Каждый конвой на Мальту в течение последующих полутора лет пробивался с боями с самого момента выхода из Гибралтара и до того момента, как транспорты входили в порт. Подводные лодки Оси располагались вдоль всего маршрута. Самолеты взлетали с аэродромов Сицилии и Сардинии. Торпедные катера караулили конвой по ночам в Сицилийском проливе и возле самой Мальты. Иногда вмешивался итальянский флот, используя даже линкоры. Более редкие конвои из Александрии встречали точно такие же препятствия.
Результаты часто оказывались для англичан катастрофичными. Однажды из 16 судов конвоя на Мальту пробились только 2, причем одно из них поврежденное. 5 судов были потоплены, 9 вернулись назад. Было потоплено 6 британских кораблей и 1 итальянский, повреждено — 16 британских кораблей и 3 транспорта и 2 итальянских корабля.
Все это повторялось раз за разом. Из 3 судов, покинувших Александрию, 2 были потоплены, а третье так повреждено, что ему пришлось вернуться назад. 1 поврежденный транспорт из 4 достиг Мальты, при этом было повреждено 9 кораблей. Когда транспорты пробивались на Мальту, очень часто германские бомбардировщики уничтожали их раньше, чем англичане успевали разгрузить. В свою очередь Мальта наносила не менее тяжелые удары по итальянским конвоям, следующим в Северную Африку. Нейтрализовать остров полностью не удалось, так как германские самолеты были отозваны.
Еще больше осложняла положение итальянцев усиливающаяся нехватка топлива. Летом 1941 года поставки не достигали и половины потребности. По мере того как росли запросы Восточного фронта, немцы не могли обеспечить поставок даже этого количества. Роммелю не хватало самолетов и припасов, которые также поглощал Восточный фронт. Встретившись с усилившимся сопротивлением англичан, он был вынужден начать отступление.
Была предпринята еще одна попытка склонить Англию к миру, прежде чем началась война на 2 фронта. Заместитель фюрера Рудольф Гесс 10 мая прилетел в Англию, но это была безнадежная попытка самого Гесса. Гитлер попытался убедить командующих 3 видами вооруженных сил и OKW в необходимости начать русскую кампанию на совещании 14 июня, однако Редер сохранил свой скептицизм. Он был уверен, что Россия сама не атакует Германию, а результатом войны станет потеря русского сырья, арктических баз и Северного Морского пути. Кроме того Россия будет угрожать судоходству на Балтике и сорвет тренировки экипажей, проводимые там. Это понизило бы эффективность действий германского флота на британских линиях снабжения. Редер по-прежнему считал торговую войну самой важной. Поэтому он желал мира с Францией и Норвегией и союза с Россией, так как это дало бы Германии полную свободу действий. Однако Редер не мог больше убеждать Гитлера в том, что война на 2 фронта это подлинное безумие, поэтому он молча повиновался приказам. Кроме того флоту требовался Ленинград, его портовые и ремонтные возможности.
Морская часть русской кампании была незаметной, так как главным врагом флота оставалась Британия. Возможности русского флота Редер совершенно правильно оценивал как минимальные. Даже легких сил хватило бы, чтобы удержать русский Балтийский флот за барьером минных заграждений в Финском заливе. Снабжение армии по морю не использовалось из-за большой скорости наступления. В Арктике наступление армии на Мурманск получило минимальную поддержку флота, но не сумела решить свою задачу. На Черном море легкие силы тоже оказывали армии ограниченную помощь.
Возможно, полномасштабная помощь флота могла оказать влияние на ход русской кампании 1941, но сомнительно, чтобы такая помощь решительно изменила ход событий. Единственной серьезной целью на морском побережье был Ленинград, и решающие битвы развернулись в центре России. На Русском фронте флот везде действовал по указаниям армии, но эти действия не носили агрессивного характера и в течение всей войны имели крайне ограниченное значение. Гитлер только один раз обратил внимание на русский флот. В сентябре 1941 он приказал развернуть силы германского флота на Балтике, чтобы помешать прорыву русских в Швецию. Однако это не случилось. В следующий раз положение на Балтике потребовало вмешательства главных сил флота только в конце 1944.
Гитлеровская "молниеносная кампания на уничтожение" началась 22 июня 1941. Сначала немцы одерживали на русских равнинах победу за победой. Русские войска сдавались в плен сотнями тысяч. Агрессоры захватывали город за городом, область за областью. Ленинград был осажден, и германские войска подошли к самым стенам Москвы — впервые после похода Великой Армии Наполеона в 1812. Однако в начала декабря германская армия застыла на месте. И это означало крах всех надежд на переброску немецких войск на Средиземное море.
В эти летние месяцы положение Оси на Средиземном море постепенно ухудшалось, так как Русский фронт полностью отвлек силы германской военной машины. Самым роковым обстоятельством оказалось отсутствие германских самолетов, которые могли разгромить мальтийские базы и помешать этому островному бастиону наносить удары по итальянским конвоям, идущим в Африку. Ситуация стала настолько ужасной, что в конце сентября по приказу Гитлера 6 германских подводных лодок были отправлены на Средиземное море. Первые 4 начали действовать уже в начале ноября. В декабре все подводные лодки, находящиеся в Атлантике, были расположены или западнее Гибралтара, или в самом Средиземном море.
Внезапное перераспределение лодок было фундаментальным изменением стратегии. Рассматривая поначалу Средиземноморскую войну как дополнение североатлантической торговой войны, Редер постепенно пришел к мысли о ценности ее как таковой. Основной стратегической ошибкой стало перераспределение подводных лодок, чтобы они могли поддержать Средиземноморские кампании, тогда как именно действия на Средиземноморском театре должны были обеспечивать действия лодок. Победа в Атлантике должна была принести победу на всех западных и южных европейских театрах. Победа на Средиземном море была важна, но ее значение ограничивалось этим замкнутым регионом.
Действия первых германских лодок знаменовали пугающее изменение немецких перспектив на Средиземном море. U-81 капитан-лейтенанта Фридриха Гуггенбергера прошла Гибралтарский пролив в надводном положении и провела пятницу 13 ноября — первый день в Средиземном море — уклоняясь от самолетов и подводных лодок. Дениц приказал капитану искать британскую эскадру, направляющуюся к Гибралтару с востока. Сразу после полудня он заметил несколько самолетов, потом линкор и наконец 2 авианосца. Все это соединение прикрывали 6 эсминцев, и оно направлялось прямо на U-81. Гуггенбергер поднял перископ, чтобы оценить дистанцию, скорость и курс целей и одновременно постараться удержаться подальше от эсминцев. Крупные корабли внезапно начали выписывать зигзаг, эсминец, шедший прямо на него, отвернул. Гуггенбергер дал залп 4 торпедами. Лодка стремительно нырнула на 360 футов. Экипаж услышал 2 глухих взрыва. После 3 часов погони и 130 разрывов глубинных бомб U-81 оторвалась от британских эсминцев.
В действительности в авианосец "Арк Ройял" попала только 1 торпеда, однако он получил сильный крен, и англичанам пришлось буксировать корабль в Гибралтар. Через несколько часов на авианосце начались пожары, и на следующее утро он затонул всего в 25 милях от порта и вероятного спасения. Названный в честь флагманского корабля английского флота, сражавшегося с Армадой, "Арк Ройял" был самым знаменитым и самым известным авианосцем Королевского Флота. В первый же месяц войны его безуспешно атаковала другая лодка. Несчитанное количество раз германская пропаганда объявляла о его "потоплении". Его гибель отметила начало нового тяжелого периода для англичан на Средиземном море.
Прекрасным солнечным днем 25 ноября лейтенант Ганс-Дитрих Фрейхерр фон Тизенгаузен использовал волнение, чтобы незаметно поднять перископ. И повел U-331 прямо на Александрийский флот. Сближение было настолько стремительным, что головной линкор едва не протаранил лодку, прежде чем она выпустила торпеды. Тизенгаузен выпустил 4 торпеды по второму линкоры, однако этот залп выбросил U-331 на поверхность. Рубка лодки показалась из воды прямо внутри строя британской эскадры под самым форштевнем третьего линкора. 45 секунд лодка болталась на поверхности, а потом рухнула на 820 футов. Эта глубина могла раздавить лодку как яичную скорлупу, но экипаж сумел восстановить управление и поднять ее на более безопасную глубину. U-331 благополучно уклонилась от атаки британских эсминцев. А наверху линкор "Барэм", ветеран Ютландского боя, получил попадания 3 торпедами. Через 5 минут взорвались погреба, и корабль разлетелся на куски. При этом погибли 862 человека.
Через 3 недели Александрийский флот потерял легкий крейсер "Галатея", который был торпедирован U-557. Потом настала очередь итальянцев. Ночью 18 декабря подводная лодка рядом с гаванью Александрии спустила 3 тихоходных электрических торпеды, которыми управляли 2 человека, сидящие верхом на них. Людям приходилось держать голову над водой, чтобы провести свои "рыбки" через заграждения в гавань. Там они опустились под воду. Один экипаж установил 500-фн боеголовку под линкором "Вэлиант". Другой прикрепил заряд к днищу линкора "Куин Элизабет". Третий установил заряд под большим эскадренным танкером, надеясь, что горящая нефть разольется по гавани.
