Через 3 недели Александрийский флот потерял легкий крейсер "Галатея", который был торпедирован U-557. Потом настала очередь итальянцев. Ночью 18 декабря подводная лодка рядом с гаванью Александрии спустила 3 тихоходных электрических торпеды, которыми управляли 2 человека, сидящие верхом на них. Людям приходилось держать голову над водой, чтобы провести свои "рыбки" через заграждения в гавань. Там они опустились под воду. Один экипаж установил 500-фн боеголовку под линкором "Вэлиант". Другой прикрепил заряд к днищу линкора "Куин Элизабет". Третий установил заряд под большим эскадренным танкером, надеясь, что горящая нефть разольется по гавани.
Все 6 боевых пловцов были захвачены в плен — двое из них так быстро, что им пришлось провести несколько часов в трюме "Вэлианта". Один из итальянцев сообщил британскому капитану, что его корабль скоро взорвется, хотя не объяснил почему. Итальянца отправили обратно в трюм, пока не прогремел взрыв. Оба пленных остались целы. Через несколько минут вздрогнули от взрывов еще 2 корабля. Линейные силы Александрийского флота перестали существовать, хотя ни один из линкоров не погиб. Оба корабля пришлось отправить через Суэцкий канал на капитальный ремонт.
В то же самое время, когда итальянцы устанавливали мины под килями линкоров в Александрии, попала в беду и Мальтийская эскадра. Она совершала набеги на конвои, доставлявшие подкрепления Роммелю, и весьма преуспела в этом. Но однажды ночью эскадра влетела на минной поле. Погибли 1 крейсер и 1 эсминец, еще 2 крейсера были повреждены. Так завершилась история этого ударного соединения.
Когда Гитлер осознал серьезность кризиса на Средиземном море, он отправил туда самолеты и подводные лодки. В январе 1942 с аэродромов Сицилии начал действовать II авиакорпус. Начались опустошительные налеты на Мальту.
Еще больше помогла усилиям стран Оси на Средиземном море Япония, когда вступила в войну. Это вынудило англичан отправить на Дальний Восток линкор "Принс оф Уэллс" и линейный крейсер "Рипалс". Гибель "Арк Ройяла" и авария "Индомитебла" (авианосец сел на мель во время учебного похода в Карибском море) лишили линкоры воздушного прикрытия. Эти 2 линкора в сопровождении 4 эсминцев попытались сорвать высадку японских войск на восточном побережье Малайи. В результате они были быстро потоплены японской базовой авиацией. Англичанам пришлось отправить в Индийский океан 5 тихоходных линкоров и 1 авианосец. Хотя сотрудничество Германии и Японии ограничилось обменом военными миссиями, действия японцев оказали очень большой эффект на ход войны в Европе. Однако японское наступление в направлении Мадагаскара, о котором так мечтали германские морские стратеги, не состоялось. После катастрофического поражения при Мидуэе в июне 1942 стало ясно, что встреча войск Оси на Среднем Востоке не состоится.
Тем временем Редер все еще надеялся наладить сотрудничество с Дарланом на востоке, хотя добиться в этом направлении ему ничего не удалось.
А в целом ситуация на Средиземном море снова складывалась благоприятно. Мальта и Александрийский флот были ослаблены, Подкрепления к Роммелю поступали почти без потерь. 21 февраля 1942 Роммель начал наступление на Египет. Предполагался захват Мальты объединенными германо-итальянскими силами, как только Роммель продвинется настолько, что англичане не смогут вмешаться. Но в любом случае в феврале и марте Мальта была надежно блокирована, несмотря на отчаянные попытки англичан доставить на остров хоть какие-то припасы. Это привело лишь к тяжелым потерям.
Но планы оси рухнули, не выдержав груза успехов. Кампания против Мальты шла так успешно, что часть II авиакорпуса была отправлена на Восточный фронт, где готовилось наступление на Сталинград. Успешное наступление завело Роммеля так далеко, что он сумел убедить Гитлера временно перебросить остатки авиации из Сицилии в Египет. После новых успехов Гитлер решил, что захват Суэца лишит Мальту всякой ценности. Он опасался, что его парашютисты понесут такие же потери, как на Крите. Поэтому Гитлер с радостью принял новый план атаки Мальты. Он также потребовал, чтобы Роммель продолжал наступать и далее Суэца, чтобы прорваться к Кавказу и помочь наступлению на Восточном фронте. II авиакорпус остался разделенным между Восточным фронтом и Африкой.
В конце июля опасность с воздуха для Мальты уменьшилась. Англичане усилили авиацию на острове всеми возможными самолетами — тяжелыми четырехмоторными бомбардировщиками, торпедоносцами, пикировщиками, истребителями, оснащенными радаром ночными разведчиками, самолетами-осветителями. Пока армия в Африке гонялась по пустыне за миражом Пирамид, самолеты Мальты уничтожали конвои, от которых зависело исполнение желаний Роммеля.
1 июля англичане остановили Роммеля под Эль Аламейном — всего в 60 милях от Александрии. Муссолини, который прилетел в Африку и приказал привести на самолете белого коня, на котором планировал въехать в Каир, скоро потерял терпение и вернулся в Рим. Предполагалось, что остановка будет временной. Но чем дольше ждал Роммель, тем меньше шансов у него оставалось. Англичане наращивали силы гораздо быстрее, чем он. Его подкреплениям приходилось сначала пересекать Средиземное море, а потом еще двигаться тысячи миль по пустыне. В июле и августе битвы итальянских конвоев стали особенно ожесточенными. Нехватка топлива приковала итальянские линкоры к месту, тогда как англичане в случае необходимости привлекали даже корабли Флота Метрополии. К октябрю итальянские потери возросли до 44 % отправленного тоннажа. В свою очередь англичане потерпели одно из самых тяжелых поражений, когда летом попытались доставить снабжение на Мальту. Операция стоила им 1 авианосца, 2 крейсеров, 1 эсминца и 9 торговых судов потопленными и еще 3 военных кораблей поврежденными. На Мальту прибыли 3 целых транспорта и 2 поврежденных. Итальянцы потеряли 2 подводные лодки, еще 2 крейсера были повреждены.
С наступлением осени снабжение Африканского корпуса заметно ухудшилось. Мальта могла погибнуть от истощения, однако она измотала Роммеля ничуть не меньше. Последние шансы немцев на наступление в Африке сгорели вместе с погребальными кострами пылающих танкеров Оси.
Осенью 1942 ход войны начал изменяться не в пользу Германии. В октябре и ноябре захлебнулось наступление Роммеля. Британская армия Восточной пустыни нанесла ответный удар и в Третьей битве у Эль Аламейна разгромила немцев. В ноябре начался Сталинградский кошмар. На море германский флот покинул Атлантику и совершил стратегический отход в северные воды. Подводным лодкам пока еще везло, однако и они встречали все более ожесточенное сопротивление.
Хотя положение Французской Северной Африки давно вызывало определенное беспокойство, никто не мог знать точно, где союзники нанесут свой удар. Они в полной мере использовали мобильность, которую им давала морская мощь. Штаб РВМ не считал, что Французская Северная Африка находится под угрозой, пока существует французский флот. Он полагал, что более вероятна попытка захвата Триполи, после чего весь африканский корпус оказался бы в ловушке. Высадка англичан и американцев 8 ноября в Касабланке, Оране и Алжире застигла немцев врасплох. Они не угадали ни времени, ни места. Немцы и итальянцы не могли оказать никакого сопротивления, а французы после сложных переговоров через 3 дня прекратили сражаться.
Германское правительство запросило разрешения у французов оказать им помощь в защите Северной Африке от вторжения союзников. Однако представителям Гитлера было отказано. Вскоре немцы вынудили премьер-министра Пьера Лаваля дать им разрешение высадиться в Тунисе, но там они не могли ничем помешать наступлению союзников на суше. Тунис стал ключевым пунктом германской обороны на Средиземном море. Если немцы потеряют его, союзники смогут проводить конвои на средний Восток и в Россию через Персидский залив. Будет сэкономлен тоннаж, так как начнется использование гораздо более коротких маршрутов, а это в свою очередь позволит союзникам высадиться где-нибудь в Южной Европе. Немцы были полны решимости удержать Тунис. В Сицилийском проливе произошло еще одно жаркое сражение с английским конвоем. Итальянцы проигрывали войну на море, так как растущая морская мощь союзников позволяла им топить все больше и больше транспортов Оси. В марте и апреле их потери достигли 41 %. Итальянские моряки, доставлявшие грузы на торговых судах и военных кораблях прозвали этот маршрут "Дорогой смерти".
Как только войска союзников надежно закрепились в Северной Африке, Гитлер решил захватить Свободную Зону и защитить средиземноморской побережье от возможной высадки противника. Но более вероятно, что он хотел покончить с двусмысленной позицией французов. Перемирие формально оставалось в силе. Командующий французским флотом адмирал Поль Офан потребовал от Редера уважать нейтралитет французского флота. Флот оставался верным Петэну и в море не выходил. Редер ответил, что французскому флоту следует защищать Тулон без помощи германской армии. Он надеялся, что оба флота в будущем станут решать совместно общие задачи. Французы ответили, что они не против сотрудничества, однако будут защищать свою базу от кого бы не исходила угроза.
