Причины атаки самолета были не столь просты, как казалось немцам. Самолет не понял сигналов прожектором. Ни экипаж самолета, ни его командование на острове Вознесения, не знали о радиограмме Хартенштейна. Когда пилот оценил ситуацию и заметил флаг Красного Креста, он по радио запросил инструкций. Командующий на острове Вознесения приказал обеспечить безопасность идущих в этот район британских спасательных судов. Он превосходно знал о потерях от действий подводных лодок в ходе Битвы за Атлантику. Он не имел приказа уважать флаг Красного Креста, и потому приказал самолету атаковать, несмотря на то, что это угрожало жизни уцелевших с "Лаконии".
Утром на пятый день операции штаб германских подводных сил понял, что 2 остальные лодки все еще перегружены спасенными. Положение усугубляло давнишнее презрение подводников к воздушной угрозе. Дениц сопоставил спасение людей с "Лаконии" и увеличившееся количество атак подводных лодок авиацией. Он считал, что подводная лодка становится объектом воздушных атак практически повсюду в открытом море и понял, что ни одну операцию теперь нельзя считать "завершенной". Дениц пришел к естественному выводу: подводной лодке нужно поддерживать максимально возможную надводную скорость и свести до минимума вахту на мостике, чтобы сократить время аварийного погружения. Это позволит ей уйти на безопасную глубину, пока приблизится замеченный самолет. Спасательные операции нарушали эти основные требования безопасности. Поэтому Дениц подготовил объемистый приказ, в котором он запрещал своим командирам заниматься этим опасным делом, но не отправил его. Все-таки он решил дождаться завершения операции.
В полдень U-506 была атакована, но успела погрузить достаточно глубоко к тому времени, когда начали рваться бомбы. U-506 и U-507 сохранили спасенных на борту и передали их французским кораблям, которые прибыли ближе к вечеру. После нескольких дней поисков французы нашли большую часть спасательных шлюпок, а еще через 3 дня итальянская подводная лодка передала своих пассажиров. Всего был спасен 1091 человек из 2732. Но, к сожалению, французы не нашли 2 шлюпки, которые добрались до суши через 4 недели. При этом на них остались в живых всего 20 человек из 119.
Дениц с большим облегчением узнал о прибытии французов. Затем он отдал свой "Приказ о "Лаконии". Он категорически запрещал спасательные работы, если только не предполагался захват важных пленников. Некоторые командиры лодок нарушали этот приказ, все-таки проводя спасательные работы, хотя это происходило очень редко. На суде в Нюрнберге Деница обвинили в совершении военных преступлений именно за этот приказ, который был истолкован обвинением, как приказ "убивать спасшихся". Однако адмирал был оправдан по этому пункту обвинения. 3 германские подводные лодки, которые участвовали в спасении людей с "Лаконии", были потоплены авиацией со всем экипажем в ходе последующих боев. Хартенштейн, ас-подводник с превосходной репутацией командира и порядочного человека, должен был стать начальником оперативного отдела в штабе Деница, сменив Хесслера, другого аса-подводника (который по случайному совпадению был зятем Деница).
В конце сентября ситуация на подводном фронте подверглась детальному обсуждению в штабе Гитлера. На совещании присутствовали Редер, Дениц и адмирал Вернер Фухс, имперский уполномоченный по кораблестроению, а также несколько технических советников. Дениц сообщил об успехах, но предупредил о возможных проблемах в будущем, подчеркнув, что угроза с воздуха может помешать лодкам атаковать из надводного положения. Гитлер усомнился в существовании воздушной угрозы в открытом океане. Дениц подчеркнул необходимость воздушной поддержки и поднял вопрос о новых системах оружия. Загоревшийся Гитлер дал добро на постройку новых лодок с высокой подводной скоростью. Он еще был полон оптимизма, так как его войска одерживали победы на всех фронтах.
То ли в результате выступления Деница на сентябрьском совещании, то ли из-за разногласий по вопросам дислокации подводных сил, то ли просто из зависти к растущему влиянию Деница, но Редер попытался ограничить его власть, хотя в марте Дениц был произведен в полные адмиралы. Сначала он приказал Деницу ограничиться оперативными вопросами. Дениц вызвал капитана 1 ранга Эриха Шульте-Монтига, начальника штаба Редера, и объяснил ему, что такое разделение обязанностей парализует любую работу и что приказ следует отменить. Такой прямой вызов власти Редера остался без ответа. Через несколько месяцев Редер снова послал Деницу план, в котором разделял боевую деятельность подводных лодок и учебную. Дениц написал Шульте-Монтигу, отметив неэффективность такой политики и пригрозил отставкой, если это будет сделано. Годт помчался в ставку Гитлера по собственной инициативе, но с разрешения Деница, и встретился с капитаном 1 ранга Карлом Йеско фон Путткаммером, флотским адъютантом Гитлера, описав ему ситуацию. Гитлера не стали вмешивать в склоку, но Редер отступил, когда его начальник штаба показал письмо Деница. Структура подводного флота осталась неизменной.
30 января 1943 Дениц, который всего несколько месяцев назад ожидал, что его отправят в отставку из-за его споров с Редером, был назначен главнокомандующим германским флотом одновременно с производством в чин гросс-адмирала. Редер был смещен в результате столкновения с Гитлером по проблемам действий надводных кораблей. Дениц сохранил командование подводными лодками, а капитан 1 ранга Годт и штаб подводных сил отправились в Берлин, чтобы руководить повседневной деятельностью субмарин.
В первые месяцы 1943 немцы располагали почти 200 подводными, и в это время в Битве за Атлантику вот-вот должен был наступить кризис. В декабре стояла штормовая погода, а в январе шторма еще более усилились. Однако 8 подводных лодок уничтожили 7 из 9 танкеров в составе конвоя, направляющегося в Северную Африку. Это было особенный успех, так как он подрезал запасы топлива у союзников во время Тунисской кампании. Действительно масштабная Битва за Атлантику развернулась чуть позднее. В сражении первой недели февраля 21 подводная лодка обрушилась на 63 торговых судна в сопровождении 10 кораблей эскорта, к которым вскоре присоединились еще 2. 12 торговых судов стали жертвами торпед подводных лодок, еще 1 затонуло после столкновения. При этом были потоплены 3 лодки, а еще 4 были повреждены. Зловещим знаком для Деница было то, что лишь одна лодка сумела прорвать кольцо эскорта. Она потопила 7 судов из 12. Умение, настойчивость и все большая доля везения требовались теперь, чтобы сражаться с усилившимся сопровождением конвоев и все более мощным прикрытием с воздуха.
В течение февраля и марта битва полыхала с переменным успехом. Но потопленный тоннаж резко подпрыгнул после зимней передышки. В феврале было уничтожено 380000 тонн, в марте — 590000 тонн. В течение 6 дней марта была потоплена 141000 тонн в ходе крупнейшей битвы с конвоем. 2 конвоя смешали строй, по ним день и ночь наносили удары 38 подводных лодок, из которых 19 смогли использовать торпеды. Они потопили 21 судно из 92. Силы эскорта в ходе битвы были доведены до 18 кораблей, однако они сумели потопить только 1 лодку и тяжело повредить еще 2. Британское Адмиралтейство было близко к отчаянию.
Победа в середине марта была самой крупной и последней. Позднее в том же месяце среди колонн конвоя был замечен эскортный авианосец. Снова германские лодки стали подвергаться внезапным атакам, когда находились на поверхности, несмотря на свои приемники излучения радаров. Конвои обходили места сосредоточения подводных лодок. Было приказано проводить атаки из подводного положения, так как дальние самолеты сделали пребывание на поверхности слишком опасным. Германские ученые ничего не знали о направлениях работы англичан и просто терялись в догадках: измена, излучение приемника радарного излучения, совершенно новый метод поиска, новая модель радара? Последнее казалось самым вероятным. И как оказалось потом — совершенно правильно. Это был новый коротковолновой радар, излучение которого не могли засечь приемники лодки, настроенные на более длинные волны.
Наконец долгая борьба завершилась "Черным маем" 1943, когда была потоплена 41 подводная лодка — примерно одна треть находившихся в море. Дениц приказал уцелевшим лодкам покинуть Северную Атлантику и занять позиции к SW от Азорских островов, где оборона противника была не столь прочной. В своих мемуарах Дениц откровенно признался: "Мы проиграли Битву за Атлантику". Эту битву, последнюю из решающих битв войны и во многих отношениях самую важную, Дениц вполне мог выиграть. Мог, если бы германское руководство отдало приоритет массовому строительству подводных лодок на более ранней стадии войны. Грозный противник Германии, Уинстон Черчилль, заметил: "Атаки подводных лодок были самым худшим злом. Самым умным для Германии было поставить на них".
