в Абхазии и по Дагомысским соглашениям — в Южной Осетии.
Грузия стала резко наращивать вооружения, стремясь вступить в НАТО. В бюджете Грузии на 2008 г. были запланированы расходы Министерства обороны, составляющие четвертую часть всех годовых доходов. Одним из последних документов ООН перед грузино-осетинской войной был доклад Генерального секретаря о положении в Абхазии и Грузии. Но по-разному оценили его в Москве и Тбилиси.
Напряжённость между грузинами и абхазами появилась в конце 1980-х гг. Она была вызвана призывами грузинских националистических группировок к независимости от СССР. Руководство Абхазии, напротив, хотело бы остаться в составе СССР, особенно после того, как в 1989 г. в Тбилиси прошли массовые демонстрации с требованием отменить абхазскую автономию. В августе 1992 г. в Абхазию под предлогом освобождения захваченного звиадистами вице-премьера правительства Грузии А. Кавсадзе, а также для охраны железной дороги и других важных объектов были введены грузинские войска, что послужило началом вооруженного грузино-абхазского конфликта. Его военная фаза закончилась в сентябре 1993 г., когда грузинские войска были вынуждены полностью покинуть Абхазию.
